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Ecología Molecular – 2014 – TP1. Marcadores moleculares. ¿Existen secuencias de la D-loop de Trachurus murphyi?. 1. 2. 3. Diseñar sus partidores propios: ¿Existe una secuencia del genoma mitocondrial del género?. 1. 2. 1. 1. 1. 1. Busqueda de los partidores.
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Ecología Molecular – 2014 – TP1 Marcadores moleculares
¿Existen secuencias de la D-loop de Trachurus murphyi? 1 2 3
Diseñar sus partidores propios: ¿Existe una secuencia del genoma mitocondrial del género? 1 2
PROcessor of SEQuences (ProSeq) (c) 1999 - 2007 by Dmitry Filatov, http://www.biology.ed.ac.uk/research/institutes/evolution/software/filatov/proseq.htm importar JREL2-TRNA-F.ab1
A A C A C G T G T T
Reverse 5' 3' A A C A C T T G T G 3' 5' Complemente 5' 3' A A C A C A A C A C 3' 5' 5' 3' A A C A C G T G T T 5' 3'
Emsamblar secuencias: JREL12-TRNA-F.ab1 con JREL2-TRNA-R.ab1 1. Invertir la secuencia complementaria 2. sobreponer 3. fusionar
Alineamiento de las secuencias F y R I Insertar un espacio
I Insertar un espacio Eliminar base(s)
Alineamiento de secuencias Importar todas las secuencias F Alinear Cortar las extremidades Verificar cada mutación
Pero ustedes tienen esto… Y luego de alinear (ctrI)
Y del otro lado… Cortar las extremidades Revisar las secuencias alignadas
Estadísticas para caracterizar la variación del ADN 1) Número de sitios polimórficos S 2) Número de alelos diferentes (haplotipos)K 3) Diversidad H = 1 - pi2 (pi2 : frecuencia del haplotipo i) 4) Número promedio de diferencias entre 2 secuencias
1 Abrir el archivo: Jurel1pop.arp
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3 1 2
Secuencias Fabiola • ¿Qué son estas secuencias? (organismo, gen) • ¿Existe sitios variables entre estos individuos? • ¿Algo que comentar…?
Microsatélites o SSR (Single Sequence Repeats)
Abrir el archivo: micro1pop.gtx Frecuencias alélicas e índices de diversidad
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