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Annottation et comparaison de génomes

Annottation et comparaison de génomes. Master 2 Biologie Informatique Paris 7 Module Génomique comparative Octobre 2013 Philippe Dessen dessen@igr.fr. Annotation de Génomes. Artemis Fait pour des petits génomes (bactériens) mais utlisable sur le plus gros génomes. GeneMark

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Presentation Transcript

  1. Annottation et comparaison de génomes Master 2 Biologie Informatique Paris 7 Module Génomique comparative Octobre 2013 Philippe Dessen dessen@igr.fr

  2. Annotation de Génomes • Artemis • Fait pour des petits génomes (bactériens) mais utlisable sur le plus gros génomes.

  3. GeneMark Développé par Borodovsky Programme de prédiction de gènes procaryotes et low-eukaryotes Basé sur les modèles de chaines de Markov

  4. Le logiciel ne peut être obtenu que par demande à Georgia University (free pour academiques)

  5. GENSCAN Développé par C. Burge Programme de prédiction de gènes humains ab initio

  6. GeneWise Développé à l’EBI par E. Birney Package de comparaison basé sur une modélisation du gène Série de programmes genewise, estwise … De comparaison de séquences génomiques , séquences exprimées (collections de cDNA) ou est (d espèèces eventuellemnt voisines Comparer à est2genome et à sim4 (programmes simples d’ancrage des alignements sur les sites d’épissage

  7. Wise2 sur le Bioweb de Pasteur

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