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Entrez 系统

Entrez 系统. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez. 山西医科大学. 医学信息检索教研室. Entrez 系统. 概况 数据库资源 检索方法. 概 况. Entrez 是用户使用 NCBI 主要医学资源的信息检索系统。其资源包括文献数据库 Pubmed 、 OMIM 、 PMC 等；分子数据库 Nucleotide 与 Protein Sequences 、 Protein Structures 、 Taxonomy 等；基因生物数据库 Genomes 、 Map Viewer 等多个数据库。. 概 况.

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Presentation Transcript

  1. Entrez 系统 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez 山西医科大学 医学信息检索教研室

  2. Entrez系统 • 概况 • 数据库资源 • 检索方法

  3. 概 况 • Entrez是用户使用NCBI主要医学资源的信息检索系统。其资源包括文献数据库Pubmed、OMIM、PMC等；分子数据库 Nucleotide 与Protein Sequences、Protein Structures、 Taxonomy 等；基因生物数据库Genomes、Map Viewer等多个数据库。

  4. 概 况 • NCBI建立的多个生物医学数据库的检索平台 • 涉及核酸序列、蛋白序列、大分子结构、基因组图、基础医学、临床医学等领域 • 包括Pubmed, Nucleotide,Genome,OMIM 在内的近二十个数据库 • 所有的数据库既可同时检索，又可分别检索 • 数据库之间建有超级链接，可直接进行交互访问使用

  5. 新的Entrez检索界面 数据库转换功能键 检索区域 全部数据库

  6. 新的Entrez检索界面 数据库图标 检索结果 数据库名称

  7. 数据库资源 • Nucteotide (核酸序列数据库) • Protein (蛋白序列数据库) • Genome (基因组数据库) • PopSet (种群组数据库) • Structrue (大分子结构数据库) • Taxonomy (生物分类数据库) • OMIM (人类孟德尔遗传联机数据库) • ……

  8. 数据库关系图

  9. 检索方法 • 基本检索 • Index • Limit

  10. 主题 Subject 专业术语， 短语Phrase 要加双引号，如“16S RNA” 著者Authors 标识符Unique Identifiers，如序列鉴定号 刊名Journal Name，如JAMA 范围（区域）Range 如馆藏号、序列长度等 截词符Truncating，如Immunoglob* 联合检索Combining 用于较复杂的检索 基本检索

  11. 基本检索—截词符 Immunoglob*

  12. 索引功能—Index • “INDEX” 位于高级检索界面下方 • 共有关键词、著者、基因名、分子量、生物体、序列长度等20余条索引 • 可浏览、选择任一检索词进行检索 • 也可从多条索引中选择多个词进行联合检索

  13. 索引选择 逻辑算符

  14. 限制功能—Limit • 限制任一字段，如关键词、期刊、基因等 • 去除某一不必要的序列，如GSS(基因组调查序列) • 限制某一特殊的分子类型，如mRNA • 限制某一基因位点,如线粒体 • 显示序列主要部分或某一部分 • 限制结果为一个特殊数据库中的记录 • 限制日期 • 一次可使用多个限制

  15. 优化检索策略 • 通过字段检索 • 使用布尔逻辑算符 • 使用各种限制功能 • 使用索引功能 • 使用检索史 • 写出高级检索步骤

  16. 检索实例1： （Nucteotide数据库）查找近二年Mitochondrial Carriers(线粒体载体)的核酸序列，但不要ESTs序列的内容 • 选择Nucteotide数据库 • 输入检索词：Mitochondrial Carriers • 点击Limit,进行限制 • 勾选“Exclude ESTs” • 选择时间2002年1月---2003年11月 • 点击“Go”

  17. 检索结果

  18. 检索实例2： （Protein 数据库）检索猪(Pig)的蛋白激酶(Protein Kinase)信息 • 选择Protein数据库，点击“preview/Index” • 在下方的字段选择栏内选择“Organism”，输入检索词“Pig”，点击“Index” • 选择“Pig(6266)”后点击“AND”，再次选择“Text Word”字段，输入“Kinase”,点击“Index” • 检出“Kinase(69655)”，再次点击“AND” • 检查上方检索框 中的检索式无误后，点击“Go”,获得相关记录225条。

  19. 检索实例3： （OMIM数据库）查找OMIM 数据库中有关囊性纤维化跨膜转导调节因子(CFTR)的文献, 链接其基因位点图和 protein数据库中的 相关序列. • 选择数据库OMIM，输入检索词“Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator” • 点击“Go”，选择检出文献602421，点击“Gene map locus 7q31.2”,显示更多内容 • 再次点击7q31.2，链接Genome数据库的基因位点图 • 点击右上“Link”,选择Protein数据库，打开其记录可获得相关序列

  20. THE END 谢谢

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