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L’utilisation des informations du pedigree pour gérer la variabilité génétique d’une population en danger : L’élevage du mouton Xalda en Asturies en est un exemple. Travail de Génétique. Introduction. L’élevage de Xalda: - en danger de disparition
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L’utilisation des informations du pedigree pour gérer la variabilité génétique d’une population en danger : L’élevage du mouton Xalda en Asturies en est un exemple. Travail de Génétique
Introduction • L’élevage de Xalda: - en danger de disparition - Coefficient de consanguinité élevé Que faire pour la sauvegarde de l’espèce?
Introduction • Le paramètre F: - mesure de l’identité entre allèles - probabilité d’obtenir des gènes identiques (%) mesure le taux de pertes de variabilité génétique
Introduction • Taille de la population: Influence très fort la variabilité génétique (fixation des gènes) Choix de reproducteur limités gènes ne sont plus tirés au sort dérive génétique dans un sens.
Introduction • Pour maintenir la variabilité: il est nécessaire de monitorer en utilisant un ens. de paramètres caractérisant: - structures de la population - pratique de gestion • Les xaldas est un exemple représentatif au niveau des études pour la conservation de la génétique animale developpée en Europe
Matériel - Analyse de l’information des pedigree de l’association des éleveurs de moutons Xalda ( ACOXA) de 1992 à 2001. - 9 lignées - 805 moutons enregistrés - 562 vivants dont 507 femelles - Population très jeune
Méthodes • Différents paramètres utilisés: - Ne : Nombre efficace en fonction du nombre de mâles et de femelles utilisés. Ne= 4(NmNf)/(Nm+Nf)
Méthodes • Différents paramètres utilisés: - Le paramètre F: mesure de l’identité entre allèles probabilité d’obtenir des gènes identiques (%) mesure le taux de pertes de variabilité génétique
Méthodes • Différents paramètres utilisés: - Le paramètre F: DF= 1/(2Ne)
Méthodes • Différents paramètres utilisés: -AR: Coefficient moyen de non-relation Indique la contribution génétique à la population
Méthodes • Différents paramètres utilisés: -AR: Utilisées comme: index pour maintenir le stock génétique initial comparer la consanguinité au sein d’une sous population
Méthodes • Différents paramètres utilisés: -AR: Calcul du coefficient pour un fondateur: 1→ Pour le fondateur (car il appartient à la population) 1/2→ Par fils du fondateur (dans la population) 1/4→ Par petit fils du fondateur (dans la population)
Résultats et discussion • Utilisation abusive de certains individus => ↓ de la variabilité génétique • Nombre très faibled’ancêtre → race rencontre un d° de selection de la part des éleveurs qui utilisent massivement un nombre réduit de reproducteur (choisit sur la conformation)
Résultats et discussion • Intervalle de génération moyen réduit : 3 ans - voie père-fils : courte (relève) - voie mère-filles : longue (attente de voir ses résultats) • 13 ancêtres 50% de la variabilité génétique
Résultats et discussion • La moyenne des F de la population: 1,762% (faible) Mauvaise estimation: il n’y a que 7 générations, pedigree top court • Ne sera donc mal estimé de part la formule • F n’est donc pas un bon indicateur de perte de gènes.
Résultats et discussion • AR peut-être utilisé comme complément pour estimer la consanguinité dans une population: - évalue la contribution génétique des fondateurs - évalue la représentation génétique de chaque individu qui n’est pas fondateur
Résultats et discussion • AR est utilisé indirectement pour caractériser les troupeaux comme représentation de la population
Conclusions • Manque d’infos sur la taille de la pop sous estimation nb d’individus consanguins mais hauts coef. d’inbreeding pas possible d’utiliser les paramètres habituels utilisation de nouveaux paramètres • Usage abusif de certains individus aux dépends d’autres
Conclusions • Utilisation de l’AR • Infos sur la description de la pop. et du management • Plus facile à calculer et à comprendre par les éleveurs
Conclusions • En pratique • Calcul de l’AR pour chaque individu après la saison des naissances • Favoriser certains accouplements • Égaliser la représentation génétique des différentes lignées et troupeaux
Conclusions • Sélection des béliers ayant l’AR le plus bas possible • Sélection des mères à béliers sur leur conformation parmi les moins représentées génétiquement
Bibliographie • GOYACHE F., GUTTIERREZ J.P., FERNANDEZ I., GOMEZ E., ALVAREZ I., DIEZ J., ROYO L.J., Using pedigree to monitor genetic variability of endangered populations : the Xalda sheep breed of Asturias as an example, J. Anim. Breed. Genet., 120 : 95-105 (2002)