PSI-BLAST

2. PSI-BLAST

3. El algoritmo que utiliza PSI-BLAST

4. A lo largo de la evolución, es posible que la estructura 3D de las proteínas se conserve a pesar de que la similitud de las secuencias se haya deteriorado considerablemente PSI-BLAST es capaz de detectar este tipo de relaciones buscando en las BD y, de este modo, encontrar nuevos miembros de una familia de proteínas que, a pesar de tener secuencias muy distintas, conservan la estructura 3D y, por tanto, la función. Antes esto sólo se podía hacer comparando directamente las estructuras 3D PSI-BLAST es el programa más sensible de toda la gama BLAST: es capaz de encontrar proteínas con un parentesco remoto (homólogas), cuyas secuencias conservan un grado de similitud muy reducido ¿Para qué se utiliza PSI-BLAST?

5. PSI-BLAST

6. En la página de BLASTP, se introduce una proteína problema, se selecciona la BD y se marca la opción PSI-BLAST. Introduce la secuencia problema Selecciona la BD Selecciona PSI-BLAST Selecciona los parámetros de PSI-BLAST Formulario de PSI-BLAST

7. Se conoce su estructura 3D La proteína P12004 (fichero de Uniprot)

8. La proteína P12004 (antígeno nuclear de las células que proliferan) es un homotrímero con estructura 3D de tipo a + b Estructura 3D de P12004 (fichero 1AXC de PDB)

9. En la primera etapa, PSI-BLAST hace un BLASTP (con huecos) para buscar en la BD las secuencias parecidas a la secuencia problema. Resultados de la búsqueda inicial (en forma gráfica) Resultados de la primera iteración (1)

10. Secuencias que van a utilizar para hacer un AMS y construir el perfil. Se pueden deseleccionar las que no interesen Secuencias que no se van a utilizar para construir el perfil. Se pueden seleccionar las que interesen Resultados de la primera iteración (2)

11. PSI-BLAST utiliza el perfil para volver a buscar en la BD otras secuencias que se ajusten a él. Resultados de la segunda iteración (1)

12. Nuevas secuencias que han aparecido al buscar en la BD con el perfil. Secuencias que ya estaban incluídas en el perfil. Resultados de la segunda iteración (2)

13. 6.- PSI-BLAST se detiene cuando ya no encuentra nuevas secuencias que añadir al perfil o cuando ha realizado el número determinado de iteraciones marcadas por el usuario (normalmente, entre 3 y 5) No se han encontrado secuencias nuevas que añadir al perfil. Puedo dar el proceso por terminado. PSI-BLAST: manual de instrucciones

14. PSI-BLAST selecciona las nuevas secuencias que se ajustan al perfil (porque han obtenido una puntuación significativa) y las añade a las anteriores. Vuelve a construir el perfil e inicia una nueva ronda de búsqueda en la BD. (Este es el mecanismo iterativo) PSI-BLAST se detiene cuando ya no encuentra nuevas secuencias que añadir al perfil o cuando ha realizado el número determinado de iteraciones marcadas por el usuario (normalmente, entre 3 y 5) Resultados de la tercera iteración

15. La proteína P0A988 (Subunidad b de la DNA polimerasa III de E. coli) es un homodímero con estructura 3D de tipo a + b Estructura 3D de P0A988 (fichero 2POL de PDB)

16. Alineamiento entre PCNA y DNA pol III

17. Otras opciones para ver los resultados Resultado final de la búsqueda (en forma gráfica) PSI-BLAST: manual de instrucciones (8)

18. Resultado final de la búsqueda (alineamiento múltiple de secuencias) PSI-BLAST: alineamiento múltiple de secuencias

19. Puedes guardar los resultados de la búsqueda de diversas maneras PSI-BLAST: guardar los resultados