1 / 17

Ģenētiskais eksperiments. Illumina (Solexa)

Ģenētiskais eksperiments. Illumina (Solexa). Anna Sarbantoviča as10225. vēsture. 1990.gadu vidū Kembridžas zinātnieku Shankar Balasubramanian , David Klenerman ideja

naomi
Download Presentation

Ģenētiskais eksperiments. Illumina (Solexa)

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Ģenētiskais eksperiments.Illumina (Solexa) Anna Sarbantoviča as10225

  2. vēsture • 1990.gadu vidū Kembridžas zinātnieku Shankar Balasubramanian, David Klenermanideja • 1997.gadā ideja par klonētiem DNS kūlīšiem (polonijām) un reversajiem terminatoriem, sequencing by synthesis technology (SBS) • 1998.gadā pirmais finansējums • 2000.gadā pārceļās uz Chesterford Research Park • 2004.gadā iegādājās molekulārās klasterizācijas tehnoloģiju • 2005.gadā nosekvenēts bakteriofāga phiX-174 genoms • 2006.gadā iznāk 1.komerciāli pieejamais Genome Analyzer • 2007.gadā SOLEXU pārņem Illumina http://www.illumina.com/technology/solexa_technology.ilmn http://www.illumina.com.cn/technology/solexa_technology.asp

  3. https://www.genome.gov/sequencingcosts/

  4. Ievads • Sekvenēšanas apjomi – 4,5 - 6gb 2 dienās • Sekvences garums – 35b • Kvalitāte – 98,5% Pielietojums: • Genoma sekvenēšana un pārsekvenēšana, • Gēnu ekspresijas pētījumi, ieskaitot nelielu RNS atklāšanu un analīzi, • Hromatīna imunoprecipitācija, • De novo sekvenēšana (Illumina'sNextera Mate Pair Sample Preparation Kit).

  5. Sekvenēšanas tehnoloģija Paraugu sagatavošanas principi: • Iegūt lielu daudzumu ar «polonijām» • Iegūto poloniju paralēla sekvenēšana • DNS tiek sašķelta fragmentos (150-200bp) • Fragmentu galos tiek pieligēti DNS adapteri http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=21

  6. Sekvenēšanas tehnoloģija Adaptera hibridizācija ar praimeriem uz slaida virsmas. Veidojas tilta struktūra. Tiek pievienoti nukleotīdi. Klonālā amplifikācija • Paraugi tiek uznesti uz slaida (kopumā 8) Piesaistās adapteri

  7. Sekvenēšanas tehnoloģija • dsDNS denaturācijassDNS. • Komplimentāras ķēdes sintēze.

  8. Sekvenēšanas tehnoloģija Sekvenēšana • Pievieno visus četrus iezīmētus nukleotīdus, praimerus, DNS polimerāzi. Pievienojas viens fluorescentais nukleotīds skanēšana. • Pēc amplifikācijas beigšanās ir izveidojušies DNS kūlīši jeb polonijas.

  9. Sekvenēšanas tehnoloģija • Liekie reaģenti aizvākti. Paraugu apstaro ar lāzeri. Tiek fiksēts fluorescentais signāls. • Pēc signāla nolasīšanas tiek novākta fluorescentā iezīme un 3` terminācija. D R Bentley, et al. Nature, 456, 53-59 (2008)

  10. Sekvenēšanas tehnoloģija • Sintēzes un skanēšanas cikls atkārtojas vairākas reizes, kamēr iegūta pilna parauga sekvence. http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=21 Blow N. Nature Methods 5, 267 - 274 (2008)

  11. https://www.dkfz.de/gpcf/hiseq_technology.html

  12. klīnikā • Cistiskā fibroze (CF) • 139-variant assay- nosaka 139 CFTR (cystic fibrosis transmembrane conductance regulator) gēnu variantus • The clinical sequencing assay- eksonu delēciju, intronu mutāciju noskaidrošanai. http://www.illumina.com/clinical/diagnostics/cystic_fibrosis.ilmn A Carrie. The Lancet Respiratory Medicine, Volume 2, Issue 1, Page 30, January 2014.

  13. klīnikā • Audzēji- viss vēl sākuma stadijās Serena Nik-Zainal, Ludmil B. Alexandrov et al. Cell. May 25, 2012; 149(5-10): 979–993. http://res.illumina.com/documents/products/research_reviews/cancer_research_review.pdf

  14. Problēmas.. • Nobīdes ciklā • Mijiedarbība, pārklāšanās ar fluoroforiem • Poloniju sabrukšana • Var izmantot abas pozīcijas, lai nolasītu sekvenci Erlich et al. Nature Methods 5: 679-682 (2008)

  15. Izmantotie literatūras resursi • Alta-Cyclic: a self-optimizing base caller for next-generation sequencing. Yaniv Erlich, Partha P Mitra, Melissa delaBastide, W Richard McCombie and Gregory J Hannon. • Interneta resurss: http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=21 • DNA sequencing: generation next-next. Nathan Blow. • Interneta resurss: https://www.dkfz.de/gpcf/hiseq_technology.html • Interneta resurss: http://www.illumina.com/technology/solexa_technology.ilmn • Interneta resurss: http://www.illumina.com.cn/technology/solexa_technology.asp • Interneta resurss: https://www.genome.gov/sequencingcosts/ • D R Bentley, S Balasubramanian, H P Swerdlow et al. Nature, 456, 53-59 (2008). • A Carrie. The Lancet Respiratory Medicine, Volume 2, Issue 1, Page 30, January 2014. • Serena Nik-Zainal, Ludmil B. Alexandrovet al.Cell. May 25, 2012; 149(5-10): 979–993. • Interneta resurss: http://res.illumina.com/documents/products/research_reviews/cancer_research_review.pdf

  16. PALDIES! Paldies!

  17. jautājums Kādas ir šīs metodes iespējamās problēmas? (nosauciet vismaz divas)

More Related