1 / 10

Biologiczne bazy danych

Biologiczne bazy danych. Tablica PAM250. Tablica BLOSUM62. Podstawowe bazy sekwencji. European Bioinformatics Institute (http://www.ebi.ac.uk/) -- sekwencje nukleotydowe i białkowe. Protein Data Bank (PDB) (http://www.rcsb.org/pdb/) -- sekwencje białkowe oraz ich struktury.

iris-park
Download Presentation

Biologiczne bazy danych

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Biologiczne bazy danych

  2. Tablica PAM250

  3. Tablica BLOSUM62

  4. Podstawowe bazy sekwencji • European Bioinformatics Institute (http://www.ebi.ac.uk/) -- sekwencje nukleotydowe i białkowe. • Protein Data Bank (PDB) (http://www.rcsb.org/pdb/) -- sekwencje białkowe oraz ich struktury. • National Center for Biotechnology Information (NCBI) (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) -- ogólne źródło informacji dotyczącej biologii molekularnej. Wiele baz danych, np. genom człowieka.

  5. Podstawowe bazy sekwencji, c.d. • SWISS-PROT (http://www.expasy.ch/sprot/) -- baza białek wraz z opisami. • DNA Data Bank of Japan (http://www.ddbj.nig.ac.jp) -- analiza genomów, baza białek wraz z ich strukturą.

  6. Jest dużo innych baz w internecie ... • Clusters of Ortologous Groups of Proteins (COGs) (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/) -- klastry białek będących ortologami (podobne, ale z różnych gatunków). • Baza kompletnych genomów (http://www. genome.ad.jp/kegg/catalog/org_list.html)

  7. Jak wyglądają rekordy w bazach danych? • Hemoglobina: • w PDB (1HGA); • w EBI (P01922); • SWISSPROT (P01922).

  8. Eksperyment: hemoglobina (P01922) – poszukujemy podobnych w: • Wirusy; • Archea; • Bakterie; • Eukarioty. (kilka organizmów)

  9. Wielokrotne uliniowienia • Uliniowienie kilku białek z rodziny proteaz. • Uliniowienie kilku białek hemoglobiny. • Uliniowienie globin (według bazy Pfam).

  10. Porównanie hemoglobiny człowieka i ... • Szympansa ; • Goryla ; • Myszy ; • Szczura ; • Muszki owocowej.

More Related