TRANSKRIPCIJA

1. TRANSKRIPCIJA

2. TRANSKRIPCIJA RNA-POLIMERAZA: • poput DNA-polimeraza, enzim koji "bira" supstrate prema kalupu; sinteza u 5'3' smjeru, klizi po kalupu u 3'5'; procesivan enzim građen od više podjedinica • inicijacija transkripcije: vezanjem -faktora • terminacija: pomoću signalnog slijeda ili -faktora

3. TRANSKRIPCIJA • NAZIVLJE LANACA: • lanac-kalup: lanac na osnovi kojeg se vrši sinteza lanca RNA; komplementaran novosintetiziranoj RNA • kodirajući lanac: lanac jednak novosintetiziranom lancu RNA • "uzvodno" - prema 5' kraju mRNA ili kodirajućeg lanca • "nizvodno" - prema 3' kraju mRNA ili kodirajućeg lanca mRNA kalup kodirajući lanac DNA

4. ZADACI • Određene DNA-endonukleaze razgrađuju dvostruku zavojnicu DNA do mono- i dinukleotida, ali ne razgrađuju one dijelove DNA na kojima se nalaze vezani proteini. Kako biste konstruirali pokus u kojem biste odredili položaj promotora u fragmentu DNA koristeći DNA-endonukleazu i RNA-polimerazu? Da li ćete u reakcijsku smjesu dodati ribonukleozid-5'-trifosfate, supstrate RNA-polimeraze? 2. RNA-polimeraza ne posjeduje nukleazne aktivnosti DNA-polimeraza. Navedite dva svojstva (dvije aktivnosti) koje posjeduje RNA-polimeraza, a DNA-polimeraze ih nemaju!

5. ZADACI 3. Slijed baza fragmenta dvolančane molekule DNA je: 5’ ATCGCTTGTACGGA 3’ 3’ TAGCGAACATGCCT 5’ Napišite slijed baza RNA koja nastaje ako je gornji lanac kalup za RNA-polimerazu. Kako se u tom slučaju naziva donji lanac? 4. Neka se niže navedeni segment dvolančane DNA transkribira s desna na lijevo  5’ ATTCGCAGGCT 3’ 3’ TAAGCGTCCGA 5’ Koji je lanac kodirajući? Napišite slijed baza mRNA nastale transkripcijom tog segmenta.

6. ZADACI 5. Za očekivati je da analog 5’-ATP-a kojem nedostaje hidroksilna skupina na 3’ ugljikovom atomu riboze (3’-deoksi-5’-ATP) narušava sintezu RNA budući da ne može formirati fosfodiestersku vezu na 3’ položaju. Da li bi mogli iskoristiti navedeni analog ATP-a za određivanje smjera sinteze RNA? Objasnite kako biste to izveli.

7. ZADACI 6. Naveden je dio nukleotidnog slijeda rekombinantnog plazmida koji sadrži promotor za virusnu T7 RNA-polimerazu i mjesta za cijepanje restrikcijskim endonukleazama BamHI i EcoRI:  5’ATAGGGAGGAGGATTACCCCTCGAATTCGAGCTCGCCCGGGGATCCTC 3’ 3’TATCCCTCCTCCTAATGGGGAGCTTAAGCTCGAGCGGGCCCCTAGGAG 5’ mRNA 5’ GGGAGGAGGAUUACCCCUCGAAUU 3’ Gornji lanac je kodirajući, a donji je kalup za sintezu RNA. Prvi nukleotid koji se transkribira označen je strelicom. • Napišite slijed nukleotida RNA koji nastaje kada se prikazani fragment DNA pocijepa s EcoRI, a zatim transkribira T7 RNA-polimerazom. Palindromski slijed kojeg prepoznaje EcoRI je G|AATTC

8. ZADACI • Napišite slijed nukleotida RNA koji nastaje kada se prikazani fragment DNA pocijepa s BamHI, a zatim transkribira T7 RNA-polimerazom. Palindromski slijed kojeg prepoznaje BamHI je G|GATCC  5’ATAGGGAGGAGGATTACCCCTCGAATTCGAGCTCGCCCGGGGATCCTC 3’ 3’TATCCCTCCTCCTAATGGGGAGCTTAAGCTCGAGCGGGCCCCTAGGAG 5’ mRNA 5’ GGGAGGAGGAUUACCCCUCGAAUUCGAGCUCGCCCGGGGAUC 3’

9. ZADACI 7. Izolirana je molekula RNA koja posjeduje 3’–OH i 5’-fosfat. 5’ pNp————————————————pN-OH 3’ Koju informaciju vam daje taj podatak? 8. Navedite koji je glavni produkt alkalne hidrolize ribonukleotida pApG. Objasnite mehanizam alkalne hidrolize RNA.