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Laboratoire I: Introduction & pré-traitements

RAD6005 – Introduction à l’IRMf. Laboratoire I: Introduction & pré-traitements. Jean-Sébastien Provost, Ph.D Centre de Recherche, Institut Universitaire de Gériatrie de Montréal & Universit é de Montréal. Mes coordonnées. Jean-Sébastien Provost

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Laboratoire I: Introduction & pré-traitements

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Presentation Transcript

  1. RAD6005 – Introduction à l’IRMf Laboratoire I: Introduction & pré-traitements Jean-Sébastien Provost, Ph.D Centre de Recherche, Institut Universitaire de Gériatrie de Montréal & Université de Montréal

  2. Mes coordonnées • Jean-Sébastien Provost • Courriel: jean-sebastien.provost@umontreal.ca • Tél.: (514) 340-3540 poste 4030

  3. Laboratoires • Laboratoire I: 19 février 2014 • Laboratoire II: 26 mars 2014 • Laboratoire III: 12 mars 2014 • Laboratoire IV: 19 mars 2014 • Laboratoire V: 26 avril 2014 • Examen: 9 avril 2014

  4. Laboratoires • Cinq laboratoires • Laboratoire 1 – Introduction & prétraitements de données • Laboratoire 2 – Le modèle linéaire général (GLM) • Laboratoire 3 – Déconvolution/Analyse de groupe/normalisation • Laboratoire 4 – Scripts et détection de pics • Laboratoire 5 – Construction d’un protocole IRMf et analyse complète • Examen 30%

  5. Logistique • Vous pouvez enregistrer tout ce que vous voulez ramener chez vous (apportez une clé USB) • Sachez qu’à la fin de chaque cours, tout ce que vous avez fait va être effacé des ordinateurs • Vous pouvez prendre des notes avec le logiciel “TextEdit” que vous trouverez dans “Applications” (je vais vous montrer où tout ce trouve dans quelques instants)

  6. Logistique • Logiciels pour analyse IRMf: • BrainVoyager, fmristat, SPM, AFNI, FSL… • Pour les laboratoires, c’est FSL ! • Et… • C’est sur Mac !!! • Si vous n’êtes pas familier avec l’environnement Mac, n’hésitez pas à me le dire

  7. Sondage • Combien d’entre vous ont déjà été participant à une étude IRMf ? • Combien d’entre vous sont en train de se monter une étude IRMf ? • Combien d’entre vous ont déjà fait une étude IRMf ? • Combien d’entre vous ont déjà assisté à des ateliers/conférences sur l’IRMf ? • Soyez honnête, avez-vous vraiment compris quelque chose ???

  8. Analyse IRMf • Ici, on va vous montrer les étapes d’une analyse typique • N’oubliez jamais de faire le lien entre les différentes étapes de traitement et vos images/expériences !!! • On va découper un scan, l’optimiser, pour finalement le reconstruire en isolant nos périodes d’intérêt

  9. Analyse IRMf • Cinq étapes • Prétraitements • Correction du mouvement • Lissage spatial • Le modèle linéaire général (GLM) • Extraction de nos événements d’intérêt • Normalisation • Mettre les données dans un espace standardisé • Analyse intra-sujet • Compiler les données d’un même sujet • Analyse inter-sujet • Compiler les données de différents sujets

  10. Analyse IRMf • Lors d’une acquisition quelconque • Le cerveau est scanné au complet plusieurs fois • On doit donc superposer les différentes images du cerveau ensemble • On va acquérir en tranche (slice) pour former des volumes (frames) • L’acquisition des tranches/volumes va dépendre de vos paramètres initiaux de vos acquisitions (on en reparle plus tard)

  11. Logistique Avant de commencer, découvrons ensemble l’environnement Mac pour les néophytes

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