1 / 19

Alternatywny splicing

Alternatywny splicing. Wyjątek, który może być regułą?. Kamil Lipiński. Splicing jako potranskrypcyjna modyfikacja mRNA. Splicing konstytutywny (‘constitutive’)*. Splicing alternatywny (‘alternative’). Izoformy.

vince
Download Presentation

Alternatywny splicing

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript


  1. Alternatywny splicing Wyjątek, który może być regułą? Kamil Lipiński

  2. Splicing jako potranskrypcyjna modyfikacja mRNA Splicing konstytutywny (‘constitutive’)* Splicing alternatywny (‘alternative’) Izoformy *W ‘Molecular Biology of the Gene’ w ramach splicingu alternatywnego wyróżnia się alternatywny splicing regulacyjny oraz konstytutywny, co ma zupełnie inne znaczenie. W tej samej publikacji podzielono jednocześnie cały splicing na konstytutywny i alternatywny, analogicznie jak w powyższy schematach. Schematy: „Genoms” T. A. Brown, 2001

  3. Sekwencja intronu a splicing Sekwencje konserwatywne w intronach kręgowców Conajmniej 15%, a być może nawet do 50% ludzkich chorób genetycznych powstaje na skutek mutacji albo w miejscach splicingowych albo w innych elementach warunkujących poprawnych splicing* Ogólny schemat składania mRNA *Understanding alternative splicing: towards a cellular code, Nature reviews: 2005 „Genoms” T. A. Brown

  4. Spliceosom - rola snRNP Rozpoznanie miejsc cięcia i składania zachodzi na zasadzie hybrydyzacji snRNA z sekwencjami konserwatywnymi w intronach. Motywy te mogą znajdować się wewnątrz eksonu czy intronu przypadkowo (miejsca kryptyczne). Musi zatem istnieć mechanizm zapewniający ich ignorowanie. „Biochemia” Streyer, 2005

  5. Sekwence konserwatywne w intronach Sekwencje posiłkowe (‘auxiliary elements’) Trakt polipirymidynowy (PPT) Miejsca donorowe Represory splicingu Miejsca akceptorowe Miejsca rozgałęzienia Aktywatory splicingu Mechanizm wyboru miejsc cięciai składania Elementy ‘cis-acting’ Elementy ‘trans-acting’ snRNP spliceosomu Silencery Czynniki splicingowe Enhancery Schemat: projekt własny, na podstawie danych z różnych pozycji w bibliografii

  6. Mechanizm wyboru miejsc cięcia i składania Rekrutacja białek regulacyjnych (czynników splicingowych) na pre-mRNA wpływa na rozpoznawanie miejsc cięcia i składania mRNA przez snRNP spliceosomu. Sekwencje rozpoznawane przez czynniki splicingowe: • ESE – ‘exonic splicing enhancer’ • ISE – ‘intronic splicing enhancer’ • ESS – ‘exonic splicing silencer’ • ISS – ‘intronic splicing silencer’ „Protein Diversity from Alternative Splicing. A Challenge for Bioinformatics and Post-Genome Biology” Douglas L. Black, Cell 103:368, 2000

  7. Rola czynników splicingowych Rekrutacja białek regulacyjnych (czynników splicingowych) na pre-mRNA wpływa na rozpoznawanie miejsc cięcia i składania mRNA przez snRNP spliceosomu. Białka z rodziny SR i hnRNP PTB / hnRNPI RRM3 i 4 rozpoznaje CUCUCU* *RRM – „RNA Recognition Motif” Schemat: http://www.mimg.ucla.edu, http://www.library.csi.cuny.edu

  8. Mechanizmy aktywacji i represji PTB wypętla ekson N1 w ssaczym genie src, co powoduje jego pominięcie Z pre-mRNA genu tat wirusa HIV1 powstają dwa warianty mRNA. Proporcja zależy od względnej ilości/aktywności hnRNPA1 i SF2/ASF Schemat: na podstawie „Understanding alternative splicing (…)”, Nature reviews, 2005

  9. Poziomyzjawiska Poprzez alternatywny splicing z jednego pre-mRNA danego genu powstają różne warianty mRNA (zazwyczaj więc różne izoformy białek): • w jednym rodzaju komórek: • - gen receptora DSCAM Drosophila • - antygeny t/T wirusa SV40 • w komórkach różnego rodzaju (tkanki): • gen α-tropomiozyny szczura • src ssaków • w komórkach różnych osobników tego samego gatunku: • - sxl, tra, tra-2, dsx - determinacja płci u Drosophilamelanogaster

  10. Klasyfikacja • Pominięcie eksonu (‘exon skipping’) • - sxl, dsx Drosophila • - gen α-tropomiozyny szczura • - src ssaków • Zatrzymanie intronu (‘intron retention’) • Alternatywne 5’końcowe miejsce • Alternatywne 3’końcowe miejsce • - traDrosophila • - gen antygenu T/t SV40 • Wybór jednego z eksonów • -gen receptora DSCAM Drosophila Schemat: http://www.stanford.edu

  11. AS w genie antygenu T/t wirusa SV40 Splicing antygenu T/t wirusa SV40 Zidentyfikowany czynnik splicingowy, odpowiedzialny za wybór 5’ miejsca, nazwano ASF (‘alternative splicing factor’). Czynnik ten okazał się być tym samym, co SF2 - czynnikiem biorącym udział we wczesnym etapie asocjacji spliceosomu na wielu różnych pre-mRNA różnych genów. Przykład wyboru alternatywnego 5’ miejsca do wspólnego 3’ miejsca ASF/SF2 jest białkiem z rodziny SR. Zwiększona koncentracja promuje wybór 5’ miejsca najbliższego do 3’ miejsca. Obie izoformy powstają w zakażonej komórce w określonej proporcji. Schemat: na podstawie „Genes VIII”, Benjamin Levin, 2004

  12. AS α-tropomiozyny szczura Izoformy tropomiozyny powstają w wyniku pomijania eksonów (‘exon skipping’) Izoforma białka powstającego w wyniku ekspresji genu zależy od rodzaju komórki, a więc w różnych tkankach powstają różne warianty mRNA. Oznacza to, że mechanizm regulujący alternatywny splicing tego genu jest tkankowo specyficzny. Schemat: http://www.oregonstate.edu

  13. AS genu DSCAM Drosophila • Każdy mRNA będzie zawierał jedną z: • 12 możliwych alternatyw dla eksonu 4 (czerwony) • 48 możliwych alternatyw dla eksonu 8 (niebieski) • 33 możliwych alternatyw dla eksonu 9 (zielony) • 2 możliwych alternatyw dla eksonu 17 (żółty) W efekcie daje to możliwości powstania 38,016 różnych mRNA i białek „Protein Diversity from Alternative Splicing. A Challenge for Bioinformatics and Post-Genome Biology” Douglas L. Black, Cell 103:368, 2000

  14. AS w determinacji płci somatycznej Drosophila Specyficzne dla płci alternatywne wycinanie intronów z pre-mRNA sxl Gen podlega samoregulacji: wczesne białko SXL powoduje pominięcie eksonu 3 w mRNA późnego białka SXL (prowadzi do represji splicingu) sxl – (‘sex lethal’) nadzędny gen regulatorowy somatycznej determinacji płci Schemat: projekt własny, na podstawie danych z różnych pozycji w bibliografii

  15. AS w determinacji płci somatycznej Drosophila SXL promuje wybór kryptycznego 3’ miejsca splicingu wewnątrz eksonu 2. TRA powoduje pominięcie eksonu 4 w mRNA dsx, zawierającego kodon stop. Zarówno krótsza jak i dłuższa izoforma DSX jest funkcjonalna. DSX(F) i DSX(M) są regulatorami transkrypcji genów wykonawczych Schemat: projekt własny, na podstawie danych z różnych pozycji w bibliografii

  16. Bibliografia • „Genetyka molekularna” , praca zbiorowa pod redakcją Piotra Węgleńskiego, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa 2006 • „Genomy”, T. A. Brown, przekład pod redakcją Piotra Węgleńskiego, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa 2001 • „Protein Diversity from Alternative Splicing. A Challenge for Bioinformatics and Post-Genome Biology”, Douglas L. Black, Cell 103:368, 2000 • „Molecular Biology of the Gene, fifth edition”, James D. Watson et al.., 2004 • „Genes VIII”, Benjamin Lewin, 2004 • Understanding alternative splicing: towards a cellular code”, Arianne J. Martiln, Francis Clark, Christopher W. J. Smith, Nature reviews: 2005 • „Splicing in action: assessing disease causing sequence changes”, D. Baralle, M. Baralle, JMG Online, 2005 • „Function of alternative splicing”, Stefan Stamm et al.., Science Direct, 2005 • „Mechanisms of alternative pre-messenger RNA splicing”, Douglas L. Black, Annual Review of Biochemistry, 2003

  17. BIAŁKA ‘KOMBINOWANE’ (IZOFORMY) GENEROWANIE ZŁOŻONYCH PROTEOMÓW SEKWENCJA ORF „CELLULAR CODE” ALTERNATYWNY SPLICING ELASTYCZNE i SELEKTYWNE ‘ŁĄCZENIE’ SEKWENCJI TKANKOWO SPECYFICZNA REGULACJA EKSPRESJI INNE MODYFIKACJE ZMIANY O CHARAKTERZE REGULACYJNYM REGULACJA EKSPRESJI NONSENSE-MEDIATED DECAY RUST

  18. Pre-mRNA intron 5’ 3’ ekson 1 ekson 2 miejsce donorowe 5’-GU-3’ miejsce rozgałęzienia 5’-A-3’ trakt pirymidyn 5’-YYYYYY-3’ miejsce akceptorowe 5’-AG-3’

  19. mRNA 2 ekson 1 ekson 3 Intron 1 Intron 2 5’ 3’ ekson 1 ekson 2 ekson 3 mRNA 1 ekson 1 ekson 2 ekson 3 Negatywny czynnik splicingowy (represor splicingu) np. Sxl, PTB Pozytywny czynnik splicingowy (aktywator splicingu) np. białka SR snRNP spliceosomu np. U1 snRNP

More Related