1 / 13

BEST

BEST. Bayesian Estimation of Species Trees (Liang Liu). (Species tree z BESTu horsi rozliseni (pokud je signal slaby nebo odlisny u jednotlivých genů)). Species tree : all divergences of species pairs must occur after the respective gene divergences occur. Multilokusový dataset v BESTU.

ham
Download Presentation

BEST

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. BEST Bayesian Estimation of Species Trees (Liang Liu)

  2. (Species tree z BESTu horsi rozliseni (pokud je signal slaby nebo odlisny u jednotlivých genů)) • Species tree: all divergences of species pairs must occur after the respective gene divergences occur

  3. Multilokusový dataset v BESTU • Každý gen jede svoje vlastní Bayesovské hledání • Pro každé zaznamenávané generace jsou i zapisovány species trees – jakýsi konsensus z dosažených…

  4. Zdroj – volný freeware • http://www.stat.osu.edu/~dkp/BEST/ • exe prográmek, který je vlastně mírně upravený MrBayes (přidané funkce)

  5. Vstupní soubor: Nutné: Definovat outgroup Definovat jednotlivé geny Definovat model pro každý gen Definovat skupiny taxonů (tj. je-li více sekvencí z jednoho druhu…) Klasický nexus file, příkazy jako pro MrBayes. Pro mitochondrii napsat „ploidy = haploid“!!!

  6. Vstupní soubor II: Nastavení priors pro Bayesovskou analýzu: Thetapr = parametr theta (velikost populace) pro výpočy z populační genetiky GeneMuPr = interval rozdílné mutační rychlosti použitých genů = je nutné, máme-li nejvíce mutující gen 10x rychlejší než nejméně mutující, aby interval byl takový, že větší číslo bude alespoň 10x násobek menšího (absolutní hodnoty jsou doporučené cca takto: Mitochondrie třikrát menší Nezávislé počítání pro každý gen: topologie, délek větví, mutační rychlosti a ostatních parametrů Klasické parametry pro Bayesovskou analýzu: 120 milionů generací, 2 runy po 3 řetězcích, frekvence ukládání stromů

  7. Spouštění souboru:

  8. Výstupní soubor: Species trees navržené během Bayesovské analýzy, mohou být dále hodnoceny jako klasické .t files z MrBayes (příkazem sumt) Soubory ovzorkovaných stromů pro jednotlivé geny (4 geny, 2 runy pro každý) Program mbbest.exe – musí být ve stejné složce…

  9. Výstup – četnost species tree • Ukázka dřívějších postupů při hledání species trees (zde výběr nejčetnějšího stromu ze všech nalezených pro 106 kvasinkových genů; Edwards, et al., 2006, PNAS)

  10. 3D graf četností nalezených stromů a jejich post.prob

  11. Hodnocení stability větví v průběhu runu • Mělo by být více generací než u konkatenátu v MrBayesovi (Edwards – 80 miliónů) Toto je stabilita jednotlivých kládů během runu BESTu, jde o dataset antarktických ryb, které ovšem nejsou příliš variabilní a geny nenesou příliš silný fylogenetický signál; zde run do 110 miliónů generací. Burnin byl 10 miliónů.

  12. Pro porovnání stejný dataset jako konkatenát v MrBayesovi:

  13. (Species tree z BESTu horsi rozliseni (pokud je signal slaby nebo odlisny u jednotlivých genů)) Konkatenát MrBayes BEST

More Related