1 / 19

Bioinformatica: Leven in de computer

Bioinformatica: Leven in de computer. Inleidende les. Binnenkort is er een computerpracticum van Nijmeegse student(en) over bioinformatica . Deze les is noodzakelijk om voorbereid te worden in de bioinformatica. Inhoud van deze les: Opfrissen moleculaire kennis

jerzy
Download Presentation

Bioinformatica: Leven in de computer

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Bioinformatica: Leven in de computer

  2. Inleidende les Binnenkort is ereencomputerpracticum van Nijmeegse student(en) over bioinformatica. Deze les is noodzakelijkomvoorbereid te worden in de bioinformatica. Inhoud van deze les: • Opfrissenmoleculairekennis • Eenaantalvoorbeelden van de bioinformatica in de praktijk. Benodigdheden: • Pen of potlood • Antwoordblad -inleidende les- • BINAS of BioData

  3. InzoomenVan organisme naar molecuul De vorm en functie van eiwitten zijn verantwoordelijk voor de functie van organellen en cellen De cellen bepalen hoe het weefsel werkt, hoe het orgaan functioneert en uiteindelijk hoe het hele organisme leeft. DNA is het bouwplan voor een eiwit In (bijna) iedere cel zit DNA

  4. Eiwitsynthese (3 min.)

  5. Aminozuren en eiwitten Pak je antwoordblad erbij! DNA TACGCCATACGACGGACCGACGACCCA ………. transcriptie RNA AUGCGGUAUGCUGCCUGGCUGGGUUGA ………. translatie aminozuren Methionine (start), arginine, tyrosine, alanine, alanine, tryptofaan, leucine, glycine M R Y A A W L G Er bestaat geen tRNA die past op UGA, de ketting aminozuren wordt hierdoor onderbroken. Hoe heten de processen die met pijlen staan aangegeven? Wat zijn de namen van deze aminozuren? Wat is de één-letter code van de gevonden aminozuren? UGA is een stopcodon, hoe werkt een stopcodon? Klik nogmaals voor de antwoorden

  6. Invloeden op niveau Vul het schema op het antwoordenblad in. Er mogen vakken leeg blijven. Een voorbeeld voor de eerste kolom:

  7. Invloeden op niveau Antwoorden van de tweede kolom:

  8. Invloeden op niveau Antwoorden van de derde kolom:

  9. Invloeden op niveau Antwoorden van de vierde kolom:

  10. Wat is bioinformatica? Schrijf termen die te maken hebben met bioinformatica op het bord. Nu volgen twee voorbeelden van bioinformatica. Aan het einde van de les worden de opgeschreven termen nogmaals bekeken.

  11. Voorbeeld 1: Het vogelbekdier

  12. Een mengelmoes Zogen Snavel Legt eieren Gifklieren

  13. Ook genetische mengelmoes DNA-volgorde met genen: De genen coderen voor verschillende eigenschappen van het vogelbekdier: ACGTGCATCGATCAACGCTACGCCCTAGCTGACTACGATTTCAGACTAGCTACGCTAGCTAGCTAGCTAGGCTTAGCTAAATCGCACATACTGCTACATATCGATACCATAGGATACAGATACAGATATAGAAATAGACACAGAGGGATAGACAGAGAGATATATAGAG De voortplanting wordt bepaald door genen van reptielen én zoogdieren Bestanddelen van de melk zijn hetzelfde als mensen-moedermelk Componenten van het vogelbekdiergif komen overeen met slangengif

  14. Evolutionair gezien Stamboom vanaf Amniotes aangepast in 2008 Warren, W. et al. Genome analysis of the platypus reveals unique signatures of evolution Nature 453, 175-184 (2008)

  15. Symptomen: Spierzwakte in armen en benen Coördinatieproblemen Beperkt gezichtsvermogen Gehoorverlies Onduidelijke spraak Ongeneeslijk Erfelijk! Spierziekte Mutatie in het eiwit frataxine Voorbeeld 2: Ataxie van Friedriech

  16. Frataxine Frataxine is een eiwit dat betrokken is bij de verwijdering van ijzerionen (giftig!) rond de mitochondriën in het cytoplasma. Zonder frataxine worden de zenuw- en spiercellen aangetast. Gevolg: ruggenmerg wordt steeds dunner (degeneratie) Gevolg: slecht evenwicht, slappe armen en benen, vaak dingen laten vallen, slechte hand-oog-coördinatie

  17. DNA-alignment Het gen dat codeert voor het eiwit frataxine bij Friedreich’s ataxie patiënten bevat heel veel repetities van de basen GAA: GAA x 70 tot 1000 GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA Bij het gezonde gen frataxine, wordt GAA slechts 5-30 keer herhaald. Meer herhalingen leiden geleidelijk tot uitschakelen van het gen. Met behulp van deze ontdekking (2006), worden specifieke medicijnen ontwikkeld! Klinische studies zijn nu gaande.

  18. Andere toepassingen van bioinformatica Kennis van sterolen helpt bij het maken van cholesterolverlagende boter Met hulp van DNAvolgordes kunnen diagnostische tests worden uitgevoerd Bioinformatica Enzymen die bij lage temperaturen actief zijn maken wasmiddelen beter Selectie op genen vergemakkelijkt plantenveredeling

  19. Afsluiting Kijk nogmaals naar de termen op het bord. Welke termen kunnen worden weggehaald? En kunnen nieuwe termen worden toegevoed? Tijdens het practicum kun je zelf aan de slag met bioinformatica! Tijdens het practicum kun je zelf aan de slag met bioinformatica!

More Related