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GenBank 数据库检索及其应用 ——Entrez 检索功能

GenBank 数据库检索及其应用 ——Entrez 检索功能. 重庆医科大学图书馆 李 轶. 简介. GenBank 数据库是由美国国立生物技术信息中心（ NCBI ）维护的一级核酸序列数据库。. GenBank 数据库的数据来源有三种： 1 、直接来源于测序工作者提交的序列； 2 、与其它数据机构协作交换的数据； 3 、美国专利局提供的专利数据。. NCBI 网站网址： http://www.ncbi.nlm.nih.gov. GenBank 和 PubMed( 序列数据 ) 检索的比较 ：. 1 、 GenBank 的检索结果是序列及其注释信息；

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GenBank 数据库检索及其应用 ——Entrez 检索功能

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Presentation Transcript

  1. GenBank数据库检索及其应用——Entrez检索功能 重庆医科大学图书馆 李 轶

  2. 简介 GenBank数据库是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）维护的一级核酸序列数据库。 GenBank数据库的数据来源有三种： 1、直接来源于测序工作者提交的序列； 2、与其它数据机构协作交换的数据； 3、美国专利局提供的专利数据。

  3. NCBI网站网址： http://www.ncbi.nlm.nih.gov

  4. GenBank和PubMed(序列数据)检索的比较： 1、GenBank的检索结果是序列及其注释信息； PubMed的检索结果是与序列数据相关的文献信息。 2、GenBank数据更新早于PubMed，GenBank数据库的检全率高于PubMed。 3、 GenBank可对序列数据进行限制检索，而PubMed只能对文献、杂志、作者等进行限制检索，因而GenBank数据库的检准率也高于PubMed。

  5. 简介 检索界面

  6. 基本检索界面： 基本检索输入框

  7. 基本检索界面： 执行检索按钮 ras[GENE] 基本检索输入框

  8. 点击进入跨库检索

  9. 跨库检索界面： 执行检索按钮 ras[GENE]

  10. 跨库检索界面：

  11. 点击进入GenBank数据库

  12. GenBank数据库界面：

  13. GenBank数据库界面：

  14. GenBank数据库界面： 点击进入核苷酸序列数据库检索界面

  15. 核苷酸序列数据库检索界面： 特征栏提供 辅助检索功能

  16. 核苷酸序列数据库检索界面：

  17. 简介 检索界面 基本检索功能 （一）名称、作者姓名、截词检索、布尔逻辑运算 （二）特殊标志符检索 （三）序列长度检索 （四）分子重量检索 （五）范围检索

  18. 简介 检索界面 基本检索功能 （一）名称、作者姓名、截词检索、布尔逻辑运算

  19. 检索限定词： 1、基因名称的检索限定词：[GENE] 2、生物体名称的检索限定词：[ORGN] 3、作者姓名的检索限定词：[AUTH]

  20. 简介 检索界面 基本检索功能 （一）名称、作者姓名、截词检索、布尔逻辑运算 （二）特殊标志符检索

  21. 特殊标志符的格式（核酸序列）： • 1、序列辨认号（GI）：一串阿拉伯数字 • e.g.：6995995 • 2、GenBank/EMBL/DDBJ序列接受号： • (1)1个字母+5个阿拉伯数字 • e.g.：U12345 • (2)2个字母+6个阿拉伯数字 • e.g.：AY123456，Af123456

  22. 特殊标志符的格式（核酸序列）： 3、RefSeq（Reference Sequence）序列接受号: （1）mRNA 记录（NM_*）: e.g.:NM_000492 （2）基因组DNA重叠群（NT_*）: e.g.:NT_000347 （3）完整的基因组或染色体（NC_*）: e.g.:NC_000907 （4）基因组的局部区域（NG_*）: e.g.:NG_000019 （5）从人类基因组序列注释、加工得到的序列模型记录（XM，XP，or XR_*）： e.g.:XM_000483

  23. 特殊标志符的格式（核酸序列）： 4 、PDB序列接受号：１个阿拉伯数字＋３个字母 e.g.：１TUP 序列接受号的检索限定词为[ ACCN]or[ACCESSION]

  24. AF123456[ACCN]

  25. 简介 检索界面 基本检索功能 （一）名称、作者姓名、截词检索、布尔逻辑运算 （二）特殊标志符检索 （三）序列长度检索

  26. 序列长度的检索限定词：[SLEN] 1510[SLEN]

  27. 简介 检索界面 基本检索功能 （一）名称、作者姓名、截词检索、布尔逻辑运算 （二）特殊标志符检索 （三）序列长度检索 （四）分子重量检索

  28. 分子重量的检索限定词：[MOLWT] 2009[MOLWT]

  29. 简介 检索界面 基本检索功能 （一）名称、作者姓名、截词检索、布尔逻辑运算 （二）特殊标志符检索 （三）序列长度检索 （四）分子重量检索 （五）范围检索

  30. 范围检索：中间用冒号连接 • 1、序列接受号范围检索： • AF114696:AF114714[ACCN] • 2、序列长度范围检索： • 3000：4000[SLEN] • 3、分子重量范围检索： • 2002：2009[MOLWT] • 4、日期范围检索： • 2005/01：2006/09/26[MDAT]or[PDAT]

  31. 简介 检索界面 基本检索功能 特征栏辅助检索 限制检索（Limits） 预检索/索引检索（Preview/Index） 检索史管理（History） 剪贴板管理（Clipboard） 详细匹配过程（Details）

  32. 详细匹配过程 预检索/索引检索 检索史管理 限制检索 剪贴板管理

  33. 简介 检索界面 基本检索功能 特征栏辅助检索 限制检索（Limits）

  34. 限制检索界面：

  35. 限制检索界面：

  36. 核苷酸序列数据库分为三个子数据库： • EST :表达序列标记数据库 • GSS :基因组测序序列数据库 • CoreNucleotide :包含所有未被以上两个子数据库收录的核苷酸序列

  37. 核苷酸序列数据库检索界面：

  38. 核苷酸序列数据库检索界面：

  39. 限制检索界面：

  40. 限制检索界面：

  41. 检索结果显示界面：

  42. 限制检索（Limits）： 限制检索范围

  43. ras 限制检索范围

  44. 排除某种类型的序列

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