Tekstovne podatkovne zbirke

1. Tekstovne podatkovne zbirke Zvrsti,opisovanje vsebine,bibliografske zbirke.

2. Tekstovne zbirke - uvod • Velik del informacij v znanosti (tudi v medicini) je tekstovne narave. • tiskane publikacije, e-publikacije, • diagnoze, • poročila o posegih, • razlage nebesedilnih informacij... • Tudi za take informacije veljajo vse posledice informacijske eksplozije, zato postanejo obvladljive šele z uporabo informacijskih orodij. Informatika (2010 / 2011): J. Dimec: Tekstovne podatkovne zbirke

3. Zvrsti tekstovnih zbirk • Bibliografske zbirke. • Zbirke polnih “besedil”: • nestrukturirana besedila, • hipertekstni in • multimedijski dokumenti. • Kratki tekstovni podatki so vključeni tudi v tabele relacijskih zbirk, ki so vsebina enega naslednjih predavanj. Informatika (2010 / 2011): J. Dimec: Tekstovne podatkovne zbirke

4. Bibliografske zbirke • Najstarejša in, v znanstvenem informiranju, še vedno najpomembnejša oblika tekstovne podatkovne zbirke. • Bibliografski zapis vsebuje osnovne podatke o dokumentu. • Načini uporabe: • informacijska potreba vsebinske narave – t.i. retrospektivne poizvedbe, • iskanje po imenih avtorjev ali inštitucij –bibliografije, • vrednotenje raziskovalnega dela... Informatika (2010 / 2011): J. Dimec: Tekstovne podatkovne zbirke

5. Bibliografske zbirke • Uporaba bibliografske zbirke je samo korak pri zadovoljitvi informacijske potrebe. • Povezava s knjižnico: • v bibliografski zbirki izvemo za obstoj dokumenta, ki ustreza informacijski potrebi, • dokument dobimo v knjižnici, lahko z medknjižnično izposojo. • Vedno pogosteje bibliografski zapis vsebuje spletni kazalec na polni dokument. Informatika (2010 / 2011): J. Dimec: Tekstovne podatkovne zbirke

6. Bibliografske zbirke, primer ... Informatika (2010 / 2011): J. Dimec: Tekstovne podatkovne zbirke

7. Bibliografske zbirke Bibliografska zbirka ni knjižnični katalog: • bistvo knjižničnega kataloga so t.i. lokacijski podatki - pozicija in zaloga enot gradiva v knjižnici, • knjižnični katalogi vsebujejo podatke o knjigah, zbornikih, revijah, zelo redko podatke o člankih. Informatika (2010 / 2011): J. Dimec: Tekstovne podatkovne zbirke

8. Bibliografske zbirke: opisovanje vsebine dokumentov • Iskanje po tekstovni zbirki je najpogosteje iskanje po vsebini dokumentov. • Vsebina dokumenta mora biti opisana v bibliografskem zapisu v zbirki. • Elementi opisa vsebine - ključne besede ali deskriptorji. • Postopek imenujemoindeksiranje. • Indekser uporablja elemente opisa vsebine za opisovanje vsebine dokumenta. • Iskalec uporablja elemente opisa vsebine za izražanje svoje informacijske potrebe. Informatika (2010 / 2011): J. Dimec: Tekstovne podatkovne zbirke

9. Bibliografske zbirke: opisovanje vsebine dokumentov • Iskanje in indeksiranje - zrcalna postopka. • Med indeksiranjem dokumenta indekser poskuša uganiti ključne besede ali deskriptorje, ki bi jih iskalec uporabil, če bi hotel poiskati dani dokument. • Indekser in iskalec pri klasičnem indeksiranju in iskanju uporabljata tezaver. Informatika (2010 / 2011): J. Dimec: Tekstovne podatkovne zbirke

10. Tezaver • Tezaver je seznam deskriptorjev in navodil za njihovo uporabo. • Deskriptorji v tezavru so povezani s semantičnimi relacijami, najpogosteje so to hierarhične relacije. • Deskriptorji tvorijo umeten informacijski jezik: • za vsak pojem obstaja en sam deskriptor (kontrola sinonimov), • vsak deskriptor opisuje en sam pojem (kontrola homonimov). Informatika (2010 / 2011): J. Dimec: Tekstovne podatkovne zbirke

11. Bibliografske zbirke: Medline • Največja bibliografska zbirka v biomedicini, • avtor: National Library of Medicine (NLM), Bethesda, ZDA, • redno nastaja od l. 1947, • na voljo v e-obliki za obdobje 1966 – danes, • vključeni bibliografski podatki o člankih iz 5.400+ biomedicinskih revij, • v zadnjih letih 76% zapisov z izvlečkom v angl., prej pribl. 50%. Informatika (2010 / 2011): J. Dimec: Tekstovne podatkovne zbirke

12. Bibliografske zbirke: Medline • > 50% zapisov ima kazalce na polne dokumente, večinoma na spletišču založnika revije. • Velikost: ~20.000.000 bibliografskih zapisov, • trend naraščanja: 2000+ / dan,450.000+ / leto. • Vsak bibliografski zapis vsebuje opis vsebine dokumenta, • opis vsebine narejen z vsebinskimi koncepti iz tezavra MeSH. • MeSH = Medical Subject Headings. Informatika (2010 / 2011): J. Dimec: Tekstovne podatkovne zbirke

13. Tezaver MeSH • Kaj je vsebinski koncept? • najmanjša enota znanja, zapisana z besedami ali besednimi zvezami, • koncept ima samostojen pomen, • koncept opisuje nek konkreten objekt ali pojem. • Vsebinski koncept v MeSH: • vsebinski koncept vključuje vse sinonime in leksične variante (načine zapisovanja), • en sinonim je izbran kot “prednostno ime” koncepta in ga imenujemo deskriptor. Informatika (2010 / 2011): J. Dimec: Tekstovne podatkovne zbirke

14. Tezaver MeSH Vsebina je v bibliografskem zapisu opisana z • deskriptorji in kvalifikatorji, npr myocardial infarction / drug therapy • (kvalifikatorji podrobneje omejijo vsebinski obseg deskriptorja), • pomožnimi koncepti, pretežno kemijske in farmakološke narave. deskriptor kvalifikator Informatika (2010 / 2011): J. Dimec: Tekstovne podatkovne zbirke

15. Tezaver MeSH Face [A01] Cheek Chin Eye Forehead Mouth Nose Respiratory System [A04] Larynx Lung Nose Nasal Bone Nasal Cavity Nasal Mucosa Nasal Septum Sense Organs [A09] Ear Eye Nose Olfactory Mucosa Vomeronasal Organ Taste Buds Deskriptorji so zelo pogosto uvrščeni na različna mesta istega hierarhičnega drevesa – primer deskriptorja Nose v hierarhiji Anatomy. Informatika (2010 / 2011): J. Dimec: Tekstovne podatkovne zbirke

16. Tezaver MeSH • Deskriptorji (koncepti) v tezavru MeSH so urejeni hierarhično. • Vseh hierarhij je 15. • En deskriptor je lahko uvrščen v več ločenih hierarhij, npr. • Creutzfeldt-Jakob syndromeje lahko C10 - Nervous System Diseasesali F3 - Mental Disorders Informatika (2010 / 2011): J. Dimec: Tekstovne podatkovne zbirke

17. MeSH: primer hierarhične pozicije deskriptorja Norepinephrine Informatika (2010 / 2011): J. Dimec: Tekstovne podatkovne zbirke

18. Tezaver MeSH • Tezaver MeSH se uporablja pri • indeksiranju in • iskanju. • Javno je dostopen na spletnem naslovu http://www.nlm.nih.gov/mesh/MBrowser.html • Med iskanjem njegova hierarhična narava pomaga pri • navigaciji ob izbiri ustreznih deskriptorjev, • širjenju ali oženju iskalne zahteve. Informatika (2010 / 2011): J. Dimec: Tekstovne podatkovne zbirke

19. Medline • Podatki iz zbirke Medline so pri proizvajalcu (NLM) načeloma zastonj. • Obstajajo številne implementacije komercialnih ponudnikov. • Spletna implementacija na NLM je zastonj. • Uporabniški vmesnik relativno neprijazen. • Največja pomanjkljivost: pregledovalnik za MeSH ni del uporabniškega vmesnika. • Spletna implementacija PubMed na strežnikih NLM: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi Informatika (2010 / 2011): J. Dimec: Tekstovne podatkovne zbirke

20. Medline - PubMed Primer enostavnega iskanja: uporabljen deskriptor cardiovascular abnormalities. Rezultati so v obliki bibliografskih zapisov. Informatika (2010 / 2011): J. Dimec: Tekstovne podatkovne zbirke

21. Medline - PubMed Rezultat iskanja je lahko tudi polni dokument. Informatika (2010 / 2011): J. Dimec: Tekstovne podatkovne zbirke

22. Biomedicina Slovenica • Največja specializirana bibliografska zbirka pri nas. • Gradi jo Inštitut za biomedicinsko informatiko MF. • Pokriva ista vsebinska področja kot Medline. • Veljajo ista načela gradnje, vključno z MeSH, kot pri Medline. • Vključuje dela slovenskih avtorjev objavljena pri nas in po svetu in dela tujih avtorjev, objavljena pri nas. Informatika (2010 / 2011): J. Dimec: Tekstovne podatkovne zbirke

23. Biomedicina Slovenica • V računalniški obliki nastaja od leta 1976! • 2010: v zbirki nad 145.000 zapisov. • Dostopna zastonj na spletnem naslovu http://bswww.mf.uni-lj.si/pls/bs/bs_frm?lang=SLO Informatika (2010 / 2011): J. Dimec: Tekstovne podatkovne zbirke

24. BiomedicinaSlovenica Rezultati iskanja ziskalno zahtevoAvtor = Kansky Ain Deskriptor =SKIN DISEASES,VESICULOBULLOUS Informatika (2010 / 2011): J. Dimec: Tekstovne podatkovne zbirke

25. Biomedicina Slovenica Rezultat iskanjaje lahko tudi polni dokument. Informatika (2010 / 2011): J. Dimec: Tekstovne podatkovne zbirke

26. Zbirke polnih dokumentov • Bibliografski zapis je nadomestek pravega nosilca informacij. • Bibliografski zapis le opozarja na dokument. • Informacijski potrebi lahko zadosti le polni dokument. • V sodobnih tekstovnih zbirkah • bibliografske nadomestke zamenjujejo polni dokumenti, ali pa • bibliografski zapis postane kazalec, ki omogoča dostop do polnega dokumenta. Informatika (2010 / 2011): J. Dimec: Tekstovne podatkovne zbirke

27. Hipertekst, multimediji • Strokovni dokument ni linearno branje. • Nevidna struktura strokovnega dokumenta je semantična mreža. • Tudi dokumenti v zbirki so na nek način povezani s semantično mrežo. • Strokovni dokument ni samo besedilo. • Naravna načina zapisa strokovnih dokumentov sta hipertekst in multimediji. Informatika (2010 / 2011): J. Dimec: Tekstovne podatkovne zbirke