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Vector NTI 軟體使用講解

Vector NTI 軟體使用講解. 2008/05/08 曾祥豫. 如何建立序列資料庫。. 開啟 Vector NTI. 主要介面. 出現 author information 視窗後先按 Cancel, 不需輸入. 建構 plasmid. File. Create New Sequence. Using Sequence Editor (DNA/RNA)…. plasmid 命名. 按下 Edit Sequence 後可以輸入序列. 設定 plasmid information. 出現”輸入序列”視窗.

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Vector NTI 軟體使用講解

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Presentation Transcript

  1. Vector NTI軟體使用講解 2008/05/08 曾祥豫

  2. 如何建立序列資料庫。

  3. 開啟 Vector NTI

  4. 主要介面 出現author information 視窗後先按Cancel, 不需輸入

  5. 建構 plasmid File Create New Sequence Using Sequence Editor (DNA/RNA)… plasmid 命名

  6. 按下Edit Sequence後可以輸入序列 設定plasmid information

  7. 出現”輸入序列”視窗 將文字檔(pdf, txt, doc)內的序列反白後copy and paste到上方”輸入序列”視窗, 輸入後按下視窗上的”OK”確定 注意: 試用版本沒有paste功能, 只能以key in輸入

  8. 輸入序列確定後回到原本視窗設定其他項目 • Feature Map: 在序列上標示具功能性序列(例如: promoter, antibiotic gene, tag…) • Restriction Map:想在序列上標示哪些酵素切位 • 設定完成後按下”確定”, plasmid data即出現在主要介面並存入 Database中 1 2 3

  9. 主要介面 分成三部份: information, sequence and map Plasmid map Plasmid information Plasmid sequence

  10. 建立primer資料庫，尋找vector上primer binding site。

  11. 公司 primer binding sites search 建立 primer database Oligo Duplexes… Oligo Analyses Analyses

  12. 出現視窗, 按下’’Add New”後會出現oligo設定視窗

  13. 1. 輸入名稱 (例: PQEF) 2. 輸入序列 3. 按”確定”後, 資料會存在oligo database

  14. Oligo Data base建立完成後, 回到主介面 例子: 在 pcDNA3.1(+)上找是否有 M13F(-20), M13R, SP6, T7p, T3的binding sites? 1. 找出 pcDNA3.1(+)的data (File→Open→ pcDNA3.1(+)) 2. 選工具列 ”Analyses” Motifs…

  15. 出現新視窗後點選”Oligo Database…”, 會出現Oligo 資料庫 圈選出要找的primer 後按”OK”

  16. 注意: 視窗會出現圈選的 Primer information 設定”Similarity…” 出現視窗後點選 With Similarity>= Similarity Threshold, 並設定Threshold為100.0

  17. 設定 Strand(s) to Search 勾選”Direct”與”Complementary” 搜尋plasmid正反股序列 按“OK”確定

  18. 主要介面的plasmid information 視窗中點選 Motifs (both strands)選項, 會出現剛圈選的primer 在此 plasmid上的位置與數量 說明: M13 Reverse在pcDNA3.1(+)上有一個位置(1 site), 在 vector第3274 base 以後為primer的binding site, 位在反股序列上.

  19. 主要介面的plasmid sequence 也會出現primer binding site在此plasmid 上的位置

  20. Feature map set up (功能性基因的標示)

  21. Feature map set up (功能性基因的標示) 功能性基因: 例如 Promoter, cDNA, antibiotic gene, etc… 在主介面Sequence視窗先圈選sequence範圍, 也可先不圈選範圍, 用key in 輸入區域 Edit New Add Feature To FMap

  22. 出現Feature設定視窗 1 例子: 在pcDNA3.1(+)上設定一個叫”MOMO” 的promoter 3 2 • Feature name: key in “MOMO” • Sequence範圍由第31到第60 nt. (可直接key in 或先選取 sequence範圍, 若要反向就勾選”Complementary”) • 選定Feature Type: Promoter Euk. • “OK” 4

  23. Map and information出現MOMO promoter

  24. Next • 多重序列比對 • BLAST

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