1 / 29

Proteiinianalyysi 4

Proteiinianalyysi 4. http://www.bioinfo.biocenter.helsinki.fi:8080/ downloads/teaching/spring2005/proteiinianalyysi. Samankaltaisuus. Sekvenssin perusteella Rakenteen perusteella evoluutiossa rakenne säilyy kauemmin kuin sekvenssi vertailu rigid-body distance matrix. Dali.

gordon
Download Presentation

Proteiinianalyysi 4

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Proteiinianalyysi 4 http://www.bioinfo.biocenter.helsinki.fi:8080/ downloads/teaching/spring2005/proteiinianalyysi

  2. Samankaltaisuus • Sekvenssin perusteella • Rakenteen perusteella • evoluutiossa rakenne säilyy kauemmin kuin sekvenssi • vertailu • rigid-body • distance matrix

  3. Dali • Distance-matrix ALIgnment

  4. Some Similarities are Readily Apparent others are more Subtle Easy:Globins 125 res., ~1.5 Å Tricky:Ig C & V 85 res., ~3 Å Very Subtle: G3P-dehydrogenase, C-term. Domain >5 Å

  5. Same fold, same superfamily

  6. Fold space graph • rakennevertailu kaikki kaikkia vastaan • aluksi • redundanssi • domeenit

  7. Protein domains/modules • globular • independently foldable • occur in different contexts

  8. Domains via the contact matrix

  9. Structure similarity Dendrogram / homologues ‘superfamily’ ‘superfold’ Analogy Homology

  10. Komparatiivista genomiikkaa • luokittelun jälkeen proteomien koostumusta voidaan verrata keskenään

  11. Universaalit proteiiniperheet

  12. Distribution of probable homologues of predicted human proteins

  13. Suurimmat PFAM-perheet

  14. Suurimmat PFAM-perheet ilman tunnettua rakennetta (paljon TM-proteiineja)

  15. Suurimmat perheet ihmisellä ja hiirellä liittyvät usein proteiini-interaktioihin

  16. Suurimmat perheet E. colilla ja arkebakteerilla liittyvät tyypillisesti metaboliaan

More Related