1 / 46

SNP ANALİZLERİ

SNP ANALİZLERİ. Arş. Grv. E. Sacide ÇAĞLAYAN. GENETİK VARYASYONLAR. MUTASYON Bir populasyonda,%1’den daha az sıklıkta görülen nadir varyantlardır. POLİMORFİZM Bir populasyondaki sıklığı en az %1’dir. Polimorfizm.

daryl
Download Presentation

SNP ANALİZLERİ

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. SNP ANALİZLERİ Arş. Grv. E. Sacide ÇAĞLAYAN

  2. GENETİK VARYASYONLAR • MUTASYON Bir populasyonda,%1’den daha az sıklıkta görülen nadir varyantlardır. • POLİMORFİZM Bir populasyondaki sıklığı en az %1’dir.

  3. Polimorfizm • Aynı türün farklı bireyleri arasında iki veya daha fazla farklı dizinin varlığıdır. • DNA replikasyonu sırasında oluşan hatalar sonucu meydana geldikleri düşünülür. • İnsan DNA’sında gen diziliminin %99.9’u birbirine benzemektedir. • İnsanlar arasındaki genetik çeşitlilik %0.1’lik farklılıktan ileri gelmektedir.

  4. Genetik Farklılıklar • Fiziksel özelliklerde farklılıklar • Hastalıklara yatkınlık ve dirençte görülen farklılıklar • İlaç veya besin metabolizmasında görülen farklılıklar

  5. Polimorfizmler genel olarak 3 grupta incelenir. • Tek nükleotid polimorfizmleri • Mikrosatellit tekrarları • İnsersiyon ve delesyonlar

  6. Mutant Dizi Polimorfizm Normal Dizi Nonfonksiyonel Protein ya da Protein Kaybı Fonksiyonel protein Fonksiyonel protein

  7. TEK NÜKLEOTİD POLİMORFİZMLERİ (SNP) • Belirli bir baz pozisyonunda meydana gelen tek nüklotid değişiklikleridir. • Tüm genetik varyasyonların %90’ını oluşturur.

  8. SNP • Transisyon (Pürin-Pürin, Primidin-Primidin) • Transversiyon (Pürin-Primidin)

  9. İnsan genomunda 10-30 milyon SNP olduğu tahmin edilmektedir. • İki farklı birey arasında 1250 bp’de bir farklılık olduğu tahmin edilir. • Belirli bir populasyonda sıklığı genellikle %1’den fazladır.

  10. SNP Etkileri • Sessiz • Protein Fonksiyonunu Değiştirir • Bir amino asit sekansını değiştirir • Regülatuar sekansın fonksiyonunu değiştirir.

  11. Gen kodlayan bölgelerde görülen SNP varyantları, bir proteinin amino asit sekansını değiştirmekte ve protein fonksiyonunu doğrudan etkilemektedir . • Gen kodlayan bölgelerdeki SNPs’in sayısının 10000-50000 dolaylarında olduğu tahmin edilmektedir. • Bunların belirli bir populasyonda görülme sıklıkları %1’in altında olabilmektedir. • Bazı SNP, regulatuar sekansları değiştirmekte ve gen ekspresyonunu dolaylı yoldan etkilemektedir.

  12. Apolipoprotein E • Apo E için 3 SNP alleli tanımlanmıştır: E2, E3 and E4. • Bu 3 allelin varlığı 3 varyant proteinin ortaya çıkmasına neden olur: apo 2, apo 3 and apo 4.

  13. E2 alleli en yaygın görülen alleldir (%90). • E2 allelinden iki kopya taşıyan bireyler klinik olarak normaldir. • Bunun dışındaki bireylerde, premature arteriyel hastalıklara yatkınlığa yol açan anormal kan lipit düzeyi ile birlikte tip III hiperlipidemi görülür. • Ancak, obezite, yaş, cinsiyet ve hormonal etkiler gibi faktörlerin etkisiyle, E2 homozigot bireylerde de arteriyel hastalıklar gelişebilmektedir.

  14. E4 alleli ise Alzheimer hastalığı ile ilişkilidir. • E4 allelinden iki kopya taşıyan bireyler, hastalığa karşı duyarlıdır ve bunlarda 5-15 yaş arasında demans gelişebilmektedir. • Batı populasyonunda taşıyıcı olmayan bireylerle karşılaştırıldığında, E4 taşıyıcılarında Alzheimer gelişimi için rölatif risk, tek kopya taşıyanlarda yaklaşık 3, iki kopya taşıyanlarda 6-15’tir.

  15. Apoliprotein E

  16. Bu pozisyonlardaki sistein arjinin değişimi, C-T transisyonundan ileri gelmektedir.

  17. SNP’in Kullanım Alanları • Tanı ve Risk Profillenmesinde • Aday Gen Tayini ve Haritalamada • Polimorfizm Testlerinde • Epidemiyolojik Çalışma Planlamasında • Farmakogenomik ve Fizyolojik Genomikte • Çevresel Uyaranlar ve Diete Yanıtta • Adli Tıpta

  18. SNP’in Hastalıklarla İlişkisi • Bazı yaygın hastalıklar multifaktöriyeldir. • İnsan populasyonları arasındaki genetik farklılıklar nedeniyle bazı populasyonlar, bazı hastalıklara daha duyarlıdır.

  19. Populasyonlar arasında görülen genetik farklılıklar, hastalıklara karşı duyarlılık, direnç ve hastalık prognozunu etkileyebilmektedir. • Epidemiyolojik ve biyomedikal araştırmalar, farklı populasyonlarda hasta bireyler ve sağlıklı kontroller arasındaki SNP farklılıklarını ortaya koymaktadır.

  20. Kanser, Diabetes mellitus, Alzheimer, bazı kardiovasküler hastalıklar ve Migren gibi hastalıklar SNP ile yakın ilişkilidir.

  21. SNP taramalarında, hangi varyant allellerin hastalıkla yakın ilişkili olduğu belirlenebilmektedir. • Çeşitli hastalıklara özgü SNP profilleri belirlenmiştir. • DNA örneklerinde spesifik SNP allelleri incelenerek bireylerin hastalıklara yatkınlıklarını belirlemek amacıyla tarama yapılabilmektedir.

  22. Farmakogenetik ve SNP • Yıllardır, bireyler arasında ilaçlara karşı gelişen yanıtta gözlenen farklılıklar araştırılmaktadır. • SNP, ilaç matabolizmasında rol alan enzimlerin fonksiyonlarını değiştirir. • Farmakogenetik, hastaların genotipine uygun ilaç kullanımı üzerine yoğunlaşmıştr.

  23. SNP ve Kanser SNP • DNA tamir mekanizmasından sorumlu genlerde, • Karsinojenlerin metabolizma ve detoksifikasyonundan sorumlu genlerde

  24. Kanser, kimyasal karsinojenlerin aktivasyonunda artış ve hücrenin mutajenik hasara karşı geliştirdiği detoksifikasyon ile tamir yeteneğinin azalması sonucu oluşmaktadır. • Genotipik varyasyonların tanımlanması ve kanserle ilişkisinin ortaya konması, kanser etiyolojisinin daha iyi anlaşılması ve hastalık riskinin ve kemoterapiye yanıtın tahmin edilebilmesine olanak sağlayacaktır.

  25. İlaç metabolizması ve DNA tamirinde rol alan, kanserle ilişkili genlerde varyant alleller tanımlanmıştır. • MTHFR (metil tetrahidrofolat redüktaz) • GST (Glutathione S-Transferases) • Sitokrom P450 monooksijenaz • NAD(p)H Quinone Oksidoredüktaz • N-Asetil Transferaz

  26. MTHFR • MTHFR geni kromozom 1’de (1p36.3) lokalizedir • Folat metabolitlerinin homosistein remetilasyon yolu ile uzaklaştırılması ve DNA-RNA biyosentezinin doğru bir biçimde gerçekleşmesini sağlar. • DNA’nın mutajenik hasarını önler. • İlişkili SNP C677T ve A1298C’dir.

  27. GST • Gst enzimi, ekzojen ve endojen reaktiflerin detoksifikasyonunu katalizler. • GST M1 ve GST T1 null allellerinde meydana gelen delesyon polimorfizmi enzim aktivitesinin kaybı ile sonuçlanır. • Sigara içenlerde akut lösemi, kolorektal adenokarsinoma, tiroid kanseri, mide, akciğer ve pankreas kanseri riskini arttırır.

  28. NAD(p)H quinone Oxidoreductases • 16. kromozomda lokalizedir. • Hücreleri oksidatif hasardan korur. • C609T polimorfizmi, enzim aktivitesinin azalması ile sonuçlanır. • Akciğer kanseri ve akut lösemi riskiartar.

  29. CytochromeP450 monooxigenases • Sitokrom monooksijenaz enzimi, ilaç metabolizması, endojen ve ekzojen karsinojenlerin uzaklaştırılması ile yakın ilişkilidir. • Cyp1A1 polimorfizmi, akut lösemi ve erken yaşta sigaraya başlayan kadınlarda postmenapozal akciğer kanseri riskini arttırır.

  30. N-Acetyle Transferases • NAT 1 ve NAT 2 genleri kromozom 8’de lokalizedir. • Aromatik ve heterosiklik karsinojenlerin N-asetilasyon (deaktivasyon) ve O-asetilasyon (aktivasyon) mekanizmalarında rol alır. • NAT2’deki T341C ve C481T SNP’lerinde enzim aktivitesinde azalma görülür. • Akut lenfositik lösemi ve sigara içenlerde üriner mezhane kanseri riski artar.

  31. SNP İdentifikasyonunda Kullanılan Yöntemler • Bilinen SNP’lerin Analizi • Yeni SNP İdentifikasyonu

  32. Bilinen SNP’in Analizi • PCR • ARMS (Allele Özgü Amplifikasyon) • Oligonükleotid Ligasyon Testleri • Minisekanslama • FRET (TaqMan Genotipleme) • Çip Teknolojisi

  33. Bilinen SNP’lerin Belirlenmesi Jel Analizleri • Restriksiyon Enzimleri ile PCR Analizi • ARMS • Oligonükleotid Ligasyon Analizi • Minisekanslama

  34. PCR • En yaygın yöntemdir. • Bir çift restriksiyon enzimi kullanılır. • Özellikler bir restriksiyon bölgesini ortadan kaldıran ve yeni bir restriksiyon bölgesi oluşturan SNPs analizi için uygundur. • Farklı restriksiyon değişim paternleri belirleyebilir.

  35. ARMS • Primerler, normal DNA sekansları ile eşleşir. • Sadece normal bireylerde amplifikasyon gerçekleşir.

  36. Oligonükleotid Ligasyon Analizi • Hibridizasyon spesifik oligonükleotid problarla olur.

  37. Diğer Genotipleme Teknolojileri • FRET Teknolojisi • Chip Teknolojileri

  38. Yeni SNP İdentifikasyonu • Konformasyon Temelli Mutasyon Tarama • Direk DNA Sekanslama

  39. Konformasyon Temelli Mutasyon Tarama • SSCP * En yaygın kullanılan metodtur. * Tek iplikli DNA ipliğinin nondenature jeldeki mobilitesinin belirlenmesi esasına dayanır.

  40. SSCP

  41. KAYNAKLAR • Alan F Wright. Genetic Variation: Polymorphisms and Mutations. MRC Human Genetics Unit, Edinburgh, UK, 2005 • http://www.hpcgg.org/Genotyping/index.jsp?name=servicesforresearchers&subname=genotyping • http://en.wikipedia.org/wiki/Single_nucleotide_polymorphism • www.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/faq/snps.shtml • www.ornl.gov/sci/techresources/meetings/brookes.shtml -

  42. TEŞEKKÜRLER

More Related