Zoeken in Pubmed

1. Zoeken in Pubmed Marianne van der Heijden Bureau Andromeda 5 november 2002

2. Andromeda Adviesbureau voor bibliotheek en informatie • Internetcursussen voor medisch bibliothecarissen • Pubmedcursussen voor (para) medici • Advisering bij samenwerking op Internet op Europese en internationale schaal • http://www.bureau-andromeda.nl

3. Internet == Bibliotheek A good description of the World Wide Web ... "It's as if the Library of Congress had exploded in midair. There's all kinds of information strewn over the countryside, approximately laid out according to its logical relationship. If you want a particular piece of information, it's probably not there, although some corpuses of data have landed intact. And the professional librarians haven't arrived yet to sort out the mess..." From: David Brooks on the WWW.

4. Internet =/= Bibliotheek Waarom is Internet niet om te zoeken? • de selectie • de meta-informatie • het opsporen van informatie

5. Zoeken naar • Known item • exact antwoord te geven • b.v. adres, exacte naam van een geneesmiddel • Onderwerpsgericht • geen exact antwoord mogelijk • b.v. nieuwste data over toepassing van een middel

6. Zoeken via • Webgids • een internet directory, handmatig ingedeeld • via boomstructuur, doorwandelen via hyperlinks • ook verzameling links • Zoekmachine • een database ingericht door robotje • woord matching, ranking van resultaat

7. Webgidsen • Yahoo http://www.yahoo.com • WWW Virtual Library http://vlib.org/Medicine.html • Startpagina http://start.pagina.nl + dochters • NL-menuhttp://www.nl-menu.nl

8. GG -paginahttp://geestelijke-gezondheidszorg.pagina.nl/

9. Zoekmachines • Alta Vista http://www.altavista.nl • Google http://www.google.com • Vindex http://www.vindex.nl • Ilse http://www.ilse.nl

10. Conclusies werkgroep Information Retrieval Tools • Internet search engines: conclusions of our research • Search engines differ in depth of indexing. • Search engines make mistakes: • They are subject to changes in indexing policy. (“indexing fluctuations”) • They forget documents completely (“document fluctuations”) • They miss documents in their result sets (“element fluctuations”). • Internet search engines: recommendations related to fluctuations • Fluctuations are “normal”; do not be surprised; do not worry. • Do not try to find a simple explanation to fully understand what happens. • Known item searchers should repeat the search • when using an engine with many element fluctuations; use other search terms • when using an engine with many document fluctuations: repeat later. • http://www.cwi.nl/cwi/projects/IRT/

11. Problemen met zoekmachines • alle zoekmachines omvatten slechts een fractie van het totale WWW • binnen het door de zoekmachine geïndexeerde deel wordt ongeveer eenderde van de te vinden sites ook daadwerkelijk gevonden • de zoekresultaten van een zoekmachine zijn over langere tijd genomen inconsistent • het duurt meestal maanden voordat een nieuwe site wordt geïndexeerd en nog langer voordat zogenoemde "dode" links verwijderd zijn

12. Medische gidsen en zoekmachines • MedHunt http://www.hon.ch/MedHunt/ • Medical World Search http://www.mwsearch.com/ • OMNI http://www.omni.ac.uk - browse -mesh • Dutchess http://www.kb.nl/dutchess.ned/bladeren - 44 e.v.

13. Zoekstrategie Stap 1: soort (bibliografisch, statistisch, opinie) Stap 2: medium (handboek,, Medline, Internet) Stap 3: bron (WWW, FAQ, nieuwsgroep) Stap 4: formulering (synoniemen, spelling) Stap 5:klaar voor start (download, kladblok) Stap 6: evaluatie (waardering, opslaan strategie)

14. Zoekwijzer • begin een puur medische vraag in Medline, ga pas het Net op als u daar niets vinden kunt • zoek eerst in een 'portal' - site of medische zoekmachine voor u naar algemene zoekmachines gaat • begin een onderwerpsgerichte zoekvraag bij de website van een gerenommeerde instelling en kijk wat voor links zij aanbieden

16. PUBMED • www.Pubmed.org • PUBMED - MEDLINE - MEDLARS - INDEX MEDICUS • bibliografisch bestand • verwijst naar tijdschriftartikelen

17. PUBMED onderdeel ENTREZ • Entrez databases van de NCBI • NLM en NIH onderdeel NCBI • Amerikaanse overheid • [zwarte balk]

18. Zoeken in Pubmed • Direct intikken in zoekbalk • Gebruik van diverse browsers • Gebruik van opgeslagen zoekacties • Inperking zoekactie door limits • Zoeken via indexen op velden • Combineren van zoekresultaten

19. Zoekbalk • Databases op zwarte balk • Zoekvenster • Grijze balk voor nadere informatie

20. Zijbalk • Blauwe balk aan zijkant • Toegang tot browsers • Bowsers = zoekmachines van Pubmed • Hulp en Tutorial

21. Depressie

22. Details • Zoekvraag wordt automatisch gemapped • Kijk in Details • tussen vierkante haken gezocht als MeSH Terms en als Text Word

23. MeSH • Medical Subject Headings • Trefwoordensysteem van de NLM • Trefwoorden = MeSH terms worden afzonderlijk en handmatig aan ieder artikel toegekend • MeSH terms zijn hiërarchisch gerangschikt in een boomstructuur

25. Depression • als Behavioral symptom • Lees Scope note, ev. Datum en let op boom • Let op! MeSH heeft aparte boom voor fysiologie en aparte voor pathologie

26. Depressive disorder • Onder Mental Disorders - Mood disorders • Heeft zelf ook onderverdelingen • zoals Depression, postpartum

27. Zoek op Depression + Depressive Disorder • Kies Depression in MeSH Browser • Kies ADD • Kies Depressive Disorder in MeSH Browser • Kies ADD and AND • Search PUBMED • Kijk naar Details, Sla URL op in Favorieten

28. Explode • Zoek in MeSH browser naar Depressive disorder • Kies voor Detailed Display • Klik op Do not explode

29. Aspect • Via de MeSH browser kunt u ook aangeven welk aspect u belicht wilt zien • Zoek op Depression, postpartum • Kies voor Detailed Display en dan voor de behandelingsaspecten (drug therapy, therapy) • Kies voor ADD en Search Pubmed

30. Alzheimer in MESH

31. Brain in MESH • Brain valt in de MESH onder de Anatomy Category • Brain diseases valt onder de Diseases category

32. History • Grijze balk kies voor History • Overzicht van zoekvragen genummerd #1, #2 • Combineren van zoekresultaten is mogelijk • Booleaanse operatoren AND, OR, NOT

33. Combineer

35. Limits • Beperk uw zoekvraag • Dierproeven uitsluiten • Leeftijdcategorie aangeven • Datum limiet, bijv. laatste jaar • Publicatietype • [NB gebruik voor meta-analyses liever geen limit, maar de clinical queries]

36. Indexen • Bijvoorbeeld zoeken op auteursnaam • Klik op Preview/Index in grijze balk • Helemaal onderaan kiest u het veld Author

37. Zoek in veld Author met index

38. Journal browser / databases

39. Journals openen • Klik onder LINKS • Kies PUBMED • En alle artikelen uit dat tijdschrift worden gezocht. • Bijvoorbeeld ook alles uit Cochrane Systematic Reviews

40. Clinical Queries • Zoekvraag kopiëren en via Clincal queries scherm invullen om systematic reviews, meta-analyses en clinical trials op te sporen • ……. AND systematic[sb])

42. Zoekvraag bewaren • Via Details - URL • Zoekvraag komt volledig in de locatiebalk van uw browser • Opslaan in een mapje onder Favorieten • Alleen handig op dezelfde computer • Via Cubby • Registreren (= gratis, maar je moet inloggen) • Op iedere plek en tijd is de zoekvraag te herhalen

43. Cubby

44. Uitvoer/presentatie resultaat • Sort - Kies Sort by Date - Kies daarna DISPLAY • In plaats van Summary kunt u bijv. kiezen voor uitvoer in Medline formaat (tbv invoer in Reference manager) • Save als TEXT • Vink titels - Clip ADD - ook uit andere resultaten toevoegen aan clipboard

45. Balk met uitvoer opties

46. Uitvoer = literatuurverwijzing • Bij sommige documenten is een link aanwezig naar het full text artikel • Niet altijd heeft u toegang tot full text • Tekst van sommige artikelen zijn niet full text aanwezig • Dan artikel aanvragen

47. Tutorial