1 / 12

Genoma

Genoma. Nucli. Teixit. Cél.lula. El cromosomes contenen les instruccions necessàries per viure i reproduir-se. Els cromosomes són els volums d’una enciclopèdia anomanada Genoma. Les lletres, les paraules i les frases com són?. Cromosomes: les lletres. Base. Dues cadenes de DNA:

ken
Download Presentation

Genoma

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Genoma Nucli Teixit Cél.lula • El cromosomes contenen les instruccions necessàries per viure i reproduir-se. • Els cromosomes són els volums d’una enciclopèdia anomanada Genoma. Les lletres, les paraules i les frases com són?

  2. Cromosomes: les lletres Base • Dues cadenes de DNA: • alfabet quatre bases { A, C, G, T} • complementàries (A T, G C) Llavors un cromosoma serà: ... A T A G G C T A C G C A A A C C G G T C T A ... Quina mida pot tenir?

  3. Cromosomes: longitud En promig, la llargada d’un cromosoma humà es com... Sense fotografies, ni mapes, ni símbols de puntuació, ni espais en blanc … i tant sols amb quatre lletres A,C,G,T El genoma ve a ser unes 24 enciclopèdies

  4. Cromosomes: activació d’una instrucció DNA: DNA: Promotor Gen (gana matí estiu) (Torrades amb mantega i melmelada) DNA: RNA: RNA: PROTEÏNA: Cuiner de les Torrades amb mantega i melmelada Transcripció Maduració Traducció

  5. Predicció dels llocs d’unió DNA: DNA: Promotor Gen (gana matí estiu) (Torrades amb mantega i melmelada) DNA: Com es poden predir?

  6. Predicció dels llocs d’unió DNA: Promotor Gen DNA: Experimentalment es troben els llocs d’unió atgagtcaga gtttatctctgagtcacatcagca gctgagtcatgatgagtcatgctg gtgactaa gcagtcacgcttgg Què tenen en comú?

  7. Predicció dels llocs d’unió #a: 1 0 0 3 0 0 0 4 0 #c: 3 0 0 0 0 0 4 0 3 #g: 0 0 4 0 4 0 0 0 0 #t: 0 4 0 1 0 4 0 0 1 Es busca el millor alineament atgagtcaca gtttatctctgagtcacctcagca gctg tgtcatgatgagtcatgctg ctgagtcacgcttgg ** **** Obtenim el perfil que s’expressa amb la matriu

  8. Predicció dels llocs d’unió #a: 1 0 0 3 0 0 0 4 0 #c: 3 0 0 0 0 0 4 0 3 #g: 0 0 4 0 4 0 0 0 0 #t: 0 4 0 1 0 4 0 0 1 La predicció …c t gt g t c a c… és prou bona La predicció …c t g t g t c at… és regular La predicció es fa a partir de la matriu i se li assigna un pes La predicció …c t g a g t c a c… és molt bona

  9. Predicció dels llocs d’unió: PROMO

  10. Predicció dels llocs d’unió atgagtcaga gtttatctctgagtcacatcagca gctgagtcatgatgagtcatgctg gtgactaa gcagtcacgcttgg L’hem extret de alinear les seqüències #a: 1 0 0 3 0 0 0 4 0 #c: 3 0 0 0 0 0 4 0 3 #g: 0 0 4 0 4 0 0 0 0 #t: 0 4 0 1 0 4 0 0 1 Primera qüestion que cal resoldre: Es significativa la matriu ? Quin model estadístic em pot asegurar la rellevància de les matrius que calculem? Ho estem investigant!

  11. Predicció dels llocs d’unió Suposem que busquem en una seqüència de 1000 bases amb una matriu de longitud 4 i en trobem tres Era d’esperar? Segona qüestion que cal resoldre: Són significatius els llocs d’unió trobats? En una seqüència aleatòria de longitud 1000 hi ha 996 mots de longitud 4, Hi ha 256 mots diferents de longitud 4, llavors trobar-ne tres no és estadísticament significatiu!

  12. Predicció dels llocs d’unió: PROMO CONCLUSIO Els models estadístics són necessaris per estimar la fiabilitat de les dades

More Related