Introdução Base KOG (NCBI): proteínas de organismos com genoma completo

1. Mapeamento da expressão gênica de organismos eucarióticos com genoma completo utilizando proteínas KOG e ESTsMudado, M.; Torres, J.; Faria-Campos, A.C.; Pinto, S.A.P.; Bravo-Neto, E. e Ortega, J.M.Departamento de Bioquímica e Imunologia, Lab. de Biodados, ICB, UFMG e-mail: miguel@ufmg.br Cytoskeleton ath cel Nuclear structure dme Extracellular structures hsa Defense mechanisms sce Intracellular trafficking, secretion, and vesicular transport spo Signal transduction mechanisms Function unknown General function prediction only Secondary metabolites biosynthesis, transport and catabolism Inorganic ion transport and metabolism Posttranslational modification, protein turnover, chaperones Cell motility Cell wall/membrane/envelope biogenesis Replication, recombination and repair Transcription Translation, ribosomal structure and biogenesis Lipid transport and metabolism Coenzyme transport and metabolism Carbohydrate transport and metabolism Nucleotide transport and metabolism Amino acid transport and metabolism Cell cycle control, cell division, chromosome partitioning • Glicólise Energy production and conversion Chromatin structure and dynamics RNA processing and modification 0,0% 10,0% 20,0% 30,0% 40,0% 50,0% 60,0% Fraction of total gene expression dedicated to functional cathegories 37% hsa ath 51% hsa ath 35% 57% LESS 25% TOP 25% 35% 36% 57% 55% 35% 55% dme cel dme cel 46% 64% ORGANISMOS KOGs ESTs A. thaliana 13.742 178.538 C. elegans 10.556 215.200 D. melanogaster 8.444 261.404 H. sapiens 19.029 5.041.675 S. cerevisiae 4.002 3.041 S. pombe 3.728 8.123 • Introdução • Base KOG (NCBI): proteínas de organismos com genoma completo • Organizada em classes funcionais • KOG: >= 3 organismos • dbEST: download das ESTs • tBLASTn: E < 10-10; S > 96% • Banco de dados MySQL • classificação dos KOGs • resultados de BLAST • seleção dos melhores escores para • Resultados • Painel com a expressão relativa dessas proteínas em seis organismos • 4 metazoários, 2 leveduras • Teste estatístico (R): nível de expressão similar em 75% • Vias bioquímicas: análise automática • Dados disponibilizados na servidora do laboratório • biodados.icb.ufmg.br (Google:biodados) • Expressão por categoria funcional • Compartilhamento em classes de expressão KOGs (1.787) presentes em todos os organismos comparados: quanto é compartilhado por cada par de organismo nas duas categorias, os 25% mais expressos e os 25% menos expressos? O compartilhamento é maior na classe de maior expressão. Proximidade evolutiva parece contar. Na classe top25, é mais comum compartilhar que não compartilhar. Já na classe less25, o comportamento é invertido. • Financiamento: Rede Genoma de Minas Gerais (FAPEMIG, MCT)