1 / 20

Ülegenoomsed assotsiatsiooni-uuringud ja nende meta- analüüs

Ülegenoomsed assotsiatsiooni-uuringud ja nende meta- analüüs. Reedik Mägi ESSi konverents 2012. Mis on ülegenoomne uuring ?. Geeniuuring , milles kasutatakse vähemalt 100,000 SNP markerit Uuritakse iga üksiku markerit , et leida kas see on seotud uuritava tunnusega.

elliot
Download Presentation

Ülegenoomsed assotsiatsiooni-uuringud ja nende meta- analüüs

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Ülegenoomsedassotsiatsiooni-uuringudjanende meta-analüüs Reedik Mägi ESSikonverents 2012

  2. Mis on ülegenoomneuuring? • Geeniuuring, milleskasutataksevähemalt 100,000 SNP markerit • Uuritakseigaüksikumarkerit, et leidakas see on seotuduuritavatunnusega

  3. SNP – single nucleotide polymorphism • Ühenukleotiidimutatsioonsagedusega >1% • Andmebaasiskokku > 30 miljoni • Kõigesagedasemgenoomivariatsioonitüüp

  4. SNP variandid • ref-ref nt. isalt A – emalt A • ref-mut nt. isalt A – emaltC • mut-mut nt. isaltC – emaltC

  5. Assotsiatsiooniuuring • Uuritaksenendekolmegenotüübi (võikahealleeli) sagedusteerinevusthaigetejaterveteinimestevahel: • T2D ~ β0 + β1×sex + β1×age + … + β2×SNP + ε • Uuritaksegenotüübiseostkvantitatiivsetunnusega: • BMI ~ β0 + β1×sex + β1×age + … + β2×SNP + ε

  6. Assotsiatsiooniuuringute meta-analüüs • Inverse-variance weighting (BETA, SE) • Z-score based (p-value, N) • GIANT konsortsium • ~330,000 inimest • >140 kohorti

  7. Assotsiatsiooniuuringutevõidukäikgeneetikas 951 Ilmunudartiklitearv Published GWA Reports, 2005-6/2011 Credit: Teri Manolio

  8. Leitudassotsiatsioonidinimesegenoomis

  9. Teisttüüpidiabeet -log10 (P-value) chromosomes

  10. Leitudkandidaatgeenid SELETAVAD KOKKU UMBES 10% T2D PÄRILIKKUSEST!

  11. “Missing” heritability Brendan Maher. Personal genomes: The case of the missing heritability Nature456, 18-21 (2008)

  12. Kustotsidaülejäänuddiabeedipärilikkust? • Harvadejastruktuursetevariantideanalüüs • Täpsemfenotüüpidedefineerimine • GxGjaGxEinteraktsioonid • Struktrueeritud meta-analüüs

  13. Harvadevariantideanalüüs • ENGAGE konsortsiumiraamesuurimemadalaalleelisagedusegavariantidemõju 8 tunnusele Mutation load 0 Ind. 1 3 Ind. 2 0 Ind. 3 Ind. 4 2 Andrew Morris

  14. Täpsemfenotüüpidedefineerimine • BMI, T2D jne on kunstlikulttekitatudfenotüübid • Tihtiomabüksgeenivariantmõjumitmeletunnusele (pleiotroopia) FTO~BMI+T2D+…? Pleiotroopiaprojekt, kusleiameparimamudeliigalookusejaoks BIC skooripõhjal Meta analüüs? Inga Prokopenko, Andrew Morris, Krista Fischer

  15. GxEjaGxGinteraktsioonid Active BMI Inactive FTO: AA AT TT

  16. Tunnusekeskmiseasemelsellevarieeruvuseuurimine

  17. Fenotüübiheterogeensuseprojekt • Levene’s test • Kuidas meta-analüüsida? Paul Franks, Guillaume Pare

  18. Struktueeritud meta-analüüs • Vägasuured meta-analüüsidkasutavadandmeidüleEuroopavõimaailma. • Kohortideanalüüsilvõttaarvessenendeomavaheliseddistantsid? Ida-lääne, põhja-lõunasuunalisederinevused • Kogutudindiviididekeskminevanus, BMI jne. MärtMöls, Krista Fischer

  19. Kokkuvõte • Assotsiatsiooniuuringud on olnudedukadhaigustegaseotudgeneetilistelookusteleidmisel • Suurosahaigusipõhjustavatpärilikkuinfot on siianileidmata • Vägapaljuhuvitavaidstatistilisimeetodeidja -lahendusivajabveelavastamistjaimplementeerimist!

  20. Suurtänukuulamast!

More Related