1 / 148

RIBOSOMA: Subunitat 50S

RIBOSOMA: Subunitat 50S. Anna Abulí Laia Bassaganyas Gerard Plaza Montserrat Puig Núria Radó. ÍNDEX. Introducció Components dels ribosoma a. RNA b. Proteïnes Funció del ribosoma Conservació. INTRODUCCIÓ. CADENA 5S. CADENA 23S. SUBUNITAT 50S. SUBUNITAT 30S. 29 nm.

jaquelyn-porter
Download Presentation

RIBOSOMA: Subunitat 50S

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. RIBOSOMA: Subunitat 50S Anna Abulí Laia Bassaganyas Gerard Plaza Montserrat Puig Núria Radó

  2. ÍNDEX • Introducció • Components dels ribosoma • a. RNA • b. Proteïnes • Funció del ribosoma • Conservació

  3. INTRODUCCIÓ CADENA 5S CADENA 23S SUBUNITAT 50S SUBUNITAT 30S 29 nm Thermus termophilus 1GIY.pdb 1GIX.pdb

  4. INTRODUCCIÓ Cadena 23S Cadena 5S Proteïnes (1/3) 250 Å RNA (2/3) (31 a H.marismortui) El ribosoma és un RIBOENZIM • Subunitat 50S: • Formació enllaç peptídic • Unió de factors Haloarcula marismortui 1s72.pdb

  5. EVOLUCIÓ RIBOSOMES Útils com a indicadors de l’evolució en llargues distàncies filogenètiques

  6. EL PDB: 1s72.pdb Ribosoma: estructura molt gran difícil cristal·lització 2000: Cristal·lització a 2,4 Å Organisme: Haloarcula marismortui cadena 23S: 2754 de 2922 nucleòtids cadena 5S: 122 de 122 nucleòtids proteïnes: 29 de 31 proteïnes

  7. ESTRUCTURA RNA

  8. ESTRUCTURA DEL RIBOSOMA CADENA 5S CADENA 23S

  9. ESTRUCTURA DEL RIBOSOMA

  10. ESTRUCTURA DEL RIBOSOMA

  11. DOMINIS DE RNA CADENA 5S DOMINI V DOMINI II DOMINI I DOMINI IV DOMINI VI DOMINI III

  12. DOMINIS DE RNA: EL DOMINI I • Situat a l’esquena de la partícula • Per darrere i per sota la regió de la proteïna L1

  13. DOMINIS DE RNA DOMINI II

  14. DOMINIS DE RNA: EL DOMINI II • És el més gran de la cadena • Situat majoritàriament a l’esquena de la partícula

  15. DOMINIS DE RNA: EL DOMINI II • Distingim 3 protuberàncies: • Hèlix 42-44: interacció amb factors d’elongació

  16. DOMINIS DE RNA: EL DOMINI II • Distingim 3 protuberàncies: • Hèlix 42-44: interacció amb factors d’elongació • Hèlix 80-88: forma major part de la protuberància central

  17. DOMINIS DE RNA: EL DOMINI II • Distingim 3 protuberàncies: • Hèlix 42-44: interacció amb factors d’elongació • Hèlix 80-88: forma major part de la protuberància central • Hèlix 32-35.1: assenyala cap a la subunitat 30S i hi interacciona directament

  18. DOMINIS DE RNA DOMINI III

  19. DOMINIS DE RNA: EL DOMINI III • Ocupa la part esquerra i del fons de la partícula • Compacta i globular

  20. DOMINIS DE RNA: EL DOMINI III • Ocupa la part esquerra i del fons de la partícula • Compacta i globular • 4 puntes: 4 loops

  21. DOMINIS DE RNA: EL DOMINI III • Ocupa la part esquerra i del fons de la partícula • Compacta i globular • 4 puntes: 4 loops • Loop 48

  22. DOMINIS DE RNA: EL DOMINI III • Ocupa la part esquerra i del fons de la partícula • Compacta i globular • 4 puntes: 4 loops • Loop 48 • Loop 52

  23. DOMINIS DE RNA: EL DOMINI III • Ocupa la part esquerra i del fons de la partícula • Compacta i globular • 4 puntes: 4 loops • Loop 48 • Loop 52 • Loop 57

  24. DOMINIS DE RNA: EL DOMINI III • Ocupa la part esquerra i del fons de la partícula • Compacta i globular • 4 puntes: 4 loops • Loop 48 • Loop 52 • Loop 57 • Loop 58

  25. DOMINIS DE RNA: EL DOMINI III • Interacció domini III amb domini V: Van der Waals

  26. DOMINIS DE RNA DOMINI IV

  27. DOMINIS DE RNA: EL DOMINI IV • Connecta els dominis III i V al davant de la partícula

  28. DOMINIS DE RNA: EL DOMINI IV • Connecta els dominis III i V a l’esquena de la partícula • Les hèlix 67-71 formen la vora de l’esquerda del centre actiu – regió no estabilitzada per proteïnes

  29. DOMINIS DE RNA DOMINI V

  30. DOMINIS DE RNA: EL DOMINI V • Situat al mig de la cadena • Entre els dominis IV i II • Involucrat amb l’activitat peptidil transferasa

  31. DOMINIS DE RNA: EL DOMINI V • El podem dividir en 3 regions:

  32. DOMINIS DE RNA: EL DOMINI V • El podem dividir en 3 regions: • Hèlix 75: Forma el lloc d’unió per L1

  33. DOMINIS DE RNA: EL DOMINI V • El podem dividir en 3 regions: • Hèlix 75: Forma el lloc d’unió per L1 • Hèlix 80-88: Forma la major part de la protuberància central

  34. DOMINIS DE RNA: EL DOMINI V • El podem dividir en 3 regions: • Hèlix 75: Forma el lloc d’unió per L1 • Hèlix 80-88: Forma la major part de la protuberància central • Hèlix 89-93: Ajuda a estabilitzar la regió on s’uniran els factors d’elongació

  35. DOMINIS DE RNA DOMINI VI

  36. DOMINIS DE RNA: EL DOMINI VI • És el domini més petit • Situat per sota L7/L12 • La seva conformació s’estabilitza amb proteïnes i interacció amb el domini V

  37. DOMINIS DE RNA: EL DOMINI VI • És el domini més petit • Situat per sota L7/L12 • La seva conformació s’estabilitza amb proteïnes i interacció amb el domini V

  38. DOMINIS DE RNA: EL DOMINI VI • La regió més interessant és el loop SRL (Sarcin-ricin loop) • Essencial per la unió de factors

  39. DOMINIS DE RNA CADENA 5S

  40. DOMINIS DE RNA: 5S • Es considera el setè domini • Pes molecular: 40 KDa • Es plega formant: • 5 hèlix • 2 loops hairpins (C i E) • 2 loops interns (B i D) • una regió frontissa (A)

  41. INTERACCIONS DEL RNA

  42. INTERACCIONS DEL RNA • TRES TIPUS: • Interaccions entre nucleòtids propers • Kink-Turn • Interaccions entre nucleòtids remots • A-Minor Motif • Interaccions amb Cations • Magnesi • Cations Monovalents

  43. EL KINK-TURN

  44. MOTIUS DE RNA: KINK-TURN • EL KINK-TURN • Inclou una retorçada en l’esquelet fosfodièster • El gir es d’aproximadament 120º • Estructura • Motiu helix internal loop helix de doble cadena • La primera helix (canonical stem) acaba al loop amb 2 parells de bases W-C, típicament C-Gs • El loop intern, és sempre assimètric i usualment té 3 nucleòtids desaparellats en una cadena i cap en l’altra • La segona helix (non canonical stem) segueix el loop, i comença amb 2 parells de bases no W-C, típicament G-A

  45. MOTIUS DE RNA: KINK-TURN • ESTRUCTURA CONSENS DEL KINK-TURN Parell de Bases Watson-Crick (G-C) Canonical Stem Loop intern Parell de Bases NO Watson-Crick (A-G) Non Canonical Stem

  46. MOTIUS DE RNA: KINK-TURN • Motiu important de reconeixement de proteïnes ribosòmiques • 5 dels 6 kink-turns interaccionen amb almenys 1 proteïna • 9 de les proteïnes interactuen amb kink-turns • 1 kink-turn interacciona amb dues regions distants del rRNA i estabilitza l’estructura terciària • Es reconeixen: • Solc major de la canonical stem • Sol menor aplanat del non canonical stem • La retorçada • Les bases planes exposades

  47. MOTIUS DE RNA: KINK-TURN • Kink-turn 7: exemple típic d’arqueobacteris

  48. MOTIUS DE RNA: KINK-TURN • Kink-turn 7: exemple típic d’arqueobacteris A C G

  49. MOTIUS DE RNA: KINK-TURN

  50. MOTIUS DE RNA: KINK-TURN • Kt-7

More Related