160 likes | 486 Views
Kalkulator Biochemiczny. Jak litery zmienić w liczby. ćwiczenie 2. Co można wyczytać z sekwencji?. 20 liter = 20 aminokwasów o różnych właściwościach fizyko-chemicznych. Sekwencja determinuje strukturę i funkcję białka. 20 liter = 20 liczb, które można dodać, pomnożyć albo.
E N D
Kalkulator Biochemiczny Jak litery zmienić w liczby. ćwiczenie 2.
Co można wyczytać z sekwencji? • 20 liter = 20 aminokwasów o różnych właściwościach fizyko-chemicznych Sekwencja determinuje strukturę i funkcję białka 20 liter = 20 liczb, które można dodać, pomnożyć albo.... Skład aminokwasów odpowiada za właściwości fizyczne białka
Aminokwasy hydrofobowe/niepolarne A VL I P Y FWMC Ala Val Leu Ile Pro alifatyczne aromatyczne zawierające siarkę Tyr Phe Trp Cys Met
Aminokwasy hydrofilowe/polarne N Q S T K R H D E N, Asn Q, Gln S, Ser T, Thr K, Lys naładowane (+) D, Asp E, Glu R, Arg H, His naładowane (-)
Diagram Venn’a Specyficzne własności reszt aminokwasowych decydują o strukturze i aktywności biologicznej białek.
cechy: • hydrofobowe/hydrofilowe • alifatyczne • aromatyczne, oddziaływujące warstwowo • polarne-neutralne • polarne naładowane dodatnio/ujemnie • kwasowe, zasadowe • C-β rozgałęzione • małe/duże • zawierające siarkę • tworzące wiązania wodorowe • wzmacniacze/łamacze struktur • masa • stała dysocjacji • współczynnik ekstyncji • średnia objętość w strukturze natywnej • średnia liczba cząsteczek wody
...w liczbach • M = 71.09 • Vr = 67 Å3 (0.067nm3) • vr = 0.74 cm3/g • hr = 1 (mol/mol) Ala, A M = 138.16 Vr = 118 Å3 (0.118 nm3) vr = 0.67 cm3/g hr = 4 (mol/mol) pKa =6.2 ε = 5860 λmax = 211.nm His, H
Proste dodawanie • masa • objętość całkowita • objętość właściwa • stopień hydratacji
Lizozym (białko jaja kurzego) >6LYZ:_|PDBID|CHAIN|SEQUENCE KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL • Mw masa = 14302 Da • V objętość całkowita = 16728.9 Å3 • v2objętość właściwa = 0.704 cm3/g • hr stopień hydratacji = 270 mol/mol
Molowy współczynnik absorpcji (model Edelhoch’a, roztwór denaturujący:6M Gdn-HCl ) • absorpcja Tyr, Trp i Cys nie różni się znacząco w różnych roztworach • białka nie zawierają innych chromoforów w UV λ=280 nm εMTyr = 1280 εMTrp = 5690 εMCys = 180 εMCys-Cys = 120 εMGdn = (NTyr) εMTyr + (NTrp) εMTrp + (NCys) εMCys
Molowy współczynnik absorpcji (Lizozym) (NTyr)=3 (NTrp)=6 (NTyr) =4 λ=280 nm εMGdn = 38010 (M-1cm-1) (kalulator) εMGdn = 37860 (M-1cm-1) (literatura)
Molowy współczynnik absorpcji (Lizozym w roztworze natywnym) Prawo Beera: AGdn=εMGdnlcMGdn Anativ=εMlcM λ=280 nm l = 1cm cM = cMGdn εM = Anativ/AGdnεMGdn εM = 38010 M-1cm-1 ε = 2.65 cm-2g-1 cM na 1OD280 = 2.6 ×10-5 M cna 1OD280 = 0.377 gcm-3
pH punktu izoelektrycznegoi ładunek ładunek dodatni pKai: Arg 12.48 Lys 10.53 His 6.00 ładunek ujemny pKaj: Asp 3.86 Glu 4.25 Tyr 10.07 Cys 8.33 Ni– suma Arg, Lys i His, Nj– suma Asp, Glu, Tyr, Cys pI = pH(net Charge =0)
Krzywa miareczkowania Lizozym: pI 9.215 max ładunek dodatni: 9 max ładunek ujemny: 20
Zadanie: • znaleźć sekwencję: • kurzej owalbuminy (ovalbumin chicken) • BSA (bovine serum albumin) • obliczyć: • masę cząsteczek • pH punktu izoelektrycznego • współczynnik ekstynkcji