Spm Parallel

1. Spm Parallel Spm Parallel ( Gérald Vétois )

2. Points traités • Rappel de la problématique et du planning des développements • Etat des lieux du développement • Performances des travaux réalisés • Développement avenir • Proposition de mise en oeuvre Spm Parallel ( Gérald Vétois )

3. Rappel de la problématique et du planning de développement • Parallelisation « batch » • Prepocessing • Statistique • Parallelisation « temps réel » • Preprocessing • Statistique • Problématique temps réel Spm Parallel ( Gérald Vétois )

4. Parallelisation « batch » (1) • Preprocessing Ps Pn Snrv1 Nrv1 V1 =Vref Nrv2 Snrv2 Rv2 V2 ... ... ... ... Vn Nrvn Rvn Snrvn NvTemplate SnvTemplate VTemplate Pr Spm Parallel ( Gérald Vétois )

5. Parallelisation « batch » (2) • Preprocessing : Equation Vref = V1 Pr= Parametres de realignement Pn= Parametres de normalisation Ps= Parametres de lissage Spm Parallel ( Gérald Vétois )

6. Parallelisation « batch » (3)  • Statistiques • En cours d’étude Spm Parallel ( Gérald Vétois )

7. Parallelisation « temps reel » (1) • Preprocessing (Vi): Model à construire V1 P'n =Vref Nrvi Snrvi Rvi Vi Vtemplate P's P'r Spm Parallel ( Gérald Vétois )

8. Parallelisation « temps reel » (2) • Preprocessing : Equation Vref = V1 P'r= Parametres précalculer du realignement P'n= Parametres précalculer de la normalisation P's= Parametres précalculer du lissage Spm Parallel ( Gérald Vétois )

9. Parallelisation « temps reel » (3) • Statistique • En cours d’étude Spm Parallel ( Gérald Vétois )

10. Problematique « temps reel » • Le temps • Les Algorithmes • Réalisation en 2 etapes : • En 2 tuyaux d’execution ou pipelines: • Preprocessing • Statistiques • En temps reel Spm Parallel ( Gérald Vétois )

11. Le temps • Gestion du flux • Contrôle et synchronisation de l’execution • Approcher l'execution de 10 minutes Spm Parallel ( Gérald Vétois )

12. Les Algorithmes • Les parallélisables • Boucles sans dependances • Boucles avec dependances faibles • Les parallélisables, mais sans benefices • Fonctions de convergence avec boucle de calculs • Les non parallélisables • Fonction de convergence avec dependances fortes Spm Parallel ( Gérald Vétois )

13. Réalisation en 2 étapes (1) • Profiter des developpements batch • Creation de 2 flux d’execution en pipeline • Preprocessing • Statistique • En cours d’étude Realign Smooth Normalization Spm Parallel ( Gérald Vétois )

14. Réalisation en 2 étapes (2) • Temps reel • Mécanisme de contrôle de flux • Mécanisme de contrôle des process Spm Parallel ( Gérald Vétois )

15. Etat du developpement • Conception du modele de parallelisation • Integration à spm99 • Parallelisation du preprocessing Spm Parallel ( Gérald Vétois )

16. Modele de parallelisation • Modele de distribution à la demande • Réduction I Chef Vi-x Travailleurs Vi Vi-y ... Chef Travailleurs ... Spm Parallel ( Gérald Vétois )

17. Integration à SPM • Réorganisation de l’arborescence • Introduction de variables d’environements • Log d’execution sur les parties paralleles • Spm parallel en quelques chiffres Spm Parallel ( Gérald Vétois )

18. Réorganisation de l’arborescence Spm Parallel ( Gérald Vétois )

19. Variables d’environement SPM_PATH = Chemin racine de spm SPM_MPIRUN = Mpirun choisi SPM_DEBUG = Sauvegarde ou non des parametres SPM_PARALLEL = Yes ou No SPM_MPIOPTS = Options de SPM_ MPIRUN SPM_NPE = Nombres de Processeurs ( optionnel ) Spm Parallel ( Gérald Vétois )

20. Log d’execution • Fichier .log : • Realign_series_loop1.log et / ou realign_series_loop2.log • Spm_loop_sn_a.log ou spm_loop_sn_na.log • Smooth_ui_loop.log • Exemples /home/gvetois/Developpement/spm_parallel/shells/spm_loop_sn.bash 2 /scr/Gerald_data/Preproc Begin of non affine transformation sam sep 16 19:49:10 CEST 2000 sam sep 16 21:15:38 CEST 2000 End of non affine transformation Spm Parallel ( Gérald Vétois )

21. Quelques chiffres Spm Parallel ( Gérald Vétois )

22. Parallelisation de preprocessing(1) • Realignement ( 75 % parallelisé ) • Registering Images • Registering Images to Mean • Computing available voxels • Reslicing Spm Parallel ( Gérald Vétois )

23. Parallelisation de preprocessing(2) • Normalisation ( 95 % parallelisé ) • Resampling ( n-1 ) • Computing available voxels Spm Parallel ( Gérald Vétois )

24. Parallelisation de preprocessing(3) • Lissage ( 100 % parallelisé ) • Smoothing Spm Parallel ( Gérald Vétois )

25. Performance des travaux • Preprocessing: • Machines de développement • Test sinc: Réalignement, Normalisation(Sinc), Lissage • Test tri: Réalignement, Normalisation(trilineaire),Lissage Spm Parallel ( Gérald Vétois )

26. Machines de developpement • AMD K6/500 128Mo 10Go Disk • Linux RedHat 6.1 + Matlab 5.3 + LAM • Réseau 100BaseTx ( Dlink 530Tx ) • AMD K6/400 64Mo 255Mo Disk • Linux RedHat 6.1 + LAM • Réseau 100BaseTx ( Dlink 530Tx ) • Equivalent 900Mhz=400+500 Spm Parallel ( Gérald Vétois )

27. Test sinc Spm Parallel ( Gérald Vétois )

28. Test tri-lineaire Spm Parallel ( Gérald Vétois )

29. Developpement Avenir • Réintegration des spm_progress_bar • Finalisation du réalignement et de la normalisation • Mise en pipeline du Preprocessing • Paralellisation des Statisques • Finialisation du modules temps reel Spm Parallel ( Gérald Vétois )

30. Proposition de site S1 Switch Switch M1 . . . . . . . . . Mn Drive ... ... Batch S0 Cluster Tps Rèel IRM Disques M0 Sm Spm Parallel ( Gérald Vétois )

31. Proposition de partenariats • Distribution des binaires • Distribution des sources • Partenariat constructeurs Spm Parallel ( Gérald Vétois )