660 likes | 948 Views
Cum determina proprietatile fizico-chimice ale atomilor structura si functia biomoleculelor?. Viata s-a dezvoltat in mediu apos. Apa este o molecula cu proprietati speciale care are influenta deosebita asupra biorganismelor ~ 70-80% din greutatea celulelor.
E N D
Cum determina proprietatile fizico-chimice ale atomilor structura si functia biomoleculelor?
Viata s-a dezvoltat in mediu apos • Apa este o molecula cu proprietati speciale care are influenta deosebita asupra biorganismelor • ~ 70-80% din greutatea celulelor specia moleculara cea mai abundenta • ~ 7% ioni anorganici si molecule mici (amino acizi = baza constitutiva a proteinelor), nucleotide (--acizi nucleici), lipide (--membrane), glucide (--celuloza) • Restul: macromolecule si agregate macromoleculare
- Hidrofil -Hidrofob Molecule care se dizolva in apa (glucide) Molecule care prefera apa Molecule care nu se dizolva in apa (lipide, grasimi) Molecule care evita apa
Molecule amfifile (amfipatice) Cam schizofre! Contin regiuni hidrofobe si regiuni hidrofile Exemplu: fosfolipidele (componente de baza ale membranelor)
“Chimia” unor molecule foarte micipoate fi importanta pentru viata • Exemplu: Ionul de hidrogen, H+ (1 Da) este foarte important pentru structura/functia unei molecule cu masa de 1011 Da (ADN din cromozomul 1)
Un numar mic de principii de baza din chimie (fizica?) este suficient pentru intelegerea proceselor de la nivel molecular la nivel celular
Super “glue” in lumea vie? • Interactiuni (forte) de atractie dintre atomi – molecule – ansambluri supramoleculare Forte puternice: legaturi covalente (simple, duble, triple); sunt implicate o pereche, doua, trei de electroni Forte atractive slabe: interactiuni necovalente. Determina structura/functia proteinelor, acizilor nucleici, lipidelor, glucidelor
Tipuri de interactiuni slabe • Ionice • Legatura de hidrogen • Van de Waals • “Efectul hidrofob”
Scara energiilor in biologie 0.6 kcal/mol
http://www.northland.cc.mn.us/biology/Biology1111/animations/hydrogenbonds.htmlhttp://www.northland.cc.mn.us/biology/Biology1111/animations/hydrogenbonds.html
Energia legaturii de hidrogen In procese catalitice poate ajunge si la 20 kcal/mol
Rotatie libera in jurul legaturii simple de simple • Nu “exista” rotatie in jurul legaturii duble Flexibiliatea, dinamica biomoleculelor
Repulsia sterica Potential Lennard-Jones
Doua obiecte nu pot ocupa in acelasi timp aceeasi regiune din spatiu
Principiul lui Pauli: doi electroni nu pot avea aceeasi stare cuantica • Crestere rapida a energiei la intrepatrunderea norurilor electronice Exponentiala
ε ro
Cum se estimeaza razele Van der Waals? • Se considera atomii ca doua sfere rigide de anumite dimensiuni, sfere care nu se pot intrepatrunde
http://webhost.bridgew.edu/fgorga/proteins/van_der_walls.htm
La distanta mica miscarea sincronizata a electronilor se extinde la un numar foarte mare de molecule http://www.chemguide.co.uk/atoms/bonding/vdw.html
Xe Ne -δ +δ -δ +δ
Forma moleculelor este importanta • CH3-CH2-CH2-CH3 • CH3-CH-CH3 | CH3 -0,5o C -11,7o C
http://www.cem.msu.edu/~reusch/VirtualText/lipids.htm#lipid1bhttp://www.cem.msu.edu/~reusch/VirtualText/lipids.htm#lipid1b
www. sciencecartoonsplus. com
Structuri biologice: aspecte generale Organizarea macroscopica sau microscopica vizibila a unui organism Pentru biolog:
Structura scheletului www.enchantedlearning.com/.../skelcolor.GIF
Structura celulei http://www.cellsalive.com/
Structura mitocondriei http://micro.magnet.fsu.edu/cells/mitochondria/images/mitochondriafigure1.jpg
In biofizica • Termenul de structura are o definitie mai larga
Se aplica si la: • Structura atomilor http://molaire1.club.fr/e_atomequan1.gif
Matematica • Sistem: agregat de elemente cu o anumita interelatie dintre ele • Structura sistemului: totalitatea interelatiilor
In biofizica DINAMICE Sisteme Relatiile dintre elemente INTERACTIUNI
Retele metabolice Elementele sistemului: metabolitii Interactiunile: reactiile metabolice
Ecosistem Interactiune dintre indivizii populatiei
Macromolecule biologiceca sisteme • Exista patru nivele de organizare