1 / 29

Les - omiques

Les - omiques. ENSPS 2 TIC-Santé 2012-2013. Plan. Introduction: La définition des – omiques et leurs apparitions en Biologie L’analyse de l’information dans les données Les génomes : de la cartographie au séquençage, Les ARN messagers : de l’hybridation au DNA chip,

bruno
Download Presentation

Les - omiques

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Les -omiques ENSPS 2 TIC-Santé 2012-2013

  2. Plan • Introduction: • La définition des –omiques et leurs apparitions en Biologie • L’analyse de l’information dans les données • Les génomes : de la cartographie au séquençage, • Les ARN messagers : de l’hybridation au DNA chip, • La protéomique : Du gel bidimensionnel à la spectrométrie de masse. L’interactome. • La métabolomique (l’analyse des métabolites)

  3. Protein, proteome, proteomique

  4. plan 1 - rappels de spectrométrie de masse 2- analyse informatique des spectres de masse 3- exemples

  5. plan 1 - rappels de spectrométrie de masse 2- analyse informatique des spectres de masse 3- exemples

  6. l’analyse protéomique • analyse à grande échelle vise à comprendre l’organisation et le fonctionnement de la cellule electrophorèse 1D/2D - microséquençage - spectrométrie de masse • deux étapes • -1- séparation • -2- caractérisation/identification

  7. Electrophorèse bidimensionnelle pH 8.0 4.0 97.4 66.2 45.0 31.0 21.5 14.4 un « spot » correspond à une ou plusieurs protéines Mr (kDa) Adapté de Joyard et al. (1998) Plant Physiol. 118, 715-723 séparation PI / MW

  8. Caractérisation MS : carte peptidique massique Trypsine Lys Arg Arg coupure après lysine et arginine si l’acide aminé suivant n’est pas une proline 1. Digestion trypsique courtesy M. Ferro CEA Grenoble

  9. Caractérisation MS : carte peptidique massique 1. Digestion trypsique fragments trypsiques courtesy M. Ferro CEA Grenoble

  10. Caractérisation MS : carte peptidique massique m1 m3 m1 m2 m4 m2 masse m3 m4 MALDI-TOF 2. Analyse par spectrométrie de masse courtesy M. Ferro CEA Grenoble

  11. Irradiation (laser) Détecteur Tube de vol + désorption/ionisation 1/2mv2 = zU cible U accélération v ~ (z/m)1/2 m3 m1 m2 t ~ (m/z)1/2 Spectre de masse MALDI-TOF Matrix Assisted Laser Desorption Ionization Time Of Flight Laboratoire de Chimie des Protéines CEA-Grenoble

  12. chambre de collision (hexapole) Electrospray (ionisation) ions fragments + + + + U Quadrupole (sélection d’un ion) TOF analyse des ions fragments Séquençage par MS/MS : fragmentation Q-TOF

  13. Fragmentation des peptides HN HN HN HN CH CH CH CH C C C C Fragmentation sur la liaison peptidique S G L G L L HN CH C ... H2N CH C O O O O O O 200.17 [SG] L L G P G A L % 228.17 [M+H]+ 970.71 285.19 800.56 687.46 301.23 485.39 86.11 372.29 398.30 913.65 m/z 100 200 300 400 500 600 700 800 900 1000 interprétation manuelle

  14. plan 1 - rappels de spectrométrie de masse 2- analyse informatique des spectres de masse 3- exemples

  15. identification de protéine : approche directe fragments trypsiques spectres MS/MS P1 P5 P9 protéines candidates P1 P2 spectres théoriques SwissProt protéine

  16. identification de protéine : approche indirecte protéines candidates fragments trypsiques P G A L [SG] L L G spectres MS/MS P1 P5 P9 interprétation P1 P2 SwissProt protéine GLL[SG]LAGP

  17. étiquette peptidique (PST) ? P M W ? 554.33 100 685.37 % 871.46 1000.49 0 129.1 Da 438.2 Da 100 200 300 400 500 600 700 800 900 1000 W M P Un court fragment peptidique PEPTIDE SEQUENCE TAG Deux masses flanquantes de séquence inconnue M. Mann

  18. Taggor + PepMap= PepLine T A G G O R « Mapping » d’un PST sur une séquence protéique ESV 675 916 ...LSEAKISVTSTAESVTASLTDAEKTVNQTAR... Identification de protéines Protéine 1 SwissProt Protéine 2 Protéine 3 … Protéine N

  19. Taggor + PepMappro= PepLinepro T A G G O R « Mapping » d’un PST sur une séquence protéique ESV 675 916 ...LSEAKISVTSTAESVTASLTDAEKTVNQTAR... Identification de protéines Protéine 1 SwissProt Protéine 2 Protéine 3 … Protéine N

  20. on passe aux gènes... 1) interprétation partielle des spectres Spectres MS/MS T A G G O R PSTs 2) Localisation et clustering des PSTs localisation des gènes Chr 1 Séquences Génomiques Chr 2 Chr 3 Gene … Chr M

  21. PepMapGene +1 traductions +2 traductions -2 -3 PST +3 chromosome -1

  22. PepMapGene PST cluster +1 traductions +2 +3 chromosome -1 traductions -2 -3 procaryote

  23. PepMapGene PST exons cluster +1 traductions +2 +3 chromosome -1 traductions -2 -3 eucaryote

  24. PepMapGene 1- localisation des PSTs sur une séquence génomique eucaryote No match ! Complete match Partial match EXON EXON EXON EXON EXON 2 – localisation des séquences codantes (PSTs clustering) EXON Intron EXON Intron EXON Cluster Gene Chromosome Translated Chromosome (6 frames)

  25. plan 1 - rappels de spectrométrie de masse 2- analyse informatique des spectres de masse 3- exemples

  26. exemple : enveloppe chloroplastique d’A. thaliana LCU0134 (nanoLC-MS/MS analysis) PepLine Arabidopsis thaliana Chromosome 1 11300 PSTs Frame +1 Frame +2 Frame +3 Frame -1 Frame -2 Frame -3

  27. exemple : enveloppe chloroplastique d’A. thaliana MS/MS spc 0300222 MS/MS spc 0300117 chloroplast inner envelope protein Intron

  28. exemple 2 : proteome membranaire bactérien protéome membranaire bactérien Malate permease

  29. exemple 2 : proteome membranaire bactérien MS/MS protéome membranaire bactérien Malate permease

More Related