Séminaire CERF 25 mars 2011 Marie CHUPIN – Ingénieur de Recherche CNRS

1. Séminaire CERF 25 mars 2011 Marie CHUPIN – Ingénieur de Recherche CNRS

2. CV : résumé Diplôme d’ingénieur et DEA Octobre 2000 Soutenance de thèse septembre 2004 Doctorat en imagerie médicale Directrice de thèse Line Garnero Doctorat en imagerie médicale Directrice de thèse Line Garnero École Supérieure d'Optique Option traitement des images École Supérieure d'Optique Option traitement des images 2005 1997 2001 2007 2010 Thèse Traitement d’images anatomiques pour la morphométrie des structures cérébrales & corrélation avec les données d’imagerie fonctionnelle Thèse Traitement d’images anatomiques pour la morphométrie des structures cérébrales & corrélation avec les données d’imagerie fonctionnelle Ingénieur de recherche développement logiciel, gestion d’études multicentriques & application à la classification Post doc Développements longitudinaux de la segmentation de l'hippocampe (et de l’amygdale) & Application à l'épilepsie Post doc Développements longitudinaux de la segmentation de l'hippocampe (et de l’amygdale) & Application à l'épilepsie 2

3. EXPERIENCE PROFESSIONNELLE Thèse Post doc Ingénieur de recherche 2005 2001 2007 2010 SegmentationAutomatiqueCompétitive del’Hippocampeet del’Amygdale Gestion d’études multicentriques L’hippocampe à 7 Tesla 3

4. Thèse Post doc Ingénieur de recherche 2005 2001 2007 2010 Segmentation automatique de l’hippocampe - SACHA conception, implémentation & validation (semi automatique) amélioration, implémentation & validation (automatique) développements longitudinaux… … … … … application grands groupes de sujets Gestion d’études multicentriques L’hippocampe à 7 Tesla 4

5. Antérieur Postérieur SACHA – PROBLEMATIQUE : Hippocampe & amygdale FONCTION COGNITIVE Mémoire Apprentissage Contrôle des émotions TROUBLES NEUROLOGIQUES Épilepsie Maladie d’Alzheimer Dépression … FONCTION COGNITIVE Mémoire Apprentissage Contrôle des émotions TROUBLES NEUROLOGIQUES Épilepsie Maladie d’Alzheimer Dépression …  SACHA Déformation compétitive de régions + a priori anatomiques & probabilistes Segmentation : mise au point, développement et validation Implémentation : dépôt APP, simplification (environnement BrainVisa) d’après D. Hasboun Chupin et al, Neuroimage 2007 Chupin et al, Neuroimage 2009 SEGMENTATION MANUELLE  longue subjective AUTOMATISATION Plus fiable & plus rapide  Études longitudinales large échelle 5

6. SACHA - METHODE A priori anatomique Initialisation A priori probabiliste Échelle d’évaluation qualitative Chupin et al, Neuroimage 2007 Chupin et al, Neuroimage 2009 6

7. SACHA – VALIDATION & APPLICATION Modélisation de sources en MEG Attal et al, HBM 2010 Dumas et al, HBM 2010 appliqué à > 1500 sujets 4 pathologies > 65 appareils d’IRM Validation vs manuelle Chupin et al, Neuroimage 2007 Chupin et al, ISBI 2008 Chupin et al, Neuroimage 2009 Classification & forme Chupin et al, ISBI 2008 Chupin et al, Hippocampus 2009 Colliot et al, Radiology 2008 Gérardin et al, Neuroimage 2009 Cuingnet et al, Neuroimage 2010 MCI Étude Hippocampe EISAI - en cours Dépression Bergouignan et al, Neuroimage 2009 MCI - Volumétrie CHU Lille - en cours (au CENIR) Alzheimer Corrélations marqueurs LCR I2MA - en cours Syndrome Gilles de la Tourette Worbe et al, Brain 2010 Alzheimer Corrélations neuropsy Sarazin et al, JAD 2010 Adolescents Verglas Montreal - en cours Épilepsie GHPS - en cours Épilepsie Londres - en cours (en local) Adolescents Saguenay Lac St Jean Toro et al, Brain Struct Funct 2009 Toronto – en cours Malrotations & épilepsie Montreal - en cours (en local) 7

8. Étude patients syndrome Gilles de la Tourette 60 patients 30 contrôles • Validation vs manuelle • contrôles • 24 (1.5T) + 8 (3T) • 15 patients MTLE • 8 patients MA Worbe et al, Brain 2010 Étude volumétrie MCI ~80 patients MCI Corrélation neuropsy 35 patients MA Étude Hippocampe 216 patients MCI Chupin et al, Neuroimage 2007 Chupin et al, ISBI 2008 Chupin et al, Neuroimage 2009 CHU Lille, en cours Sarazin et al, JAD 2010 En cours • Validation dépression • 21 sujets sains • 21 patients dépressifs Faisabilité chez des patients épileptiques Saguenay Lac St Jean > 500 adolescents Londres, en cours Bergouignan et al, Neuroimage 2009 Étude de classification + SPHARM {25 C âgés, 25 MA, 24 MCI} CHU Caen {166 C âgés, 154 MA, 294 MCI} ADNI Toro et al, Brain Struct Funct 2009 Toronto, en cours Faisabilité chez des sujets avec malrotations 19 contrôles 66 patients TLE Chupin et al, ISBI 2008 Chupin et al, Hippocampus 2009 Colliot et al, Radiology 2008 Gérardin et al, Neuroimage 2009 Cuingnet et al, Neuroimage 2010 Projet Verglas ~100 adolescents Montreal, en cours Modélisation de sources en MEG Montreal, en cours Attal et al, HBM 2010 Dumas et al, HBM 2010 SACHA – VALIDATION & APPLICATION appliqué à > 1500 sujets 4 pathologies > 65 machines 8

9. Thèse Post doc Ingénieur de recherche 2005 2001 2007 2010 Segmentation automatique de l’hippocampe - SACHA Gestion d’études multicentriques Hippocampe PrédictMA - MAPT CATI L’hippocampe à 7 Tesla 9

10. COORDONNATION de la NEUROIMAGERIE dans des PROTOCOLES MULTICENTRIQUES sur les DEMENCES ELABORATION VALIDATION SUIVI protocole IRM spécifique Analyse acquisition test des centres cliniques Gestion en cours de protocole & encadrement procédure de contrôle qualité (IRM 3D T1) (mesures quantitatives test méthodes imagerie) Formation d’ARC pour le contrôle qualité des IRM Dialogue avec les centres 10

11. PROTOCOLES MULTICENTRIQUES 2005 2007 2010 Étude Hippocampe –multicentrique longitudinale Évaluation sur critère IRM d’un potentiel effet neuroprotecteur 216 patients MCI, 24 centres IRM MON ROLE : coordination de la neuroimagerie • PHRC PrédictMA • 100 contrôles et 100 MCI, ~10 centres IRM • ANR MAPT-IRM • ~600 sujets âgés, 9 centres IRM MON ROLE : coordination de la neuroimagerie • CATI • Centre d’Acquisition & • de Traitement d’Image • Collaboration Neurospin/Salpêtrière MON ROLE : investigateur principal de la partie « mise en place des acquisitions IRM » co-investigateur de la partie « traitements d’image en série » 11

12. Thèse Post doc Ingénieur de recherche 2005 2001 2007 2010 Segmentation automatique de l’hippocampe - SACHA Gestion d’études multicentriques L’hippocampe à 7 Tesla acquisition segmentation application 12

13. L’HIPPOCAMPE A 7T PROBLEMATIQUE Atteinte non uniforme dans pathologies (Epilepsie, Alzheimer) Structure interne pas assez précise à 3T d’après H. Duvernoy MON ROLE Acquisition : conception & optimisation du protocole Segmentation : définition & application PROJETS • University of Minnesota • Epilepsie • Neurospin • - IRMA7 • Alzheimer • - ANR HM-TC • modélisation Henry et al, ISMRM 2010 Chupin et al, ISMRM 2009 13

14. ENCADREMENT & COLLABORATIONS METHODOLOGIQUES • Co-encadrement, partie méthode • 3 stages de Master segmentation, forme • 3 thèses en traitement d’images médicales • segmentation, forme, classification • Co-encadrement, partie méthode • 3 stages de Master segmentation, forme • 3 thèses en traitement d’images médicales • segmentation, forme, classification Formation à SACHA de 1 technicien 2 manipulatrices radio Londres 1 chercheur en traitements des images médicales 1 doctorant en traitement des images médicales Montréal 6 médecins (neurologues / neuroradiologues) 1 doctorant en neurosciences 2 ARC SACHA IoN, UCL – Londres MNI – Montréal SACHA IoN, UCL – Londres MNI – Montréal Encadrement ARC 4 Attachés de Recherche Clinique formation au contrôle qualité IRM PROTOCOLES Neuroradiologues Neurospin PROTOCOLES Neuroradiologues Neurospin IRM @ 7T University of Minnesota Neurospin IRM @ 7T University of Minnesota Neurospin 14

15. ADEQUATION & APPORTS POUR LE POSTE METHODES Diffusion & conseil Déploiement grandes cohortes Conception Développement PROTOCOLES DEMENCES • Conception • acquisition IRM • protocoles longitudinaux Procédures contrôle qualité Conception Coordination APPORTS COMPLEMENTAIRES • Connaissances • neuroanatomie • démences Expérience Collaboration avec équipes CRICM Acquisition & modélisation à 7T  ICM 15