100 likes | 245 Views
Biologiczne bazy danych. Tablica PAM250. Tablica BLOSUM62. Podstawowe bazy sekwencji. European Bioinformatics Institute (http://www.ebi.ac.uk/) -- sekwencje nukleotydowe i białkowe. Protein Data Bank (PDB) (http://www.rcsb.org/pdb/) -- sekwencje białkowe oraz ich struktury.
E N D
Podstawowe bazy sekwencji • European Bioinformatics Institute (http://www.ebi.ac.uk/) -- sekwencje nukleotydowe i białkowe. • Protein Data Bank (PDB) (http://www.rcsb.org/pdb/) -- sekwencje białkowe oraz ich struktury. • National Center for Biotechnology Information (NCBI) (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) -- ogólne źródło informacji dotyczącej biologii molekularnej. Wiele baz danych, np. genom człowieka.
Podstawowe bazy sekwencji, c.d. • SWISS-PROT (http://www.expasy.ch/sprot/) -- baza białek wraz z opisami. • DNA Data Bank of Japan (http://www.ddbj.nig.ac.jp) -- analiza genomów, baza białek wraz z ich strukturą.
Jest dużo innych baz w internecie ... • Clusters of Ortologous Groups of Proteins (COGs) (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/) -- klastry białek będących ortologami (podobne, ale z różnych gatunków). • Baza kompletnych genomów (http://www. genome.ad.jp/kegg/catalog/org_list.html)
Jak wyglądają rekordy w bazach danych? • Hemoglobina: • w PDB (1HGA); • w EBI (P01922); • SWISSPROT (P01922).
Eksperyment: hemoglobina (P01922) – poszukujemy podobnych w: • Wirusy; • Archea; • Bakterie; • Eukarioty. (kilka organizmów)
Wielokrotne uliniowienia • Uliniowienie kilku białek z rodziny proteaz. • Uliniowienie kilku białek hemoglobiny. • Uliniowienie globin (według bazy Pfam).
Porównanie hemoglobiny człowieka i ... • Szympansa ; • Goryla ; • Myszy ; • Szczura ; • Muszki owocowej.