CAR

1. ACARUS CAR http://acarus.uson.mx/cursos2013/car.htm

2. Sistemas de CAR en la UNISON Responsable : María del Carmen Heras Sánchez Asesores Técnicos : Aracely Dzul Campos Daniel Mendoza Camacho Yessica Vidal Quintanar http://acarus.uson.mx/

3. Día 4 • Sistema de Colas http://acarus.uson.mx/

4. Sistema de Colas

5. Sistema de Colas • Torque • Maui La ejecución de trabajos se lleva acabo vía scripts los cuales son analizados por el sistema de colas TORQUE para poder identificar el tipo y la cantidad de recursos de cómputo que necesita el trabajo, posteriormente MAUI ejecutará el trabajo en el script en el numero de nodos solicitados. En el script se definen las variables de ambiente necesarias, la secuencia de comandos y también es necesario indicarle al sistema de colas varias opciones para ejecutarlo

6. Opciones del sistema de colas • Nombre del trabajo • #PBS -N nombre_trabajo • Nombre de la cola • #PBS -q nombre_cola • Tiempo de ejecución • #PBS -l walltime=hrs:min:sec • Numero de nodos y procesadores • #PBS -l nodes=#nodos:ppn=#procs:gpus=#gpus • Standard error y Standard output • #PBS -k eo

7. Comandos Básicos del Sistema de Colas

8. Ejemplo Script para Trabajo Serial #!/bin/bash #PBS -l nodes=1:ppn=1 #PBS -l walltime=05:00:00 #PBS -q q128a #PBS -N job_ejemplo PBS_SCRATCH=/tmp/${USER}/${PBS_JOBID} mkdir -p $PBS_SCRATCH cd ${PBS_O_WORKDIR} #Carga los Modulos de Open64 module load open64 #Ejecuta el programa ./hola_mundo-co #Elimina los archivos temporales rm -rf $PBS_SCRATCH

9. Script para Trabajo en Paralelo #!/bin/bash #PBS -l nodes=1:ppn=8 #PBS -l walltime=05:00:00 #PBS -q q128a #PBS -N job_ejemplo_mpi PBS_SCRATCH=/tmp/${USER}/${PBS_JOBID} mkdir -p $PBS_SCRATCH export NCPUS=$(wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{print $1}') cd ${PBS_O_WORKDIR} #Carga los Modulos de openmpi-1.4.5 y de open64 module load openmpi/1.4.5 export PROGRAMA='./hola_mundo' mpirun -mca plm_rsh_agent "rsh : ssh" -mca btl openib,self,sm -np $NCPUS -hostfile $PBS_NODEFILE ./hola_mundo_mpi-c rm -rf $PBS_SCRATCH