1 / 29

Master Bioinformatics (Bioinformatics & Systems Biolgy)

Master Bioinformatics (Bioinformatics & Systems Biolgy). Jaap Heringa. Sanne Abeln. Anton Feenstra. Van Gen naar Functie. mRNA. Proteins. TERTIARY STRUCTURE (fold) ‏. Metabolites. Genes. Onderzoek & Bioinformatica. clinical trials (chdr). Model + Algorithme.

vince
Download Presentation

Master Bioinformatics (Bioinformatics & Systems Biolgy)

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Master Bioinformatics (Bioinformatics & Systems Biolgy) Jaap Heringa Sanne Abeln Anton Feenstra

  2. Van Gen naar Functie mRNA Proteins TERTIARY STRUCTURE (fold)‏ Metabolites Genes

  3. Onderzoek & Bioinformatica clinical trials (chdr) Model + Algorithme next generation sequencing (baseclear) mammaprint (agendia)

  4. Major Bioinformatics Major Systems Biology Opbouw Studie - Keuze

  5. Wat is Systeem Biologie? Hoe zou jij erachter komen hoe een radio werkt? Hoe komt een bioloog erachter hoe een radio werkt? We zouden het systeem willen begrijpen.

  6. Wat is Systeem Biologie?

  7. Wie komen studeren? WO HBO Biologie Informatica Bioinformatica Master Bioinformatica Leer samenwerken met mensen uit verschillende disciplines

  8. Opbouw Studie: vakken Vakken • 4 vakken (24 ects) verplicht voor beide majors • 3 vakken (18 ects) voor Bioinformatica • 3 keuze vakken (18 ects) Stages • Totaal 60 ects

  9. Opbouw Studie - Jaar 1 gezamenlijk vak gezamenlijke start Bioinformatics & Systems Biology keuze moment Bioinformatics

  10. Opbouw Studie - Jaar 1

  11. Opbouw Studie - Jaar 1 • door samenwerking is het programma goed “studeerbaar” in twee jaar. • Keuzevakken kunnen goed ingepland worden

  12. Systems Biology Basic models in Systems Biology Advanced models in Systems Biology Artificial Intelligence Data mining techniques Genetic algorithms Neural Networks Opbouw studie: Keuzevakken Statistics • Statistical Genetics • Statistical Models Biology • Epigenetics • Molecular physiology Other interesting options • Principles of Neuroscience • Physical biology of the cell

  13. Opbouw studie - Jaar 2 • twee stages/afstudeervakken: • Minor: 18-24 ects • Major: 36-42 ects • Stageplekken: • Bedrijf, Universiteit, Buitenland,Instituut, Lab, Ziekenhuis

  14. LUMC Philips Organon (Merck) Agendia Keygene Baseclear Stageplekken • Nederland, onder andere: • VU (FEW/ FALW) • VUmc • CMBI • UMCU • UvA • UU • TNO • MRC-Holland

  15. Stageplekken • Buitenland: • Stockholm Bioinformatics Centre • European Bioinformatics Institute, Hinxton, UK • Deutsche Krebs Forchungs Zentrum, Heidelberg • European Molecular Biology Laboratory, Heidelberg • INRIA Strasbourg • Sloan Kettering Foundation NYC, USA • LONI laboratory UCLA, USA • Oakland University, NZ • RIKEN Tokyo, Japan • UMC Mineapolis (Ann Arbour), USA

  16. Fundamentals of Bioinformatics clinical trials (chdr) Model + Algorithme next generation sequencing (baseclear) mammaprint (agendia)

  17. Intoduction to Systems Biology

  18. Algorithms in Sequence Analysis Dynamic Programming HMMs Alignment Tree Building http://zeus.few.vu.nl/programs/shmrwww/example/

  19. Structural Bioinformatics Analysing protein structures Homology modeling ‘ab-initio’ prediction Protein Simulation

  20. Bioinformatics for Translational Medicine Store, process, analyse, model, predict

  21. Onderzoek in onze groep http://zeus.few.vu.nl/programs/shmrwww/example/

  22. Onderzoek in onze groep

  23. Onderzoek in onze groep Reversible oligomerization Irreversible fiber formation

  24. Minor ... (voor Bachelor) • .... komt eraan, waarschijnlijk in 2012/2013 • 2011/2012 • We stellen een vakkenpakket samen voor HBOers die kan dienen als minor

  25. Waarom een Master? • kritisch denken - nieuw vakgebied • zelf nieuwe methodes inschatten • overzicht • Onderzoek, papers • doorgroei in bedrijfsleven! • wat + hoe + waarom

  26. Requirements • Aantoonbare ervaring in (Moleculaire) biology of Computer Science • HBO - Bioinformatica - geen extra eisen • Verplicht intake gesprek • Kleine deficiënties bijwerken tijdens master (< 12 ects): • Bijv: biologie, programmeren, wiskunde, statistiek • Individuele begeleiding in bioinformatica groep

  27. Waarom Bioinformatica in Amsterdam? • Master Bioinformatica titel • Geaccrediteerd! • Diepte in “Bioinformatica” • Sterk in Internationaal Onderzoek • Veel contacten (stages) • Midden in nieuwste ontwikkelingen • Interdisciplinair Karakter • “Dicht bij” Systeem Biologie • Studenten met verschillende achtergronden • Persoonlijke mentoring (VU) • direct contact met docenten

  28. Master Bioinformatics Jaap Heringa heringa@few.vu.nl Sanne Abeln s.abeln@few.vu.nl Anton Feenstra feenstra@few.vu.nl www.ibi.vu.nl/teaching

More Related