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Matrices. Étude de la diversité génétique intraspecifique Typer 25-30 individus non apparentés Marqueurs moléculaires. Représentation des génotypes dans un tableau (Exel). Équilibre de Hardy-Weinberg. Mis en évidence en 1908 par G.h. Hardy et W. Weinberg

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Presentation Transcript

  1. Matrices

  2. Étude de la diversité génétique intraspecifique Typer 25-30 individus non apparentés Marqueurs moléculaires

  3. Représentation des génotypes dans un tableau (Exel)

  4. Équilibre de Hardy-Weinberg

  5. Mis en évidence en 1908 par G.h. Hardy et W. Weinberg • Les fréquences alléliques et genotypiques restent stable de génération en génération dans une population diploïde idéale

  6. Condition de l’équilibre de Hardy-Weinberg • La population est panmictique : le choix du conjoint se fait de manière aléatoire • Tous les individus participant au processus de reproduction appartiennent à la même génération • La population est isolée : aucun gène n'est introduit par des migrants extérieurs • La taille de la population est infinie • Il n'y a pas de mutationau locus considéré • 6 Il n'y a pas de sélection agissant sur le locus considéré

  7. Fréquence allélique F Cas d’un locus bi-allélique Gamète 1 A(p) a(q) A(p) AA Aa Fréquence génotypique Gamète 2 a(q) Aa aa p2+2pq+q2=1 Loi de Hardy-Weinberg: Equilibre de la fréquence des allèles et des génotypes au cours des générations.

  8. Prédiction des fréquences génotypiques de la génération t+1 à partir des fréquences alléliques de la génération t l'axe horizontal indique les deux fréquences d'allèlep et q, l'axe vertical indique la fréquence des génotypes les trois génotypes possibles sont représentés par des courbes différents

  9. Pour un système multiallèlique à n allèles la formule devient (p1 + p2 +… pn )2 = 1. fAiAi = Pi2 fAiAj = PiPj

  10. GENPOP (version 1.2) ( Raymond et Rousset 1995) deux estimation de Fis(mesure l’écart à la panmixie à l’intérieur des populations):une basée sur le modèle de Weir et Cockerham’s (1984) et la deuxième sur le modèle de Robertson et Hill (1984)

  11. Ho: hétérozygotie moyenne observéeHs: hétérozygotie intra-population sous l’hypothèse de Hardy-Weinberg Fis=1-Ho/Hs

  12. Test d’excès d’hétérozygotes Ho: absence d’excès en hétérozygotes H1: présence d’excès en hétérozygotes • Test de déficit en hétérozygotes Ho: absence de déficit en hétérozygotes H1: présence de déficit en hétérozygotes

  13. Ho rejetée Valeur de Fis > P calculée H1 acceptée Valeur de Fis < P calculée Ho acceptée P est estimée utilisant la méthode des chaines de Markov (Guo et Thompson)

  14. facteurs affectant l’équilibre Dérivegénétique Pression sélective Migration Mutation

  15. Dérive génétique Fluctuation des fréquences géniques d’une génération à l’autre à l’intérieur d’une population fermée (à faible effectif) diminution du taux d’hétérozygotes

  16. pression sélective Les individus n’ont pas la même probabilité de devenir reproducteurs et/ou n’ont pas, une fois reproducteur la même espérance de taille de descendance. Evolution orientée des fréquences géniques

  17. Migration À sens unique Echange entre deux populations évolution rapide des fréquences géniques Homogénéisation génétique

  18. Mutation Le rythme d’évolution des fréquences est très lent Sélection et la dérive génétique

  19. facteurs affectant l’équilibre Croisement consanguin Homogamie Biais d’échantillonnage, Biais d’enregistrement des généalogies Insémination artificiel Allèle nul Effet père

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