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Drosophila solexa Tag analysis 2/25

Drosophila solexa Tag analysis 2/25. ahsan. 論点. 転写開始点の修正 転写開始点は１つでなく、分布する 分布の定量化とグループ分け 発現量の定量化　広いダイナミックレンジ Differential display young vs old, male vs female 進化的な保存度と発現量の関係. タグの統計　ゲノム上での位置. 前回は N が入っているタグを除いてアラインメントした。 今回は、 3 回まで N が含まれている 5endTag も入れて再びアラインメントした. 転写開始点. 正規分布に近い分布.

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Presentation Transcript

  1. Drosophila solexa Tag analysis 2/25 ahsan

  2. 論点 • 転写開始点の修正転写開始点は１つでなく、分布する分布の定量化とグループ分け • 発現量の定量化　広いダイナミックレンジ • Differential displayyoung vs old, male vs female • 進化的な保存度と発現量の関係

  3. タグの統計　ゲノム上での位置 前回は N が入っているタグを除いてアラインメントした。 今回は、3回まで N が含まれている5endTag も入れて再びアラインメントした.

  4. 転写開始点 正規分布に近い分布 FBtr0078010 gene in Young Male 単一のピークをとる分布

  5. 一様に分布して場合

  6. 転写開始点の転写の分布

  7. 代表的な転写開始点 • 5UTR領域の上流500bp以下から翻訳開始点（TIS)の間に転写産物の中、最大の転写量を持つ点を代表的な転写開始点と定義する。

  8. 代表転写開始点 遺伝子の総数　１３,６６２

  9. 高い再現性　広いダイナミックレンジ 同じYoung Female データを２回取った ときの再現性 Young Female ( solexa Read2) Young Female( solexa Read1)

  10. YMvOM YM(1) OM(4) YFvOF OF(3) YF(5) YMvYF OMvOF Differential display の考え方 YM: young Male YF: young Female OM: old Male OF: old Female

  11. YoungFemale　と　Old Female の比較ゲノム上の各位置で厳密にグループ分け YMvOM YFvOF YMvYF • ゲノム上の各位置にアラインメントされたタグ数を比較 • 最も厳密なタグの比較方法 • 遺伝子領域でグルーピングはしていない • ちょっと厳しすぎるかもしれないので、次に遺伝子領域でグルーピングした結果を示す OMvOF

  12. Tag Tag Tag Tag Tag Tag Tag +500bp Exon2 Exon1 5’End 3’End 遺伝子領域の定義 代表的な転写開始点 Flybase の遺伝子の転写開始点より500bp以下 の上流領域から終止コドンまでを遺伝子領域とする。 この領域に存在する遺伝子と同じ向きの5endtagを その遺伝子の由来とする。

  13. YMvOM YFvOF YMvYF OMvOF YoungFemale　と　Old Female の比較遺伝子によるグルーピング • 遺伝子領域でグルーピングした結果 • 相関は多少上昇している

  14. タンパク質コード領域（CDS)の定義 TIS Tag Tag Tag Tag Tag +500bp Exon2 Exon1 CDS region 3’End 5’End Flybase の遺伝子の翻訳開始点(TIS)より終止コドンまでの 翻訳領域をCDS領域とする。 この領域に存在する遺伝子と同じ向きの5endtagを その遺伝子の由来とする。

  15. YMvOM YFvOF YMvYF OMvOF YoungFemale　と　Old Female の比較CDSによるグルーピング タンパク質コード領域（CDS)でのグルーピング

  16. 非翻訳領域（UTR)の定義 TSS TIS Tag Tag Tag Tag Tag +500bp Exon2 Exon1 UTR region 3’End 5’End Flybase の遺伝子の転写開始点(TSS)より500bp以下 の上流領域から翻訳開始点（TIS)までをUTR領域とする。 この領域に存在する遺伝子と同じ向きの5endtagを その遺伝子の由来とする。

  17. YMvOM YFvOF YMvYF OMvOF YoungFemale　と　Old Female の比較UTR によるグルーピング

  18. 異なる組織での遺伝子発現量の統計的検定（比率検定）異なる組織での遺伝子発現量の統計的検定（比率検定） 比率検定によって、優位差がある遺伝子を選ぶ r1: transcription number of gene “A” in Sample 1 n1: total transcripts in sample 1 r2: transcription number of gene “A” in Sample 2 n2: total transcripts in sample2

  19. Young Female と Old Female　で発現に顕著な違いのある遺伝子 FlybaseTrID YFexp OFexp

  20. ショウジョウバエの12種に保存された遺伝子と発現量ショウジョウバエの12種に保存された遺伝子と発現量 FlybaseTrID CDS(bp) YM OF OM YF 12種に保存

  21. Aigaki sensei Sense – anti sense cluster Internal Exon Vs Tag and codon usage Monday: 13:00~15:00

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