Red Bioinformática para la predicción de la función molecular

1. Red Bioinformática para la predicción de la función molecular • Integrantes IFC IBT Dr. Jorge Ramírez Salcedo Dr. Alejandro Garciarubio Granados Biol. Gerardo Coello Coutiño Dr. Enrique Merino Pérez Dra. Lina Riego Ruiz Dr. Lorenzo Segovia Forcella Dr. Gabriel del Rió Guerra Dr. Fco. Xavier Soberón Mainero Dra. Alicia González Manjarrez Dr. Ernesto Pérez Rueda Dra. Rosa Gutiérrez Ríos

2. Red Bioinformática para la predicción de la función molecular Titulo: Análisis global de la expresión genética en la levadura Saccharomyces cerevisiae: Identificación de la red de genes cuya expresión se determina por la acción de Los dos reguladores globales codificados por GLN3 y GCN4

3. Red Bioinformática para la predicción de la función molecular • INTRODUCCION • Los activadores globales codificados por GLN3 y GCN4 determinan • de manera independiente, la expresión de un número importante de genes. • B recientemente se ha encontrado que los productos de GLN3 y GCN4 pudieran • Actuar de manera conjunta, para determinar la expresión de un grupo particular • De genes

4. Red Bioinformática para la predicción de la función molecular YPD + RAPAMICINA Gcn4p y Gln3p: reguladores positivos Valenzuela, L. et al., (2001)

5. Red Bioinformática para la predicción de la función molecular Gln3p trunca Gln3p AD • 102 126-140 150 306- 336- 351- 388- 600 667 730 • 330 345 361 394 URE BD GATA NES K/R NLS TOR BD Gln3p trunca AD • 102 126-140 148

6. WT ATure2 AT gln3a AT gln3b  AT 1 4 1.5 6 1 2 1.3 4 HIS3 ASN ACT1 gln3a  : null gln3b  : trunca Red Bioinformática para la predicción de la función molecular Gln3p en la respuesta a 3-AT Valenzuela, L. et al., (2001)

7. Red Bioinformática para la predicción de la función molecular WT gcn4 gln3t gln3 Condiciones: asparagina, amonio y gaba

8. Red Bioinformática para la predicción de la función molecular Objetivos a) Instalar un sistema centralizado y seguro para almacenar datos obtenidos de microarreglos. b) Desarrollar una plataforma universal que permita acceder a los datos obtenidos con experimentos de microarreglos para su análisis. c) Desarrollar e implementar algoritmos optimizados, originales y útilies para el Análisis de datos de microarreglos de DNA que respondan a las necesidades de los usuarios de la Unidada de Microarreglos de la UNAM.

9. Red Bioinformática para la predicción de la función molecular Material y Métodos. Obtención de RNA total de la cepa silvestre y las mutantes pertinentes de la levadura Saccharomyces cerevisiae. Obtención de cDNA marcado y realizar hibridación contra una biblioteca que contiene el repertorio completo de genes de Saccharomyces cerevisiae. Lectura de laminillas Interpretación de datos. Desarrollo de software y aplicación del que ya se ha desarrollado.

10. Red Bioinformática para la predicción de la función molecular Resultados Obtenidos Se llevó a cabo un curso sobre interpretación de datos obtenidos con microarreglos. Se organizó el Symposium Bioinformática y Medicina que se llevó a cabo en la Ciudad de Guadalajara del 22 al 24 de Febrero y del 12 al 13 de Mayo en la Ciudad de Monterrey. Organización del curso Internacional: Evolutionary Genomics in Modern Integrative Biology, que se llevará a cabo del 8 al 14 de Octubre en Pátzcuaro Michoacan. Desarrollo del Software GeneArise para análisis de datos de Microarreglos (en proceso). Desarrollo del Software NEXXUS para estudiar redes de genes (en proceso). f) Preparación de RNA de las cepa silvestre y de la mutante ure2, hibridación y obtencion de datos crudos.

11. Red Bioinformática para la predicción de la función molecular Resultados Esperados (primer año) 1.- Construcción de la red de genes cuya expresión simultaneamente dependa de los activadores codificados por GLN3 y GCN4 (2 publicaciones). En este proyecto participan los estudiantes de Doctorado Guillermo Romero y Hugo Hernández. 2.- Desarrollo y adecuación de GeneArise