Réseau IGEC (GAP – EA – MIA)

1. Réseau IGEC (GAP – EA – MIA) Arnaud GAUFFRETEAU Céline RICHARD-MOLLARD Pierre ROUMET Hervé MONOD Le 01/04/2009 à Paris

2. Informations préalables sur le réseau Petit historique La lettre de mission

3. Le réseau IGEC : historique rapide • Réseau IGE (A. Charcosset & F. Tardieu) : • Objectif réflectif : apporter des réponses à des questions ponctuelles des départements et de la DS sur la thématique des IGE ; • Moyens/Animation : petits groupes d’experts réunis autours d’une question précise. • Structuration des actions de recherche sur la thématique des IGE • Identification des besoins / Recrutements concertés • Rédaction de la lettre de mission du réseau actuel • Réseau IGEC (31/01/2008) : Objectif d’animation (technique et scientifique) autours de la thématique des IGEC.

4. Les missions du réseau (lettre de mission) • Phénotypage à moyen et haut débit (échelle plante) • Identification des besoins (outils informatiques, MO…) • Mutualisation méthodologique (nouveaux concepts…) • Caractérisation et valorisation des IGEC (échelle parcelle) • Structuration des données expérimentales • Caractérisation environnementale • Intérêts et limites de modèles stat et écophysio pour analyser les essais variétaux • Extrapolation des résultats dans des milieux virtuels • Développement de BDD et d’outils statistiques et bioinformatiques permettant d’analyser et de caractériser les IGEC

5. Les résultats de l’enquête préliminaire Mise en marche du réseau : Identification des membres, leurs opinions, leurs attentes

6. L’enquête préliminaireDescription des répondants • 32 réponses ~ 50 personnes • Localisation géographique Toulouse, Montpellier, Avignon, Bordeaux, Lusignan, Clermont-Ferrand, Angers-Nantes, Dijon, Versailles-Grignon, Le Moulon, Nancy, Lille-Mons. • Espèces étudiées grandes cultures (blé, maïs, pois, tournesol et colza) Espèces modèles (Arabidopsis Thaliana et Medicago Truncatula) Arbres fruitiers (vigne, pêcher et pommier) Plantes d’ornement (rosier, hydrangea et Mandevilla) Espèces fourragères

7. L’enquête préliminaireDescription des répondants • Echelles d’étude génétique Génotypage : 37% (moyen & haut débit) • Echelle d’étude phénotypique Phénotypage : 73% (faible & moyen débit) • niveau de complexification pour le milieu

8. L’enquête préliminaireLes attentes vis-à-vis du réseau Actions prioritaires du réseau Problème de visibilité Manque d’animation Demande forte des UE Cette action ne découle-t-elle pas des autres? Action structurante pour les départements

9. L’enquête préliminaireLes attentes vis-à-vis du réseau Forme d’organisation/d’animation du réseau Préférence aux rencontres physiques nécessaires à la vie du réseau Echanges informatique en complément Liste de diffusion : +facile à mettre en place et circulation rapide de l’information - Risque d’encombrement des boites Site internet : + visible par tous et stockage de l’information : meilleure lisibilité - Main d’œuvre nécessaire

10. L’enquête préliminaireLes attentes vis-à-vis du réseau Améliorer la Visibilité 95% des personnes ayant donné leur opinion pensent que la visibilité des recherches réalisées au sein de l’INRA sur l’analyse et la modélisation des IGEC est insuffisante Comment recenser les recherches passés et en cours sur l’analyse et la modélisation des IGEC ? Recensement exhaustif et mise à jour difficile Description fine des actions et études des chercheurs impliqués dans le réseau IGEC basée sur l’enquête? Nécessité d’élargir le réseau à d’autre départements ? Comment les rendre visible ? Site internet pour le réseau IGEC ?

11. L’enquête préliminaireLes attentes vis-à-vis du réseau Thèmes à aborder dans le cadre du réseau On se situe plus dans l’action « Besoin d’outils pour agir/produire » Le milieu de culture semble poser moins de problème de caractérisation

12. Les axes de travail du réseau Définition des axes Organisation du travail Animation

13. Les axes de travail du réseauDépartement vs utilisateurs Utilisateurs Axe caractérisation du milieu : nécessité de caractériser finement le milieu de culture à l’échelle de l’essai et du réseau d’essai Axe phénotypage : mettre en place des outils pour aller plus vite et harmoniser les protocoles de mesure Axe analyse et modélisation : les méthodes les mieux adaptées pour passer des données recueillies à de la connaissance et éventuellement de la prédiction Axe changement d’échelle : Comment intégrer des résultats obtenus à des échelles et des niveaux d’organisation variés? Départements Axe BdD : Nécessité d’un outil de base de données commun pour faciliter les échanges entre unités travaillant sur la thématique des IGEC. Axe UE : Valoriser la richesse humaine et environnementale des UE pour l’analyse des IGEC. Axe « modèles et modélisation » : Mutualiser les méthodologies/modèles disponibles pour analyser les IGEC et former les chercheurs à l’utilisation de ces outils.

14. Axe Bases de données Ephesis : notre projet structurant • Stockage dans une BdD nationale de données phénotypiques, génétiques et environnementales acquises localement pour faciliter l’étude des IGEC • Informaticien : Cyril Pommier (Versailles) • Manque de visibilité du projet • Multiplication des projets de BdD plus ou moins localement • Le réseau doit communiquer sur Ephesis de manière à éviter les redondances et faire coexister les projets de base de données pertinents en maximisant leur compatibilité • Présentation du 18/06/2009 • Site internet

15. Axe phénotypage et caractérisation du milieu / UE • Travail sur la CARACTERISATION: • Des milieux : conditions de culture explorées localement (essai) et globalement (réseau d’essais) • Des génotypes au sein des essais : phénotypage moyen et haut débit • Qui consiste à mettre au point et à partager des protocoles, des outils et des méthodes adaptés aux contraintes des essais et aux objectifs des chercheurs • Les éléments structurants : • Le travail de Marie-Noël Mistou sur la caractérisation des milieux sur le réseau des UE de EA et GAP • Travaux de recherche sur l’approche proxi-détection • Plateformes de phénotypage (Diaphen, PhenoArche …)

16. Organisation du travail A définir (En partenariat avec Marie-Noël Mistou) Transmission des méthodes Formation aux outils … Cercle 1 Cercle 2 • UE utilisatrices des protocoles, outils et méthodologies mises au point • Test à grande échelle • Acquisition de compétences nouvelles • Homogénéisation des mesures réalisées Quelques UE Plateformes de phénotypage Journées d’échanges • Production et mise à disposition de protocoles, d’outils et de méthodologies U(M)R - Réseaux Caractérisation des milieu Phénotypage Retours sur les outils Adaptation des protocoles …

17. Axe statistique,modèles et modélisation • Actions encore à définir: • réunions périodiques sur ce thème? • identifier un animateur et des correspondants pour cet axe • préciser les besoins et attentes: support méthodo, échanges, montage de collaborations bio-maths applis? • établir des liens avec d’autres actions sur la modélisation, ex: record

18. Axe changement d’échelle • Pas d’action concrètes actuellement pour cet axe • Faire un groupe de travail sur cette thématique ? • Présentation du 18/06/2009

19. Conclusion Ambitions du réseau Points à discuter

20. Nos ambitions • A court terme (1 an): • améliorer la connaissance et les échanges entre équipes: inter-départt, inter-discipline, inter-espèces • quelques actions volontaristes plus ciblées: • sur les bases de données • sur l’axe « modélisation » • Sur la caractérisation des UE • … • A moyen terme: • favoriser/accompagner des constructions de projets de recherche intégrateurs • Pour cela: besoin de répondant

21. Les questions à discuter • Les axes vous conviennent-ils ? (BdD, Caractérisation des milieux et phénotypage (UE), Statistiques, modèles et modélisation, Changement d’échelle ?) Réintégration de l’axe « changement d’échelle » dans Statistique, modèle et modélisation?

22. Les questions à discuter • Le mode de fonctionnement vous semble-t-il approprié ? BdD : Autour du travail de Cyril UE : Autour du travail de Marie-Noël, des avancées sur le phénotypage (proxi-détection…), des plateformes de phénotypage existantes ou en projet (milieu contrôlé ou pas?) Modèles et modélisation : mise en place d’un sous-réseau ? Qui l’anime ? Comment l’animer ? Changement d’échelle ?

23. Les questions à discuter • Comment améliorer la visibilité pour faciliter les échanges Mise en place d’une liste de diffusion ? Mise en place d’un site internet qui référencera l’ensemble des avancées du réseau ? Mettre un descriptif des travaux de chaque membre du réseau sur le site (en se basant sur l’enquête) • Implique que les membres répondent à l’enquête !