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Seqüenciamento e genômica

Seqüenciamento e genômica. Descrição rápida de algumas estratégias de seqüenciamento e anotação. Alguns genomas. Haemophilus influenzae, Science 1995: “Whole genome random sequencing na Assembly of Haemophilus influenzae Rd.” No Brasil, Xylella fastidiosa , Nature 2000

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Seqüenciamento e genômica

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Presentation Transcript

  1. Seqüenciamento e genômica Descrição rápida de algumas estratégias de seqüenciamento e anotação.

  2. Alguns genomas... • Haemophilus influenzae, Science 1995: • “Whole genome random sequencing na Assembly of Haemophilus influenzae Rd.” • No Brasil, Xylella fastidiosa, Nature 2000 • The genome sequence of the plant pathogen “Xylella fastidiosa.” • Genoma humano: Science e Nature, fevereiro de 2001

  3. Shotgun

  4. Shotgun hierárquico

  5. ESTs • Etiquetas de genes expressos – Expressed sequence tags • Biblioteca de cDNA – mRNA amplificados por uma transcriptase reversa clonado em plasmídeos • Permite comparações entre tecidos ou ciclos/fases da vida do organismo (estudos de expressão)

  6. ORESTES – ORF ESTs • PCR inespecífico • Dias-Neto (2000) • PNAS 97(7):3491

  7. Vetores... • YAC - • BAC – • Cosmídeos • Plasmídeos

  8. Base calling

  9. Base calling • PHRED – um dos programas mais utilizados • PHRED quality = - 10 log (Pe) • Regiões de baixa qualidade

  10. Base calling

  11. Mascaramento de vetores e “trimming” • Mascaramento das seqüências de baixa qualidade • “trimming” – remoção dos primers • Mascaramento das seqüências dos vetores de clonagem • Cross Match – compara a seqüência obtida com um banco de dados de seqüências a serem removidas

  12. Agrupamento de seqüências • PHRAP • CAP3 • TIGR Assembler • Formação de contigs • GAPS!!!

  13. Agrupamento de seqüências - Gaps • Seqüências repetitivas: • AAATTAAA; AAAGGAAA; AAACCAAA • AAAGGAAACCAAATTAAA? • AAAGGAAATTAAACCAAA? • AAACCAAAGGAAATTAAA? • AAATTAAACCAAAGGAAA????

  14. Agrupamento de seqüências - Gaps • Segmentos do genoma não clonado • Incompatibilidade com o vetor? • Acaso? • Genes letais?

  15. Agrupamento de seqüências - Visualização • PHRAP View • CONSED

  16. Agrupamento de seqüências - Visualização Interface do programa Consed

  17. Anotação • O que diz essa sopa de As,Ts,Gs,Cs???

  18. Anotação • O que diz essa sopa de As,Ts,Gs,Cs??? • Buscas por similaridade • Programas de previsão • ORFs • GENESCAN, GENOMESCAN • Sabiá, para anotação de bactérias, LNCC • Bancos de dados biológicos!!!

  19. Depois do genoma??? • OMAS: • Genoma; • Transcriptoma; • Proteoma; • Estudos de expressão gênica: • ESTs, ORESTEs; • Microarrays; • SAGE; ...

  20. Quantos genomas (10/2004)? • 1.628 de vírus • 174 de bactérias e arqueobactérias • 20 de eucariotos Francisco Prosdocimi e Fabrício R. Santos. Sobre bioinformática, genoma e ciência. Ciência Hoje, 35 (209):54-57. 2004.

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