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GenBank 数据库检索及其应用 ——Entrez 检索功能

GenBank 数据库检索及其应用 ——Entrez 检索功能. 重庆医科大学图书馆 李 轶. NCBI 网站简介. http://www.ncbi.nlm.nih.gov. NCBI 的资源与工具. 数据库. 工具. 数据提交. 培训. NCBI 的资源与工具. 数据库. NCBI 的资源与工具. 文献数据库. 分子数据库. 基因组数据库. NCBI 的资源与工具. 工具. NCBI 的资源与工具. 检索工具. 数据分析工具. 下载工具. 程序软件. NCBI 的资源与工具. 数据提交. NCBI 的资源与工具. 培训.

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GenBank 数据库检索及其应用 ——Entrez 检索功能

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Presentation Transcript

  1. GenBank数据库检索及其应用——Entrez检索功能 重庆医科大学图书馆 李 轶

  2. NCBI网站简介 http://www.ncbi.nlm.nih.gov

  3. NCBI的资源与工具 数据库 工具 数据提交 培训

  4. NCBI的资源与工具 数据库

  5. NCBI的资源与工具 文献数据库 分子数据库 基因组数据库

  6. NCBI的资源与工具 工具

  7. NCBI的资源与工具 检索工具 数据分析工具 下载工具 程序软件

  8. NCBI的资源与工具 数据提交

  9. NCBI的资源与工具 培训

  10. GenBank数据库

  11. GenBank数据库 简介 GenBank数据库是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）维护的一级核酸序列数据库。 GenBank数据库的数据来源有三种： 1、直接来源于测序工作者提交的序列； 2、与其它数据机构协作交换的数据； 3、美国专利局提供的专利数据。

  12. GenBank数据库 简介 检索界面 1、基本检索界面

  13. GenBank数据库基本检索界面

  14. GenBank数据库基本检索界面

  15. GenBank数据库基本检索界面

  16. GenBank数据库基本检索界面

  17. Nucleotide 数据库分为三个子数据库： • EST :表达序列标记数据库 • GSS :基因组测序序列数据库 • CoreNucleotide :包含所有未被以上两个子数据库收录的核苷酸序列

  18. GenBank数据库 简介 检索界面 1、基本检索界面 2、跨库检索界面

  19. GenBank数据库跨库检索界面

  20. 跨库检索界面 文献数据库 分子数据库

  21. 跨库检索界面 其它数据库

  22. GenBank数据库 简介 检索界面 基本检索功能 （一）字段限制检索

  23. 检索限定词： 1、基因名称的检索限定词：[GENE] or [GENE NAME] 2、生物体名称的检索限定词：[ORGN] or [ORGANISM] 3、作者姓名的检索限定词：[AUTH] or [AUTHOR]

  24. GenBank数据库基本检索功能 “ras”

  25. GenBank数据库基本检索功能 “ras”

  26. GenBank数据库基本检索功能 “ras”[GENE]

  27. GenBank数据库基本检索功能 “ras”[gene]

  28. GenBank数据库 简介 检索界面 基本检索功能 （一）字段限制检索 （二）特殊标志符检索

  29. 特殊标志符的格式（核酸序列）： 1、序列辨认号（GI）：一串阿拉伯数字 e.g.：266458390

  30. GenBank数据库基本检索功能 GI:266458390

  31. 特殊标志符的格式（核酸序列）： 1、序列辨认号（GI）：一串阿拉伯数字 e.g.：266458390 2、GenBank/EMBL/DDBJ序列接受号： (1)1个字母+5个阿拉伯数字 e.g.：U12345 (2)2个字母+6个阿拉伯数字 e.g.：AY123456，Af123456

  32. GenBank数据库基本检索功能 AF:044895

  33. 特殊标志符的格式（核酸序列）： 3、RefSeq（Reference Sequence）序列接受号: （1）mRNA 记录（NM_*）: e.g.:NM_000492 （2）基因组的DNA重叠群（NT_*）: e.g.:NT_000347 （3）完整的基因组或染色体（NC_*）: e.g.:NC_000907 （4）基因组的局部区域（NG_*）: e.g.:NG_000019 （5）从人类基因组注释、加工得到的序列模型（XM，XP，or XR_*）： e.g.:XM_000483

  34. GenBank数据库基本检索功能 NM_021284

  35. 特殊标志符的格式（核酸序列）： 4 、PDB序列接受号：１个阿拉伯数字＋３个字母 e.g.：１TUP 序列接受号的检索限定词为[ACCN]or[ACCESSION]

  36. GenBank数据库 简介 检索界面 基本检索功能 （一）字段限制检索 （二）特殊标志符检索 （三）序列长度检索

  37. GenBank数据库基本检索功能 1510[SLEN]

  38. GenBank数据库基本检索功能

  39. GenBank数据库 简介 检索界面 基本检索功能 （一）字段限制检索 （二）特殊标志符检索 （三）序列长度检索 （四）范围检索

  40. 范围检索：中间用冒号连接 1、序列接受号范围检索： AF114696:AF114714[ACCN] 2、序列长度范围检索： 3000：4000[SLEN] 3、日期范围检索： 2005/01：2006/09/26[MDAT]or[PDAT]

  41. GenBank数据库 简介 检索界面 基本检索功能 限制检索功能

  42. GenBank数据库限制检索功能

  43. GenBank数据库限制检索功能

  44. GenBank数据库限制检索功能 数据发布日期

  45. GenBank数据库限制检索功能 数据发布日期

  46. GenBank数据库限制检索功能 数据修改日期

  47. GenBank数据库限制检索功能 数据修改日期

  48. GenBank数据库限制检索功能 检索字段

  49. GenBank数据库限制检索功能 检索字段

  50. GenBank数据库限制检索功能 “ras”

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