APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY Oct. 2005, p. 6126-6133 報告者：簡鈺晴

Genetic variation of the Bloom-Forming Cyanobacterium Microcystis aeruginosa within and among Lakes:Implications for Harmful Algal Blooms APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY Oct. 2005, p. 6126-6133 報告者：簡鈺晴

背景及目的 • 有毒藻之藻華現象- Microcystis aeruginosa • 研究此藻種之多樣性 • 形體差異 • 基因差異（在同一族群或不同族群間） • 為何從基因的角度 • 無法由形體辨識是否產毒

實驗方法（數據取得方式）

存活率 實驗設計（BG-11, n=3) （WC, n=2)

存活率 數據分析

G-test • G-test, although it is also sometimes called a log-likelihood test or a likelihood ratio test. • With sample sizes between 50 and 1000, it generally doesn't make much difference which test you use, so you shouldn't criticize someone for using the chi-square or G-test • The G-test of independence is used for two nominal variables, not one.

存活率 結果 • Survival rate • Range: 0-30% • Mean ± SD , 7.4 ±2.1% • Relationship • 湖泊總磷與高營養培養基之存活率中度相關 • 培養基的影響 • （G = 38.7, df=4, p<0.001) Slope= 0.943 r2=0.407 p=0.014 n=14

基因變異數分析 實驗

基因變異數分析 PCR result of HIP primers

DNA變異分析之原理 序列　　　　　　差異處Seq 1: AATTAATTCG　→ＡＴＴSeq 2: AACCAATTCG　→ＡＣＣSeq 3: AGTTAATTCG　→ＧＴＴ • Seq 1和Seq 2間差了兩個鹼基，Seq 1和Seq 3卻只差一個鹼基。然而三條序列在Wright’s F的觀點下都被視為不同的alleles。

AMOVA 10 colonies  3 stranis Microcystis aeruginosa • Population • Colony • Strain 8 colonies  8 stranis 7 colonies  1 stranis

http://www.docstoc.com/docs/2370106/Analysis-of-Molecular-Variance-(AMOVA)http://www.docstoc.com/docs/2370106/Analysis-of-Molecular-Variance-(AMOVA)

基因變異數分析 • 基因型（％） Percent distinct genotypes = • Range: 42-100% • Mean ± SD , 78 ±7.8% no. of distinct genotypes no. of isolates analyzed

基因變異數分析 • AMOVA 用來評估湖泊藻族群內與藻族群間單體的差異

基因變異數分析 • p value of Φsc

基因變異數分析 結果 • AMOVA • 各湖泊藻種基因之變異 • 41%基因變異解釋湖泊間藻基因之不同 • 59%基因變異解釋湖泊內藻基因之不同

討論 • 表(p value of Φsc)是否應該對角對稱 • 比較表

Q & A section

Phi coefficient the phi coefficient φ or rφ is a measure of association for two binary variables.

APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY Oct. 2005, p. 6126-6133 報告者：簡鈺晴