Glossary Genome, DNA, Gene

1. Glossary Genome, DNA, Gene Chromosome 染色体≒Chromatin 染色糸 chromatin fiber, Chromatid 染色分体 (特に細胞分裂時) Euchromatin/Heterochromatin Genomic elements (=DNA regions) Promotor + Coding region (Multiple Exons with interspersed Introns) (≒gene遺伝子の実態) Intergenic Regions (遺伝子間領域：特に機能が明らかでない場合); Boundary Element (=insulator); Locus Control Regions (調節領域) Enhancer/Silencer sometimes at a distance = cis-Elements trans-acting factors (DNAの高次構造を変える，Pol IIを導くなど)　以下遺伝子発現にかかわるタンパク質（DNA, RNAを合成・分解する酵素以外） [Basal Transcription Factors:RNA polymeraseと共に働く] Transcription factors: 一般的な転写調節因子 Activators/Repressors, Mediater DNA-Non-binding: Coactivators/Corepressors Histone Chaperones, Chromatin/Histone Modifiers 仁 snoRNP (small nucleolar RNP) Ribosomeのアセンブリ プロセシングの結果として、5’-Cap/Poly(A)結合因子 やSpliceosome (U1～U6 snRNAを中心としたsnRNPやSR proteinsなど）の作用の痕跡としてのExon junction complex (EJC) などが付着しmRNPを作る。さらにATP-依存Helicaseの作用でアダプターTHO/TREX (Transcrip-tion/Export: 転写伸長反応にもかかわる)が結合し、これを介して輸送因子NXF1/TAP, NXT1などが結合する。5’側から核膜孔成分と相互作用し、細胞質に輸送され、核膜孔の細胞質側すだれ構造に付着しているHelicase成分などと相互作用して、NXF1などmRNAP成分の放出、新たな成分の結合という不可逆的組換えが起こる。これにより、一方向性の輸送が保証される。 転写の鎖延長・Nucleotide excision repair も促進(=Transcription-coupled repair) 核膜孔で通過するタンパク質と相互作用する核膜孔成分タンパク質はFGリピートを持ちIntrinsically denatured状態にある＝特に決まった2次構造を持たず、entropic barrierを形成する。通過するタンパク質複合体はその構造をコンパクトにすることで透過する? 12/24核膜孔輸送 相互作用あり Import receptorはcargoと結合して核内に入る。核内でRan-GTPにより解離。Ran-GTP結合型で核外へ戻る。 Export receptorは単独で核内に入る。Ran-GTP・Cargoと結合して細胞質へ。GTP加水分解で解離。蛋白質 核酸 酵素 50: 420, 2005 Ranとは小分子量G-proteinの一種で、有名な発がん遺伝子であるraus sarcoma virusの遺伝子ras（正常な細胞にもこの遺伝子の正常型がある）にちなみ、ras-like＋nucleusから名付けられた。 Gタンパク質は信号伝達に関わるタイムスイッチである。GEF (G-protein exchange factor)によってGDP結合型（不活性型）からGTP結合型(活性型)へと、またGAP (GTPase activating protein)によって逆に不活性型へ変換される。この仲間が、後の小胞輸送のところでも出てくるので覚えておこう！ 左の図のように、RanのGAPは細胞質（特に核膜孔の細胞質側）に、GEFは染色体に付着しているので、それぞれの区画でのRanの存在状態＝活性化状態が決まってくる。 Ran-GEF染色体に結合 Ran GTPase cycle 細胞質＋核膜孔外側 Ranサイクル Export factorと一緒に入る＝Exportinのimport factorとして働く 専用のImport factor (NTF2) もある Nonsense-mediated decay Nature438: 726-728, 2005