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Mapeo de QTLs en Arabidopsis thaliana

Mapeo de QTLs en Arabidopsis thaliana. Luis Barboza Centro para investigaciones en Granos y Semillas (CIGRAS) Universidad de Costa Rica Julio 2009. aa. AA. aa bb. AA BB. aa…ff. AA…FF. P. Aa. Aa Bb. Aa….Ff. F1. ½. F2 (No efecto del ambiente). ¼. ¼. F2

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Mapeo de QTLs en Arabidopsis thaliana

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Presentation Transcript

  1. Mapeo de QTLs en Arabidopsis thaliana Luis Barboza Centro para investigaciones en Granos y Semillas (CIGRAS) Universidad de Costa Rica Julio 2009

  2. aa AA aa bb AA BB aa…ff AA…FF P Aa Aa Bb Aa….Ff F1 ½ F2 (No efecto del ambiente) ¼ ¼ F2 (Con efecto del ambiente) Caracteres cuantitativos

  3. Mauricio (2001)

  4. Mauricio (2001)

  5. Mapeo de Caracteres cuantitativos • QTL “Quantitative trait loci” • Asociación entre marcadores moleculares polimórficos y el fenotipo • Componentes: • Población para el mapeo • Mapa genético • Datos del fenotipo

  6. P1 P2 Parental x Hybrid F1 Het F2 population 50 % F2 F3 Single seed 25 % descent F4 12.5 % procedure 6.3 % F5 3.1 % F6 1.6 % F7 F8 0.8 % Recombinant inbred line (RIL) population Población para el mapeo: RILs (Recombinant inbred lines) Parentales Híbrido F1 Descendencia por semilla única “Líneas Inmortales” Broman et al. (2005)

  7. Tamaño de población: 25 ó 150 RILs?

  8. Tamaño de población • Número de RILs: 25, 175 o más? Keurentjes et al. (2007)

  9. Número de réplicas Keurentjes et al. (2007)

  10. El-Lithy et al. 2006 Mapa genético: • Posiciones de marcadores en cromosomas

  11. a b a a a a a b b b b b a a b b a b a b a b a b a a a b b a a a a a b b a a a b b b a b P P P P P R R R R R R R R R R R P P R P P R Frecuencia de recombinación (FR):Núm. Recombinantes/ Total población • CAPS (cleaved amplified polymorphic sequence) FR: (13/20)*100 = 65 cM Conclusión: GAPB A y GAPB B no se encuentran ligados FR > 50 cM

  12. Mapas de ligamiento • Problemas: • Dobles recombinantes • Funciones para corregir: • Haldane • Kosambi

  13. Software!

  14. QTLs! DATOS A. thaliana RILs Diferentes ambientes, tejidos, tratamientos Software: SPSS MapQTL 5 Mapchart

  15. QTLs afectando concentración mineral Ghandilyan et al. (2009)

  16. Alonso Blanco et al. (2003) Vreugdenhil et al. (2004) Interacciones (Epistasis) QTLs afectando germinación

  17. Interacción QTL x Ambiente

  18. Validación de QTLs Modificado de Alonso Blanco et al. (2003)

  19. Muchas Gracias!!! Del modelo a la práctica… • Identificación de genes • Otros cultivos

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