Pierre Fabrice Lopez

1. Pierre Fabrice Lopez 1985Baccalauréat série D 1990Maîtrise de Biochimie - Options Immunologie et BiophysiqueUniversité de la Méditerranée 1992DESS Informatique Double CompétenceUniversité d’Avignon 2009 DoctoratUniversité de la Méditerranée De l’analyse de la régulation transcriptionnelle à la modélisation logique des réseaux géniques 1 / 8

2. Parcours professionnel 1994 - 1995Ingénieur d’étude – CESLaboratoire de Chimie Bactérienne (LCB)Jacques Haiech – François DenizotCNRS – Marseille • Mise au point d’un robot de PCR, robotique • Programmation orientée objet en Pascal 1996 - 2000Ingénieur d’étude - CDDInformation Génomique et Structurale (IGS)Jean-Michel ClaverieCNRS - Marseille 2001 Ingénieur d’étude – CDISociété ProjactorAix-en-Provence • Conception et développement en Java de la partie graphique d’un logiciel de gestion de projet • Méthodologie de conception UML (Unified Modeling Language) • Rédaction du dossier d’analyse et de conception 2002 - 06/2009Ingénieur de recherche – CDDTechnologies Avancées pour le Génome et la Clinique (TAGC) Catherine NguyenINSERM - Marseille 2 / 8

3. Information Génomique et StructuraleJean-Michel Claverie 5 publications • Etude de la polyadénylation alternative chez l’homme (ESTs) • Optimisation des plans d’expériences en cristallogenèse des protéines (SAmBA) • programmation algorithmique (backtracking et recuit simulé) • application graphique Java 1.0 (applet) disponible sur le site Web du laboratoire IGS • Etude des propriétés physico-chimiques (hydropathie, structure secondaire …) sur les alignements protéiques • Environnement UNIX sur stations Silicon Graphics (IRIX) et PC (Linux) • Programmation • scripts en SHELL, AWK et PERL • algorithmes en C et C++ • interfaces en C++ (QT) et Java 1.0 • Outils de comparaison de séquence (BLAST, FASTA …) • Outils d’alignement multiple (ClustalW, TCoffee) • Utilisation des bases de données couramment utilisées en bioinformatique (Ensembl, GenBank, SwissProt, dbEST …) 3 / 8

4. TAGC – Projet ASTD (2004 - 2006)Daniel Gautheret Pipeline de traitement Ferme de calcul Base de données ASTD Génomes ESTs 3’ ADNc 89.778 sites poly(A) Etudes bioinformatiques Validation expérimentale 6 publications • Alternative Splicing and Transcript Diversity • épissage • polyadénylation • initiation de la transcription The disparate nature of “intergenic” polyadenylation sites. Lopez F, Granjeaud S, Ara T, Ghattas B, Gautheret D. RNA. (2006) Conservation of alternative polyadenylation patterns in mammals. Ara T, Lopez F, Ritchie W, Benech P, Gautheret D. BMC Genomics. 7:189. (2006) • Rédaction d’une documentation technique pour l’EBI • Présentation du travail lors de la réunion finale du projet ASTD • Conception et programmation du pipeline (C++, C, AWK, SHELL) • Achat / installation / gestion de la ferme de calcul (10 machines, Linux) • Parallélisme de données avec SGE (Sun Grid Engine) et Ganglia • Validation par RT-PCR • 84 sites / 86 ASTD: The Alternative Splicing and Transcript Diversity database Koscielny G, Le Texier V, Gopalakrishnan C, Kumanduri V, Riethoven JJ, Nardone F, Stanley E, Fallsehr C, Hofmann O, Kull M, Harrington E, Boué S, Eyras E, Plass M, Lopez F, Ritchie W, Moucadel V, Ara T, Pospisil H, Herrmann A, Reich J. G, Guigó R, Bork P, Doeberitz MK, Vilo J, Hide W, Apweiler R, Thanaraj TA, Gautheret D Genomics 93 213–220. (2009) Beyond the 3' end: experimental validation of extended transcript isoforms Moucadel V, Lopez F, Ara T, Benech P, Gautheret D Nucleic Acids Res. ;35(6):1947-57. (2007) 4 / 8

5. TAGC – TranscriptomeBrowser (2007)Denis Puthier Interface TBrowser Signatures transcriptionnelles Gene Expression Omnibus Base de données TBrowser DBF-MCL DAVID Service Web 1 publication Ré-analyse des données publiques de puces à ADN Outil de visualisation et d’analyse des signatures transcriptionnelles • modélisation UML / Patrons de conception / Java • ajout de nouvelles fonctionnalités par modules optionnel (plugins) • moteur de recherche booléen • disponible par Java Web Start et téléchargement sur le site du TAGC • mise à disposition de ces données via un service Web Extraction de signatures transcriptionnelles • calcul de similarité de profil d’expression • partitionnement de graphe • mise en place d’un pipeline de traitement (C, PERL, SQL, R, SHELL) • conception d’une base de données MySQL pour les signatures • librairie RTools4TB disponible dans Bioconductor TranscriptomeBrowser: a powerful and flexible toolbox to explore productively the transcriptional landscape of the Gene expression Omnibus database Lopez F, Textoris J, Bergon A, Didier G, Remy E, Granjeaud S, Imbert J, Nguyen C, Puthier D PLoS ONE. (2008) 5 / 8

6. TAGC – Projet GINsim (2008)Denis Thieffry TBrowser GINsim 2 publications Logiciel de modélisation et de simulation des réseaux géniques Support des fonctions booléennes pour la définition des règles logiques • Moteur d’analyse booléen • Editeur graphique contextuel • Algorithmes de représentation des fonctions logiques Intégration de diverses sources de données pour la modélisation • Transcriptome, ChIP-on-chip, ChIP-seq, littérature scientifique, « text mining », GO, interactions protéine-protéine … • Graphe de régulation • nœuds = gènes • liens = interactions • Niveau d’expression discret • 0 : pas d’expression • 1, 2 ... : expression • Définition d’un ensemble de règles logiques (paramètres) pour chaque nœud • Simulation de l’évolution du système dans le temps Logical modelling of regulatory networks with GINsim 2.3 A. Naldi, D. Berenguier, A. Faure, F. Lopez, D. Thieffry, C. Chaouiya BioSystems. (2009) Modular Logical Modelling of the Budding Yeast Cell Cycle A. Faure, A. Naldi, F. Lopez, C. Chaouiya, A. Ciliberto, D. Thieffry Molecular BioSystems (2009) 6 / 8

7. TAGC – Projet GINsim (2008)Denis Thieffry • Etablissement d’une communication entre GINsim et TranscriptomeBrowser • fonctionnement de TBrowser en mode serveur (démon)‏ • utilisation des sockets Java (adresse IP + port)‏ • développement d’une API client dans TBrowser • Documentation des modèles • Analyse des interactions • Présentations dans le cadre de l’ANR IntegraTCell 7 / 8

8. Conclusions et motivations • Bioinformatique • travail dans de nombreux domaines (traitement du signal, transcriptomique, génomique, biologie des systèmes, cristallographie …)dans différentes structures • Ingénierie logicielle • méthodologie de conception UML et patrons de conception • programmation orientée objet (C++ et Java) et procédurale (C) • conception de bases de données (MySQL) • travail en environnement hétérogène (Unix, Windows) • Travail en étroite collaboration avec les chercheurs • coordination et mise en œuvre des projets • communication des résultats • Dynamisme et diversité des projets menés au TAGC • Très forte implication dans l’organisation et le développement des projets de recherche au laboratoire TAGC depuis 9 ans • Activité NGS • stage de formation à Darmstadt organisé par Applied Biosystems 8 / 8

9. Compétences • ingénierie logicielle • conception et développement d’applications orientées objet (UML, Patrons) • programmation algorithmique (C, C++) • déploiement des logiciels (services Web, servlets, Java Web Start) • bioinformatique • analyse de séquences • transcriptome • analyse du signal • réseaux d’interactions géniques • NGS • Outils • SAmBA (plans d’expériences en cristallogenèse) • BZScan (quantification d’images de puces à ADN) • TranscriptomeBrowser (analyse des données publiques de puces à ADN) • GINsim (modélisation et simulation des réseaux géniques) • Publications • 16 articles dont 3 en premier auteur

10. TAGC – Projet BZScan (2002 – 2003)Samuel Granjeaud 2 publications Logiciel de quantification des images de puces à ADN Mise en place et gestion du projet • étude du domaine d’application • réunions d’information avec les futurs utilisateurs • cahier des charges et validation • définition de l’architecture du logiciel (UML, Patrons de conception) • développement Java • test (données d’entrainement, utilisation au laboratoire) • rédaction de la documentation technique et utilisateur • mise à disposition du logiciel par Java Web Start • maintenance (correction des erreurs, ajout de fonctionnalités) Modélisation mathématique du signal (spots) • correction des valeurs d’expression • localisation des spots dans l’image • quantification automatique des images Feature extraction and signal processing for nylon DNA microarrays. Lopez F, Rougemont J, Loriod B, Bourgeois A, Loi L, Bertucci F, Hingamp P, Houlgatte R, Granjeaud S. BMC Genomics. (2004) AGScan: a pluggable microarray image quantification software based on the ImageJ library R. Cathelin; F. Lopez; Ch. Klopp Bioinformatics ; doi: 10.1093/bioinformatics/btl564. (2006) 4 / 9

11. Perspectives • NGS • mise en place de l’infrastructure matérielle • automatisation des pipelines « génomique » et « ChIP-seq » • conception et développement d’un outil de visualisation des alignements • collaboration avec IGS / SIB • TranscriptomeBrowser • développement de nouveaux plugins • PredigMo Text-mining • InteractomeBrowser Interactions protéine-protéine • mises à jour automatiques • GINsim • proposition de nouveaux interacteurs dans les modèles • implémentation de la communication avec les plugins • utilisation de TBCommonGenes et TBMap • remplacement des paramètres logiques par les fonctions logiques • intégration de TBrowser dans GINsim ? • réorganisation de GINsim