Strukturális genomika

1. Strukturális genomika Gyakorlati feladatok

2. SNP-k és vizsgálatuk

3. SNP-k és vizsgálatuk

4. SNP-k és vizsgálatuk

5. SNP-k és vizsgálatuk

6. SNP-k és vizsgálatuk

7. SNP-k és vizsgálatuk

8. SNP-k és vizsgálatuk

9. (wt) • CGT AGT CCT TGA AGC TAT ……………… TAT GTA CGT AGC TGA • (m) • CGT AGT CCT TGA AGC TAC ……………… TAT GTA CGT AGC TGA Allél specifikus amplifikáció - ASA

10. (wt) • CGT AGT CCT TGA AGC TAT ……………… TAT GTA CGT AGC TGA • (m) • CGT AGT CCT TGA AGC TAC ……………… TAT GTA CGT AGC TGA Allél specifikus amplifikáció - ASA

11. (wt) • CGT AGT CCT TGA AGC TAT ……………… TAT GTA CGT AGC TGA • (m) • CGT AGT CCT TGA AGC TAC ……………… TAT GTA CGT AGC TGA • Tervezzünk primerpárt! Allél specifikus amplifikáció - ASA

12. (wt) • 5’ CGT AGT CCT TGA AGC TAT ……………… TAT GTA CGT AGC TGA3’ • 3’GCA TCA GGA ACT TCG ATA .…………….. ATA CAT GCA TCG ACT5’ • (m) • 5’ CGT AGT CCT TGA AGC TAC ……………… TAT GTA CGT AGC TGA3’ • 3’GCA TCA GGA ACT TCG ATG .…………….. ATA CAT GCA TCG ACT5’ • Hány primerre lesz szükségünk? Allél specifikus amplifikáció - ASA

13. (wt) • 5’ CGT AGT CCT TGA AGC TAT ……………… TAT GTA CGT AGC TGA3’ • 3’GCA TCA GGA ACT TCG ATA .…………….. ATA CAT GCA TCG ACT5’ • (m) • 5’ CGT AGT CCT TGA AGC TAC ……………… TAT GTA CGT AGC TGA3’ • 3’GCA TCA GGA ACT TCG ATG .…………….. ATA CAT GCA TCG ACT5’ • Hány primerre lesz szükségünk? 3 Allél specifikus amplifikáció - ASA

14. (wt) • 5’ CGT AGT CCT TGA AGC TAT……………… TAT GTA CGT AGC TGA3’ • 3’GCA TCA GGA ACT TCG ATA .…………….. ATA CAT GCA TCG ACT5’ • (m) • 5’ CGT AGT CCT TGA AGC TAC ………… TAT GTA CGT AGC TGA3’ • 3’GCA TCA GGA ACT TCG ATG .………… ATA CAT GCA TCG ACT5’ Allél specifikus amplifikáció - ASA

15. (wt) • 5’ CGT AGT CCT TGA AGC TAT……………… TAT GTA CGT AGC TGA3’ • 3’GCA TCA GGA ACT TCG ATA .…………….. ATA CAT GCA TCG ACT5’ • (m) • 5’ CGT AGT CCT TGA AGC TAC ………… TAT GTA CGT AGC TGA3’ • 3’GCA TCA GGA ACT TCG ATG .………… ATA CAT GCA TCG ACT5’ Allél specifikus amplifikáció - ASA

16. FAST PCR • Ellenőrzés: MultAlin • www.multalin.toulouse.inra.fr/multalin/multalin.html • Reverz primer ellenőrzéséhez • www.bioinformatics.org/SMS/rev_comp.html Primer tervezés programmal

17. (wt) CGT AAT GAA TTC AGT TGC EcoRI akcióban Emésztés RE-vel

18. (m) CGT AAT GAA CTC AGT TGC EcoRI akcióban SNP van az RE helyen

19. (m) CGT AAT GAA CTC AGT TGC EcoRI akcióban Emésztés RE-vel

20. Gélelektroforézis

21. m wt Gélelektroforézis

22. Mutáció az MLH1 gén 3. exon 5’ végén az ESE-ben Exon 2 Exon 1 Exon 3 ESE

23. Mutáció az MLH1 gén 3. exon 5’ végén az ESE-ben • Mi történik az RNS érés során? És mi történne, ha nem lenne mutáció? Exon 2 Exon 1 Exon 3 ESE

24. Mutáció az MLH1 gén 3. exon 5’ végén az ESE-ben Exon 2 Exon 1 Exon 3 Exon 2 Exon 1 Exon 3 ESE

25. 5 tagú DNS könyvtár (mi a DNS könyvtár?) • Állítsuk sorba a tagjait (mi a módszer alapja?) • AGT TGA ………GCT CGT GAA • GTA CGT AGT ….CGT TGC CGT • GTG AAT…..CGT AGT • TAG TAG CTT…..CTG TAC GTA • CGT ATG ….TGA AGT Kromoszóma séta PCR-ral

26. 5 5 2 2 3 3 6 6 4 4 1 1 2.: ligálás plazmid vektorba 1.: emésztés restrikciós endonukleázzal 1 2 3 4 5 6 Genomkönyvtár készítés

27. 5 5 2 2 3 3 6 6 4 4 1 1 2.: ligálás plazmid vektorba 3.: transzformáció Escherichia coli-ba Genomkönyvtár készítés

28. Milyen sorrend olvasható le a gélfotóról? • Melyik DNS band melyik szekvenciával azonosítható? GGCCATGGCCATCGTGGCCATCGTT GGCCAGGCCATCGTTGA GGCGGCCGGCCATC GGCCATCGGGCCATCGTTG n ACGT 10987654321 Sanger-módszer

29. Milyen sorrend olvasható le a gélfotóról? • Melyik DNS band melyik szekvenciával azonosítható? GGCCATGGCCATCGTGGCCATCGTT GGCCAGGCCATCGTTGA GGCGGCCGGCCATC GGCCATCGGGCCATCGTTG n ACGT 10987654321 A3’GTTGCTACC5’ Sanger-módszer

30. A leolvasott szekvencia alapján mi a templát DNS bázissorrendje? n ACGT A3’GTTGCTACC5’ 10987654321 Sanger-módszer

31. A leolvasott szekvencia alapján mi a templát DNS bázissorrendje? • GGTAGCAACT n ACGT A3’GTTGCTACC5’ 10987654321 Sanger-módszer

32. A pirogram alapján milyen sorrendben követték egymást a nukleotidok? • Mi a templát DNS bázissorrendje? Piroszekvenálás

33. A pirogram alapján milyen sorrendben követték egymást a nukleotidok? G C T A • Mi a templát DNS bázissorrendje? Piroszekvenálás

34. A pirogram alapján milyen sorrendben követték egymást a nukleotidok? G C T A • Mi a templát DNS bázissorrendje? CGTCCGGA Piroszekvenálás

35. KRASonkogén 12p12 • RAS család tagja, GTPáz • 21kD-s fehérjét kódol (p21ras, vagy K-Ras) • K-Ras funkció:molekuláris kapcsoló • intracelluláris jelutak szabályozása • pl: EGFR közvetítette jelátvitel során „downstream”jelátviteli affektor. KRASgén analízis piroszekvenálással

36. A KRAS gén BIOMARKER • Jelzi, hogy hogyan fognak reagálni a betegek a kezelésre • Szabályozza egyes fehérjék működését befolyásolja a sejt túlélését, a daganat érképzését, az áttétképződési folyamatot. KRASgén analízis piroszekvenálással

37. KRASgén analízis piroszekvenálással

38. Mutáció a KRAS génben ->folyamatosan aktív K-Ras protein -> szabályozatlan sejtosztódás -> számos rák alapja • Leggyakoribb mutációk:12., 13., 61. kodon KRASgén analízis piroszekvenálással

39. 12. kodon KRASgén analízis piroszekvenálással

40. 13. kodon KRASgén analízis piroszekvenálással

41. 61. kodon KRASgén analízis piroszekvenálással