La visualisation des arborescences

1. La visualisation des arborescences

5. Version avec 3000 espèces (David Hillis, http://www.zo.utexas.edu/faculty/antisense/DownloadfilesToL.html )

6. http://en.wikipedia.org/wiki/File:Tree_of_life_with_genome_size.svghttp://en.wikipedia.org/wiki/File:Tree_of_life_with_genome_size.svg

7. Dendrogramme:Montre le résultat d’un “clustering” Nuage de points (“scatterplot”) Dendrogramme montrant4 “clusters” principaux (Merci à Patrick Oesterling pour les images.)

8. Arbre noeud-lien modifié pour montrer le temps Venolia et Neustaedter, “Understanding Sequence and Reply Relationships within Email Conversations: A Mixed-Model Visualization”, ACM CHI 2003

10. Une recette http://www.cookingforengineers.com/2004/09/recipe-file-basic-tiramisu.html

11. Filelighthttp://www.methylblue.com/filelight/

12. http://www.topicscape.com/

14. Les arborescences Zhao, McGuffin, et Chignell 2005

15. Susanne Jürgensmann et Hans-Jörg Schulz,A Visual Survey of Tree Visualization, affiche à InfoVis 2010http://treevis.shows.it/

17. Rappel: les parcours d’arbre • Parcours en profondeur “preorder”: ABDEFICGH • Parcours en profondeur “postorder”: DEIFBGHCA • Parcours en largeur: ABCDEFGHI A B C D E F G H I

18. En liste “indentée” Classique/En couches (“layered”) Un layout naïf et facile à programmer: chaque sous-arborescence a un intervalle en x qui n'est pas chevauchée par les sous-arborescences voisines. Un parcours en profondeur "postorder" combine les intervalles des sous-arbres pour donner l’intervalle de chaque parent. Un autre layout facile à programmer: un parcours en profondeur “preorder” va rencontrer les noeuds en ordre des coordonnées y, tandis que la coordonnée x est proportionnelle à la profondeur de chaque noeud. Un layout de style "Reingold Tilford" : économise de l'espace en x en rapprochant les sous-arbres le plus possible. (Pour les détails, voir la section 3 de Christoph Buchheim, Michael Jünger et Sebastian Leipert, "Improving Walker's Algorithm to Run in Linear Time", Proceedings of Symposium on Graph Drawing (GD) 2002, pages 344-353.)

19. En liste “indentée” Classique/En couches (“layered”) Un layout naïf et facile à programmer: chaque sous-arborescence a un intervalle en x qui n'est pas chevauchée par les sous-arborescences voisines. Un parcours en profondeur "postorder" combine les intervalles des sous-arbres pour donner l’intervalle de chaque parent. Un autre layout facile à programmer: un parcours en profondeur “preorder” va rencontrer les noeuds en ordre des coordonnées y, tandis que la coordonnée x est proportionnelle à la profondeur de chaque noeud. Un layout de style "Reingold Tilford" : économise de l'espace en x en rapprochant les sous-arbres le plus possible. (Pour les détails, voir la section 3 de Christoph Buchheim, Michael Jünger et Sebastian Leipert, "Improving Walker's Algorithm to Run in Linear Time", Proceedings of Symposium on Graph Drawing (GD) 2002, pages 344-353.)

20. En liste “indentée” Classique/En couches (“layered”) Un layout naïf et facile à programmer: chaque sous-arborescence a un intervalle en x qui n'est pas chevauchée par les sous-arborescences voisines. Un parcours en profondeur "postorder" combine les intervalles des sous-arbres pour donner l’intervalle de chaque parent. Un autre layout facile à programmer: un parcours en profondeur “preorder” va rencontrer les noeuds en ordre des coordonnées y, tandis que la coordonnée x est proportionnelle à la profondeur de chaque noeud. Un layout de style "Reingold Tilford" : économise de l'espace en x en rapprochant les sous-arbres le plus possible. (Pour les détails, voir la section 3 de Christoph Buchheim, Michael Jünger et Sebastian Leipert, "Improving Walker's Algorithm to Run in Linear Time", Proceedings of Symposium on Graph Drawing (GD) 2002, pages 344-353.)

21. @article{wetherell1979, author = {Charles Wetherell and Alfred Shannon}, title = {Tidy Drawings of Trees}, journal = {IEEE Transactions on Software Engineering}, year = 1979, month = {September}, volume = {SE-5}, number = 5, pages = {514--520} } @article{reingold1981, author = {Edward M. Reingold and John S. Tilford}, title = {Tidier Drawings of Trees}, journal = {IEEE Transactions on Software Engineering}, year = 1981, month = {March}, volume = {SE-7}, number = 2, pages = {223--228} } @article{walker1990, author = {{Walker II}, John Q.}, title = {A Node-Positioning Algorithm for General Trees}, journal = {Software---Practice and Experience}, year = 1990, month = {July}, volume = 20, number = 7, pages = {685--705} } @inproceedings{buchheim2002, author = {Christoph Buchheim and Michael J\"{u}nger and Sebastian Leipert}, title = {Improving {Walker's} Algorithm to Run in Linear Time}, booktitle = conf_gd, year = 2002, pages = {344--353} }

22. SpaceTree(Catherine Plaisant, Jesse Grosjean, Benjamin Bederson, InfoVis 2002) http://www.cs.umd.edu/hcil/spacetree/

23. SpaceTree(Catherine Plaisant, Jesse Grosjean, Benjamin Bederson, InfoVis 2002)

24. SpaceTree(Catherine Plaisant, Jesse Grosjean, Benjamin Bederson, InfoVis 2002)

25. SpaceTree(Catherine Plaisant, Jesse Grosjean, Benjamin Bederson, InfoVis 2002)

26. SpaceTree(Catherine Plaisant, Jesse Grosjean, Benjamin Bederson, InfoVis 2002)

27. SpaceTree(Catherine Plaisant, Jesse Grosjean, Benjamin Bederson, InfoVis 2002)

28. Treemaps(Ben Shneiderman et d’autres) Marc Smith et Andrew Fiore, 2001 Martin Wattenberg, 1998 et http://www.smartmoney.com/map-of-the-market/

29. http://iguide.travel/Philippines/Regions

30. Bruls, Huizing, van Wijk (2000) http://www.win.tue.nl/~vanwijk/stm.pdf

31. Treemap dans Konquerorhttp://www.dgp.toronto.edu/~mac/tmp/konqy_space_usage_disp.png

32. Treemaps (Shneiderman 1992; http://www.cs.umd.edu/hcil/treemap-history/) Un Treemap « slice-and-dice » (algorithme original, produit beaucoup de rectangles longs et minces):

33. Algorithme de treemap “slice-and-dice” Bruls, Huizing, van Wijk (2000) http://www.win.tue.nl/~vanwijk/stm.pdf

34. Algorithme de treemap “slice-and-dice” Bruls, Huizing, van Wijk (2000) http://www.win.tue.nl/~vanwijk/stm.pdf

35. Mosaic plots http://www.statmethods.net/advgraphs/mosaic.html

36. Treemaps • Un Treemap « squarified » (algorithme glouton, temps linéaire*, améliore la proportion (« aspect ratios ») des noeuds): * Sans compter le temps pour trier les enfants de chaque noeud

37. Algorithme de treemap “squarified” 3 6 4 8 12 Bruls, Huizing, van Wijk (2000) http://www.win.tue.nl/~vanwijk/stm.pdf

38. Bruls, Huizing, van Wijk (2000) http://www.win.tue.nl/~vanwijk/stm.pdf

39. Algorithme de treemap “squarified”,avec marges et lissage Bruls, Huizing, van Wijk (2000) http://www.win.tue.nl/~vanwijk/stm.pdf

40. Les arborescences Michael McGuffin et Jean-Marc Robert, 2010

41. « Squarified Treemaps » « Icicle diagrams » (diagrammes à glaçons) Aire de chaque feuille proportionnelle à la superficie de l’île Aire de chaque feuille égale Michael McGuffinet Jean-Marc Robert, 2010

42. Asymptotic Analysis of the Space-Efficiency of Tree Representations Key ideas: • Impose a 1×1 bounding square on all representations • Evaluate size of smallest nodes, not just total area • Evaluate size of labels as a function of their aspect ratio L • Examine limits of these sizes as depth D→∞ Michael McGuffin et Jean-Marc Robert, 2010

43. Michael McGuffin et Jean-Marc Robert, 2010

44. Michael McGuffin et Jean-Marc Robert, 2010

45. “Rectified” treemap Squarified treemap Michael McGuffin et Jean-Marc Robert, 2010

46. Hans-Jörg Schulz et al., PacificVis 2013

47. Hans-Jörg Schulz et al., PacificVis 2013

48. Hans-Jörg Schulz et al., PacificVis 2013

49. Hans-Jörg Schulz et al., PacificVis 2013

50. Hans-Jörg Schulz et al., PacificVis 2013