Секвенаторы нового поколения от Roche Diagnostics для биомедицины

1. Секвенаторы нового поколения от Roche Diagnostics для биомедицины Кбн Салим Смаилов 22 мая 2012

2. Секвенирование (расшифровка) ДНКфундамент современной биомедицины, мощный инструмент, дающий массу возможностей для специалистов ДНК

3. Пиросеквенатор модель «GS FLX+» • Производительность : 800 Млн нукл • Длительность запуска :23 час • Длина считываемого • фрагмента ДНК: до1000 нукл • Точность: 99,9 % • Мин кол-во ДНК: 250 нг

4. Технология пиросеквенированияОдин фрагмент ДНК на один микрошарик One bead One fragment One well Каждый фрагмент связывается с 1 микрошариком Исходная ДНК фрагментируется После эмульсионной ПЦР микрошарики несущие ДНК помещаются в микроячейки One read При синтезе ДНК происходит детекция пирофосфата и излучение света Световые сигналы образуют точную последовательность

5. GS Run Browser GS De Novo Assembler GS Amplicon Variant Analyzer GS Reference Mapper Программное обеспечение доступно1 обученному оператору

6. Преимущества технологии Roche • Длина считываемого фрагмента: самая быстрая сборка считываний отдельной ДНК длиной до 800-900 нуклеотидов без пробелов • Качество: технология Roche точно определяет каждый нуклеотид • Размер фрагмента и качество считывания: позволяют быструю и точную сборку последовательности исследуемой ДНК и выявление всех мутаций

7. Быстрая сборка без пробелов Coverage Фрагмент  Контиг  Скаффолд  Последовательность www.roche-applied-science.com

8. Выводы по расшифровке генома супертоксичного летального штамма E. coli O104 в 2011 г • Последовательность полученная в HPA (Великобритания) на пиросеквенатореRoche принята как референсная • Точная идентификация и расположение генов устойчивости к антибиотикам и гена шигеллы (вставкагена фага Stx2 размером 62 кБ в WrbA ген кишечной палочки) – что было невозможно на других системах -Ion Torrent и Illumina • Показано что плазмиды образуют слитную структуру • Исправлены неправильные сборки • - После нескольких дней неудачных попыток собрать точный геном эксперты использовали расшифровку на пиросеквенаторе Roche, что заняло несколько минут www.454.com www.454.com

9. Секвенирование генома человека Геном неандертальца Анализ участков генома связанных с болезнями Индивидуальные геномы Структурные Вариации

10. >1.500 публикаций в ведущих мировых журналах

11. HIV HLA Leukemia Others Секвенирование для медициныРазработка IVD тестов • Для диагностики наиболее значимым является таргетное секвенирование, те целевых участков • Ультраглубокое секвенирование для онкологии, типирования HLA, лейкемии

12. Выявление мутаций, приводящих к лейкемии в генах TET2, CBL, KRAS и RUNX1 • Набор реагентов для гена RUNX1 • Набор реагентов для генов TET2, CBL, KRAS • Для секвенаторах моделей GS Junior and GS FLX • Выявление мутаций частотой 1% и менее с 500 -кратным покрытием

13. Типирование HLA высокого разрешения на пиросеквенаторахRoche Коммерческие наборы Roche для выявления совместимости донора и пациента методом высокоточного секвенирования

14. Тест системы для секвенирования Гематология / Онкология TET2, RUNX1, KRAS, CBL, NRAS, MPL, JAK2; Готовятся к выпуску: ATM, BCR-ABL1, CEBPA, EGFR, EZH2, FLT3, MLL, NPM1, P53, WT1 Анализ солидных опухолей: BRAF, C-KIT, EGFR, EML-ALK, FGFR1, Her2, HRAS, PIK3CA, PTEN, NRAS • Генетика человека: • Рак груди и яичника: BRCA 1/2 • Муковисцидоз

15. Преимущества пиросеквенаторов Roche для медицины • Высокая производительность - до 1 млн. прочтений за один запуск • Длинные прочтения - до 1000 нуклеотидов • Определение редких соматических мутаций (до 1%) • Раздельное секвенирование аллелей - гаплотипирование

16. « Секвенирование генома остается лучшим средством для предсказания „семейных“ заболеваний, таких как рак. Детальное изучение генома пациента помогает понять механизм протекающего заболевания и подобрать индивидуальную терапию» Берт Фогельштайн (Bert Vogelstein), Профессор онкологии Центра по изучению рака Johns Hopkins Kimmel «Science Translational Medicine, 2012»

17. Норвежские специалисты намерены секвенировать геном каждого онкологического больного, чтобы назначить ему персонализированную противораковую терапию. Ола Майклбост (Ola Myklebost) University Hospital, Норвегия, май 2012

18. WHERE IN THE WORLD IS 430 пиросеквенаторов GS FLX+ по всему миру Oslo, Norway Helsinki, Finland Liege, Belgium Saskatoon, Canada Winnipeg, Canada London, England Prague, Czech Republic Montreal, Canada Berlin, Germany Tacoma, Washington Moscow, Russia New Haven, Connecticut Seoul, Korea Paris, France Rome, Italy Stanford, California Philadelphia, Pennsylvania Ankara, Turkey Tokyo, Japan Rockville, Maryland Lincoln, Nebraska Shanghai, China Cantanhede, Portugal Delhi, India Okayama, Japan Columbia, South Carolina Los Angeles, California Heraklion, Greece Caesarea, Israel Gainesville, Florida Las Cruces, New Mexico Taipei, Taiwan Cairo, Egypt Jeddah, Saudi Arabia Mexico City, Mexico Pathum Thani, Thailand Hyderabad, India Belem, Brazil Singapore Nairobi, Kenya Chincha Alta, Peru Brasilia, Brazil Sydney, Australia Perth, Australia Sao Paulo, Brazil Durban, South Africa Rosario, Argentina Melbourne, Australia Dunedin, New Zealand

19. WHERE IN THE WORLD IS Более200 пиросеквенаторов GS Junior по всему миру Oulu, Finland Munich, Germany Tallinn, Estonia London, England Copenhagen, Denmark Ontario, Canada Geneva, Switzerland Corvallis, Oregon Warsaw, Poland Branford, Connecticut Seoul, Korea Marcy L’etoile, France New York, New York Mountain View, Cali Graz, Austria Tokyo, Japan Barcelona, Spain Beltsville, Maryland Denver, Colorado Osaka, Japan Nashville, Tennessee La Jolla, California Wenzhou, China Atlanta, Georgia Taipei, Taiwan Houston, Texas Riyadh, Saudi Arabia Hong Kong, China Quezon City, Philippines Queensland, Australia Auckland, New Zealand Perth, Australia Sao Paulo, Brazil Cape Town, South Africa

20. Спасибо за внимание !