Reconstrução filogenética: Inferência Bayesiana

1. Reconstrução filogenética: Inferência Bayesiana • Inferência filogenética baseada no princípio de verossimilhança • Inferência filogenética Bayesiana • Prática: MrBayes Objetivos: Compreender os princípios de inferência Bayesiana e a sua ênfase na probabilidade dos parâmetros e não na probabilidade da amostra como no caso clássico (verossimilhança).

2. Inferência filogenética Bayesiana Sequências alinhadas Árvores Comprimento dos ramos Modelos de substituição 1. Verossimilhança máxima Inferência filogenética por verossimilhança máxima Verossimilhança (L)  Probabilidade (Amostra|Hipóteses)

3. Inferência filogenética Bayesiana 1. Verossimilhança máxima Inferência baseada no conceito de verossimilhança (L)

4. Inferência filogenética Bayesiana Árvore com dois nós Sequência 1 A A T C G A G C C A T A G C G Sequência 2 A A C A G A C A C A G T C C G 1. Verossimilhança máxima

5. Inferência filogenética Bayesiana 1. Verossimilhança máxima Probabilidades de transição segundo o modelo de Jukes & Cantor Sequência 1 — A A T C G A G C C A T A G C G Sequência 2 —A A C A G A C A C A G T C C G

6. Inferência filogenética Bayesiana 1. Verossimilhança máxima Qual a função de verossimilhança, L(t), para todos os sítios?

7. Inferência filogenética Bayesiana 1. Verossimilhança máxima Qual o parâmetro desconhecido na função de verossimilhança? O parâmetro desconhecido na função de verossimilhança é t

8. Inferência filogenética Bayesiana t —número esperado de substituições por sítio ln L 1. Verossimilhança máxima ln L =  1589,77447 e t = 0,03091825 Importante: Estima-se um único valor para o parâmetro.

9. Inferência filogenética Bayesiana 1. Verossimilhança máxima • O parâmetro desconhecido na função de verossimilhança é t • Quem é t? • Produto da taxa de substituição pelo tempo • Número total, por sítio, de substituições em entre duas linhagens t = comprimento do ramo = 0,03091825

10. Reconstrução filogenética: Inferência Bayesiana • Inferência filogenética baseada no princípio de verossimilhança  • Inferência filogenética Bayesiana • Prática: MrBayes

11. Inferência filogenética Bayesiana distribuição de probabilidade a priori função de verossimilhança constante de normalização distribuição de probabilidade a posteriori 2. Inferência Bayesiana Inferência Bayesiana

12. Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana 216

13. Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana 216

14. Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana 217

15. Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana

16. Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana 217

17. Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana 216

18. Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana 218

19. Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana 221

20. Inferência filogenética Bayesiana 2. Inferência Bayesiana 224

21. Reconstrução filogenética: Inferência Bayesiana • Inferência filogenética baseada no princípio de verossimilhança  • Inferência filogenética Bayesiana  • Prática: MrBayes

23. Reconstrução filogenética: Inferência Bayesiana • Inferência filogenética baseada no princípio de verossimilhança  • Inferência filogenética Bayesiana  • Prática: MrBayes 