1 / 18

Isozyme Markers

Isozyme Markers. Växt material. Specifik infärgning. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10. Stärkelsegelelektrofores (SGE) – Polyakrylamidegelelektrofores (PAGE). Elektroforetisk analys av isozymvariation. Viktiga definitioner. Diploid växt. M onomerisk enzym

eryk
Download Presentation

Isozyme Markers

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Isozyme Markers

  2. Växt material Specifik infärgning 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 Stärkelsegelelektrofores (SGE) – Polyakrylamidegelelektrofores (PAGE) Elektroforetisk analys av isozymvariation

  3. Viktiga definitioner

  4. Diploid växt

  5. Monomeriskenzym (Enkel polypeptidekedja) Alleles A Locus-1 (gen 1) B AA AB BB homozygot heterozygot homozygot En gen (= ett locus) som kodar för ett monomerisk enzyme har endast två alleles per individ

  6. Alleles – Loci Aconitase (ACO) Locus-1 A B AA AB BB AB A B Locus-2 AB BB AB AA Locus-3 A AA AA AA AA Aconitase

  7. Bandningsmönster Aconitase

  8. Dimeriskt enzym (två polypeptidkedjor) Alleles A Locus-1 B AA AB BB En gen (= ett locus) som kodar för ett dimemerisk enzyme har endast två alleles per individ

  9. Dimerisk enzym • GPI – Glucose-6-phosphate isomerase a b Gpi-1 c K 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 K BB BB BB BC BB BC BB AB AB BB BB CC BB AB BB BB BB BB

  10. Tetramerisk enzym(tre polypeptidkedjor) Alleles A Locus-1 B AA AB BB En gen (= ett locus) som kodar för etttetramerisk enzyme har endast två alleles per individ

  11. Tetramerisk enzym DIA - Diaphorase a b

  12. Isozymvariation för 6 enzymsystem i arten Elymus

  13. Fördelarna med isozymanalys Det finns ett direkt samband mellan skillnader i degenprodukter man studerar och skillnader på DNA-nivå Man studerar absoluta genetiska skillnader som är oberoende av miljön Graden av polymorfism kan variera men den är oftast hög hos korsbefruktade arter Enkel och billig

  14. Nackdelarna med isozymanalys • Man studerar ett begränsat antal loci i förhållande till DNA-baserade metoder. • Allozymbandmönstren hos polyploida arterkan vara mycket svåra att tolka

  15. Statistik Population 1 Population 2 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 BB AB AA BB AA AA AA AA AA AB BB AB AA BB BB AB AB BB AB BB AB AA AA AA AB AA AB BB BB BB

  16. Population 1 Population 2 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 Allele frekvens F(allele A) + F(allele B) = 1 F(A) = 2 Ho (AA) + He F(B) = 2 Ho (BB) + He 2N 2N N= Antal individer Ho = Homozygotes He = Heterozygotes

  17. F(allele A) + F(allele B) = 1 Pop 1 Pop 2 F(A) = 2 (4) + 6 = 14 = 0,47 F(A) = 2 (7) + 3 = 17 = 0,57 2x15 30 2x15 30 F(B) = 2 (5) + 6 = 16 = 0,53 F(B) = 2 (5) + 3 = 13 = 0,43 2x15 30 2x15 30 Population 1 Population 2 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15

  18. Statistisk bearbetning av resultaten BIOSYS-1 (Swofford & Selander 1989) (A computer program for the analysis of allelic variation in population genetics) Den absoluta mängden av genetisk variation - P = Frekvensen loci med genetisk variation - H = Heterozygoti Fördelningen av den totala genetiska variationen mellan och inom populationen Graden av genetisk likhet mellan populationer - D = “Genetic distance” BIOSYS-1 GENOTYPE FREQUENCY INPUT NOTU=2,NLOC=8,NALL=3 8(1X,A5)) ACO-1 ACO-2 ACO-3 ACO-4 MDH-2 PGD-1 PGD-2 PGM-1 STEP DATA: DATYP=2,NCOL=6,ALPHA; (6X,6(1X,2A1,1X,I2) Population 1 ACO-1 AA:50 ACO-2 BB:20 BC:30 ACO-3 AB:22 BB:28 ACO-4 BB:50 MDH-2 BB:49 BC:01 PGD-1 AA:50 PGD-2 AA:40 AB:10 PGM-1 BB:50 Population 2 ACO-1 AB:50 ACO-2 AB:20 BC:30 ACO-3 AB:22 BC:28 ACO-4 BB:50 MDH-2 BB:49 BC:01 PGD-1 AA:50 PGD-2 AA:40 AB:10 PGM-1 BB:50

More Related