Spanish Resting State Network SRSN I Jornada Informativa Barcelona

1. Spanish Resting State Network SRSN I Jornada Informativa Barcelona

2. PROGRAMA JORNADAS • 10.15 La creación de SRSN       • Dra. Mar Álvarez. • 10.45 Cambiando la perspectiva de la ciencia y la investigación: Proyecto “1000 Functional Connectomes”  • Dr. Fco. Xavier Castellanos • 11.15 Oficina 2.0 • D. Miguel Ángel Mañez • 11.40 Plataforma XNAT en el contexto de la SRSN.   • Dra. María de la Iglesia Vayá • 12h CONCLUSIONES, RUEGOS Y PREGUNTAS.

3. CREACIÓN Spanish Resting State Network • Junio 2010 se constituye la SRSN como una colaboración entre distintos grupos de investigación de España y centros internacionales. • Objetivos a largo plazo: • Iniciar una red de investigadores en compartir recursos y conocimientos sobre la conectividad intrínseca cerebral mediante estudios de RMf en estado de reposo • Aunar esfuerzos del mayor número posible de centros • Colaboración con proyecto “1.000 Functional Connectomes” • Objetivos a corto plazo: • Realización de un articulo revisión en colaboración distintos grupos sobre RMf en estado de reposo.

4. The Spanish Resting State Network as a Model for Continued Expansion of the 1000 Functional Connectomes Project Erika Proal1,3, Mar Álvarez-Segura1,4, María de la Iglesia-Vaya5, Luis Martí-Bonmatí6, Rosa Valenzuela7, Gregorio Gómez7, F. Xavier Castellanos1,2. Child Study Center at NYU Langone School of Medicine, New York, NY, USA1 ;Nathan Kline Institute, Orangemburg, NY, USA2; Universidad Autonòma de Barcelona3 ;Fundación Alicia Koplowitz4 ;IBEME-UPV5 ;Hospital Universitario La Fe-Valencia6 ;“Conselleria Sanitat Valencia” (Health Ministry of Valencia Province)7 Erika.Proal@nyumc.org, erikaproal@gmail.com Recently, several Spanish research groups have begun collecting and analyzing resting state fMRI data. An inaugural meeting was held to propose the formation of the SRSN. Attendees presented summaries of their ongoing projects and research plans and were invited to become founding members of the SRSN. • As recently demonstrated by the 1000 Functional Connectomes Project (Biswal et al., 2010) resting state functional connectivity (RSFC) approaches are particularly amenable to large-scale international collaborative efforts. To facilitate and accelerate such efforts among scientists whose first language is Spanish, the Spanish Resting State Network (SRSN) has recently been founded. Objectives of the SRSN: • To establish a network of investigators interested in sharing methods and knowledge regarding RSFC and related approaches • To publicize the availability of the 1000 Functional Connectomes Project data repository and data analysis scripts at www.nitrc.org • To provide such information in Spanish; and to promote continued contribution of new data sets to the 1000 Functional Connectomes Project. COORDINATOR MARIA DE LA IGLESIA IBEME- Universitat Politècnica de València RESEARCH ADVISOR F. XAVIER CASTELLANOS Child Study Center at NYU- Langone School of Medicine CLINICAL ADVISOR LUIS MARTI-BONMATI Hospital la Fe de València SUBCOORDINATOR ERIKA PROAL Child Study Center at NYU Langone School of Medicine UniversitatAutonoma de Barcelona SUBCOORDINATOR MAR ALVAREZ-SEGURA Fundación Alicia Koplowitz Child Study Center at NYU- Langone School of Medicine Fig1. ORGANIZATIONAL CHART A document formalizing the objectives and expectations of the SRSN has been prepared and circulated to participants in the inaugural meeting which was held at the “Parc de Recerca Biomèdica de Barcelona” (Barcelona Biomedical Research Institute), at the “Hospital del Mar” on June 11, 2010. A page was established for the SRSN at www.nitrc.org/projects/srsn for Spanish language communication to facilitate sharing of ideas, approaches, advice, and data. A paper describing the formation of the SRSN and providing the scientific rationale for resting state fMRI is being prepared for submission for peer-reviewed publication in a Spanish-language Medline-indexed scientific journal. The Health Ministry of Valencia Province has provided initial positive indications of considering the incorporation of 6 minutes of resting state fMRI data as a routine component of clinical brain imaging MRI scans in the Valencian community, which includes 32 public hospitals in a single payer system. Planning is underway to assure compliance with ethical standards while making available such an invaluable community-based dataset to the research community. Quiron Hospital in the city of Valencia has agreed to collect data from an average of 2 control subjects per day (7mins scan). Table 1. HOSPITALS AND UNIVERSITIES PARTICIPATING • It is anticipated that successful launching of the SRSN should provide a model for similar dissemination of RSFC-related methods in other scientific communities and thus will serve to accelerate the process of aggregating sufficiently large demographically informative data sets to provide statistical normative values for future clinical and research studies CONCLUSIONS & FUTURE DIRECTIONS METHODS INTRODUCTION

5. Objetivos cumplidos • Realización del artículo: • Proal E., Álvarez-Segura M, De la Iglesia-Vayá M., Marti-Bonmatí L., Castellanos FX y el SRSN. Actividad funcional cerebral en estado de reposo: redes en conexión. Rev Neurol 2011; 52 (Supl X) • Objetivo adicional: • Apoyo de la Agencia Valenciana de Salut: implicaciones futuras http://srsn.san.gva.es/

7. MIEMBROS INTEGRANTES C. VALENCIANA • Conselleria de Sanitat de Valencia. Agencia Valenciana de Salut, Generalitat Valenciana . • Hospital Comarcal de Sagunto. • Hospital Clínic Universitari. • Hospital Comarcal de Xativa. • Hospital Arnau de Vilanova. • Hospital General Universitario de Valencia  • Universitat Jaume I, Castellón • Universidad Politécnica de Valencia. • Hospital Francesc de Borja. • Hospital Universitario Dr. Peset. • Hospital La Fe, Agencia Valenciana de Salut - Generalitat Valenciana • Hospital de la Rivera. • Hospital de Requena. • Clínica Quirón Valencia

8. MIEMBROS INTEGRANTES RESTO DE ESPAÑA • Universitat Autònoma de Barcelona . Fundació IMIM • Hospital Benito Menni CASM. • Hospital Clínic Barcelona  • Hospital Universitari Vall d'Hebron • Internet Interdisciplinary Institute de la Universitat Oberta de Catalunya • Hospital de la Santa Creu i Sant Pau • Universidad de Girona. • Hospital Dr Josep Trueta. • Hospital Universitario Gregorio Marañón • Clínica Universitaria de Navarra

9. SRSN: ¿Cómo empezamos? • Primera Propuesta por parte de la SRSN: • Elaboración de una base de datos común conjunta de controles • Datos sociodemográficos a decidir por los miembros SRSN • Forma de explotación de datos a decidir por los miembros SRSN

10. XNAT XNAT: Un framework para la organización y compartición de los datos en neuroimagen

11. XNAT: INTRODUCCIÓN La investigación de neuroimagen genera una gran cantidad de datos, tanto sin procesar como procesados, además de datos derivados de la imagen. Los estudios de investigación incluyen a menudo otros datos no relacionados con la imagen, como por ejemplo los datos demográficos, clínicos y genéticos. Mantener la integridad, organización, seguridad y accesibilidad de los datos, requiere una infraestructura de software compleja e importante.

12. XNAT • Las herramientas informáticas, consecuentemente son necesarias para la explotación de estos. • Se ha desarrollado un conjunto herramientas para dar solución a esta casuistica “Extensible Neuroimage Archive Toolkit (XNAT)” • XNAT está basado en estándares de la industria para dar soporte a estas necesidades. • XNAT utiliza esquemas XML para definir datos experimentales. • XNAT crea automáticamente una base de datos “backend” para su almacenamiento, mientras que mediante una aplicación cliente web se permite a los usuarios archivar, gestionar, buscar y visualizarlos.

13. XNAT Datos organizados por XNAT Datos no organizados Clinical evaluation Psych. assessment Integrated Data Archive Secure User Interface Processed images Raw images Genetic data • Proporciona un único almacén de datos integrados. • Permite medidas de control de calidad. • Proporciona vínculos entre tipos de datos relacionados. • Incluye la gestión ‘on line’ y herramientas de exploración y explotación. • Proporciona al usuario el control de acceso. • Los datos se pierden con facilidad y son difíciles de tratar. • El intercambio de datos es complejo. • No hay forma de vincular los tipos de datos relacionados. • Dificultad para controlar el acceso del usuario.

14. XNAT

15. XNAT, flujo de trabajo

16. XNAT

17. XNAT: ARQUITECTURA

18. XNAT y HSE HSE De los datos obtenidos de las investigaciones, como propósito se pretende incorporar los resultados a la Historia Clínica Electrónica (HSE)

19. XNAT EJEMPLO DE IMPLANTACIÓN • La Universidad de Washington gestiona mediante XNAT una base de datos de neuroimagen de 1 terabyte de tamaño. • Esta información consiste en más de 1800 sesiones de proyección de imagen que están siendo investigadas, procesadas ​​y compartidas en dicho archivo para el estudio de la enfermedad de Alzheimer. • Los datos incluyen: imágenes de resonancia magnética estructural, Imágenes de tensor de difusión (DTI), evaluaciones de la investigación radiológica, evaluación de integridad en sustancia blanca, medidas volumétricas tanto automática como manual, y normalización del volumen total del cerebro.

20. XNAT: RESUMEN QUE SE CONSIGUE XNAT suministra a los centros de investigación un marco para la gestión de sus datos. Se pueden capturar protocolos experimentales mediante los esquemas por defecto que proporciona XNAT o mediante esquemas personalizados. El diseño extensible de XNAT permite a los centros de investigación capturar rápidamente nuevos protocolos experimentales, simplemente añadiendo los documentos del esquema, asegurando así el mantenimiento a largo plazo de su archivo de datos. http://jakarta.apache.org/velocity/. http://www.w3.org/Style/CSS/. http://jakarta.apache.org/turbine/. http://jakarta.apache.org/tomcat/. http://maven.apache.org/. http://www.postgresql.org/.

21. XNAT

22. XNAT Erika Proal Bharat Biswal D. Margulies