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AR-EMBnet Martín Sarachu y Oscar Grau Instituto de Bioquímica y Biología Molecular (IBBM), Facultad de Ciencias Exactas, UNLP, La Plata, Argentina. ACTIVIDADES DE BIOINFORMATICA EN EL IBBM
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AR-EMBnet Martín Sarachu y Oscar Grau Instituto de Bioquímica y Biología Molecular (IBBM), Facultad de Ciencias Exactas, UNLP, La Plata, Argentina
ACTIVIDADES DE BIOINFORMATICAEN EL IBBM 1991 Se establece una computadora MicroVax con los programas GCG accesibles vía telefónica con el protocolo X25. 1991 Curso "Computer networking, use of data bases for nucleic acids and proteins", FAO, Facultad de Ciencias Exactas, UNLP, agosto (20 horas). Profesor Mack Vandejaar (ICGEB). 1997 Se instala una Work Station Sun UltraSparcII, conectada a Internet. Para el uso del paquete GCG via Internet (línea de comando). 1997 “Curso Internacional de Postgrado de Bioinformática”Programa Regional de Biotecnología, PNUD UNESCO - RLA 92-017, Facultad de Ciencias Exactas, UNLP (julio, dos semanas “full time”). Profesores: Peter Rice (The Sanger Center, Inglaterra), João Meidanis (Universidad de Campinas Brasil), Robin Munro (Mathematical Biology, NIMR, Mill Hill, Inglaterra)
1997 Incorporación a EMBnet como nodo nacional Argentino. 2000 Curso “Bioinformática” (abril, 2 días intensivos)Profesor: Marc Colet, codirector del Nodo Belga de EMBnet. Se instala la interface web WWW2GCG. 2001 Instalación de EMBOSS en el nodo y desarrollo de una interface web (wEMBOSS). 2002 Instalación de un cluster PC/Linux/openMosix donde se colocan los servicios públicos del nodo. 2002 “Curso CABBIO de Bioinformática” (Diciembre, dos semanas “full time”) Profesores: Dr. José Valverde (Manager de EMBnet, España); Felipe Rodrigues da Silva (Embrapa, Brasil); Gonçalo Guimaraes Pereira (UNICAMP, Brasil); Dr. P. Daniel Ghiringhelli (Departamento de Ciencia y Tecnología, UNQ) Se utiliza EMBOSS con la nueva interface wEMBOSS desarrollada por BEN
AR-EMBnet http://www.ar.embnet.org
Bases de datos disponibles en AR-EMBnet • Secuencias • PIR mensual • SP-TrEMBL semanal • SwissProt semanal • SwissProt Updates semanal • EMBL trimestral • EMBL Updates semanal • Relacionadas • PDB trimestral * • PROSITE semanal • PRINTS mensual • REBASE mensual • TRANSFAC cuatrimestral • PFAM quincenal * • HSSP quincenal * • PRODOM quincenal * * solamente en SRS
EMBOSS Historia • En 1988 nace EGCG. Hace uso de las librerías de GCG, • cuyo código es abierto. • GCG es comprado en 1997 por Oxford Molecular y deja • de ser distribuido con las fuentes de sus librerías. • EGCG es discontinuado. Comienza a gestarse EMBOSS. • Marzo de 1999 - EMBOSS-0.0.4 alpha • Septiembre de 1999 - EMBOSS-0.0.4 beta • Julio de 2000 - EMBOSS-1.0.0 (primer release) • Enero de 2003 - EMBOSS-2.6.0
wEMBOSS Martín Sarachu, AR-EMBnet, Argentina • desarrollado entre Enero/Marzo de 2001 • escrito en Perl • intérprete ACD e interface de usuario en el mismo • módulo
wEMBOSS (histórico) Página inicial
wEMBOSS (histórico) Menú del programa
wEMBOSS (histórico) Resultados
wEMBOSS Martín Sarachu, AR-EMBnet, Argentina • no guarda resultados • sin espacio privado para cada usuario • sin ayuda online
EMBOSS-GUI Luke McCarthy, Plant Biotechnology Institute, Canadá • adoptado por EMBnet Canadá en Mayo de 2001 • escrito en Perl • no guarda resultados • sin espacio privado para cada usuario • con ayuda online • intérprete ACD e interface de usuario en distintos • módulos • modo batch, aviso al usuario por mail
EMBOSS-GUI Página inicial
EMBOSS-GUI Menú del programa
EMBOSS-GUI Resultados
wEMBOSS Marc Colet, BEN, Bélgica • basado en EMBOSS-GUI • adoptado por BEN en diciembre de 2002. • escrito en Perl y C • guarda resultados • con espacio privado para cada usuario • permite crear proyectos y cargar secuencias • utilizado en AR-EMBnet para uso de EMBOSS
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wEMBOSS Menú del programa
wEMBOSS Resultados
AJAX command definition (ACD files) ¿Qué son? • describe las entradas, salidas y otros parámetros que el • programa necesita • especifica datos obligatorios y datos con rango • puede indicar dependencia entre parámetros • todos los programas de EMBOSS tienen un archivo ACD
AJAX command definition (ACD files) ¿Qué ventajas tienen? menú de texto command line web water showdb plotorf etc. archivo ACD (uno por programa) La forma en que el programa interactúa con el usuario (interfase) es independiente del programa
AJAX command definition (ACD files) ¿Qué ventajas tienen? archivo ACD (uno por programa) interfase web (wEMBOSS) programas EMBOSS integrar a EMBOSS BLAST integración costosa, difícil mantenimiento MALA SOLUCIÓN
EMBOSS Direcciones importantes ableasby@hgmp.mrc.ac.uk Alan Bleasby, Coordinador del proyecto EMBOSS emboss@embnet.org Discusión en general sobre EMBOSS emboss-bug@embnet.org EMBOSS Support Team emboss-dev@embnet.org Desarrolladores de EMBOSS