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Modelo para codificação de narrativas clínicas para uma ontologia de domínio utilizando SNOMED CT. Priscilla Koppe Edson José Pacheco Percy Nohama Stefan Schulz. Pontif ícia Universidade Católica do Paraná Universidade de Freiburg , Alemanha. INTRODUÇÃO.
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Modelo para codificação de narrativas clínicas para uma ontologia de domínio utilizando SNOMED CT PriscillaKoppeEdson José Pacheco PercyNohama Stefan Schulz Pontifícia Universidade Católica do Paraná Universidade de Freiburg, Alemanha
INTRODUÇÃO • Crescente expansão de informações não estruturada em prontuários eletrônicos • Necessidade de implementação de sistemas que lidam com terminologias clínicas • Importância da codificação na comunicação eletrônica • Criação de regras para codificação
OBJETIVO • O objetivo da pesquisa é propor uma metodologia para o mapeamento de texto livre, especificamente de narrativas clínicas, para SNOMED CT, através de regras de codificação. • Finalidade é a criação de um padrão-ouro para permitir a avaliação de um sistema PLN
SNOMED CT • SNOMED CT é um vocabulário médico padronizado que define o significado dos termos médicos, visando melhorar a interoperabilidade entre sistemas. • Inclui: sinais sintomas doenças procedimentos medicamentos
SNOMED CT • Os elementos básicos que compõem SNOMED CT são: • Conceito: unidade básica de SNOMED CT. Cada conceito é identificado por um código numérico único, tem um nome único (FullySpecifiedName) e um conjunto de termos sinônimos (descriptions). • Hierarquias: são 19 as principais (ex: Disorder, Procedure, Substance, Clinicalfindings, etc.); • Relações: associações entre conceitos, usadas para formalmente definir e descrever um conceito
METODOLOGIA • 120 sumários de alta oriundos da área de cardiologia do Hospital de Clínicas de Porto Alegre (HCPA) foram selecionados para a efetuação da codificação do conteúdo • Utilização doVirginia Tech Browser • Desenvolvimento de uma estrutura tabular para relacionar elementos do texto com conceitos SNOMED
METODOLOGIA • O processo de codificação foi realizado por dois profissionais da área da saúde. • A composição de um guidelinefoi necessária para dar suporte à criação de um padrão ouro de codificação objetivando a avaliação de um processo computadorizado de mapeamento usando tecnologias de processamento de linguagem natural.
GUIDELINE • As principais regras implantadas foram: • Somente use a hierarquia “Morphologies” se não houver código correspondente nas hierarquias preferidas: “Clinical Findings” ou “Procedure”; • Para codificar resultados de laboratório, utilize a categoria “Observable concepts”; • Para codificar um medicamento, utilize o código SNOMED CT referente a Substance ao invés de Product. Ex: digoxin (substance) preferencialmente a digoxin (product)
GUIDELINE • Para conceitos anatômicos, a SNOMED CT apresenta sempre dois conceitos: “Entire X” e “ X structure ”. Nesses casos, codifique o último, termo mais geral. Ex.: “Right coronary artery structure” ao invés de “Entire right coronary artery”; • Utilize conceitos SNOMED CT da categoria “Qualifier value” apenas quando esta referir-se a características importantes de outros conceitos. Ex.: “laterality, episodicity, severity”; • Se um termo estiver presente na hierarquia SNOMED CT “Anatomical concepts” e o mesmo conceito estiver nas hierarquias “Clinical Findings” ou “ Procedure”, codifique o termo obtido na “ Clinical Findings”;
RESULTADOS • Efetividade do Guideline através da avaliação da concordância do trabalho de codificação realizado pelos profissionais • 12 sumários de alta foram aleatoriamente selecionados e submetidos ao processo de codificação pelos dois especialistas envolvidos nesta atividade • 89% de concordância (Cohen’sKappa)
DISCUSSÕES • Avaliação das discordâncias existentes: Termo: “TABAGISTA”
DISCUSSÕES Termo: “ELETROCARDIOGRAMA”
DISCUSSÕES Termo: “SATURAÇÃO DE OXIGÊNIO”
DISCUSSÕES Termo: “PARADA RESPIRATÓRIA”
DISCUSSÕES Termo: “HEMATÚRIA”
DISCUSSÕES • Avaliação das concordâncias existentes: • Medicamentos (Hierarquia Substance): Aspirina, Sinvastatina, Metoprolol, Captopril, Furosemida, etc. • Doenças (Hierarquia Disorder): Hipertensão arterial sistêmica, Diabetes mellitus, Cardiopatia isquêmica, etc. • Procedimentos (Hierarquia Procedure): Angioplastia transluminal percutânea, Cateterismo, Rx de tórax, Ecocardiograma, etc. • Estruturas anatômicas (Hierarquia Body Structure): Ventrículo direito, Septo cardíaco, Artéria coronária direita, etc.
CONCLUSÃO • O Guideline desenvolvido abordou tópicos importantes para a obtenção de um resultado satisfatório de codificação manual. • Com base no resultado alcançado com o mapeamento manual, uma rotina automatizada de mapeamento está sendo desenvolvida, com base em ferramentas de processamento de linguagem natural (PLN).