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CALCOLO DELLE FREQUENZE GENICHE PER GENI LEGATI AL SESSO

GLUCOSIO-6-FOSFATO G6PD 6-FOSFO-LATTONE. CALCOLO DELLE FREQUENZE GENICHE PER GENI LEGATI AL SESSO. A (110%) ALLELE NORMALE B (100%). A - (Africa) ALLELE NORMALE B - (Mediterraneo) Gd Med. ALLELI Gd B Gd B- Gd Med Gd A Gd A-. FEMMINE

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CALCOLO DELLE FREQUENZE GENICHE PER GENI LEGATI AL SESSO

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Presentation Transcript

  1. GLUCOSIO-6-FOSFATO G6PD 6-FOSFO-LATTONE CALCOLO DELLE FREQUENZE GENICHE PERGENI LEGATI AL SESSO A (110%) ALLELE NORMALE B (100%) A- (Africa) ALLELE NORMALE B- (Mediterraneo) GdMed ALLELI GdB GdB- GdMed GdA GdA-

  2. FEMMINE XGdBXGdB XGdBXGdMedXGdMedXGdMed MASCHI XGdBYXGdMedY FEMMINEMASCHI Alleli codominantiConteggio diretto ±p(1-p)/2N±p(1-p)/N

  3. POPOLAZIONE AFRICANA (L’allele non deficitario può avere delle varianti di mobilità elettroforetica- più veloci/più lente) B A A- 93% N 67 13 8 2 90 • GdB = 67/90 =0.744±0.0021 • GdA = 13/90 =0.144±0.0370 • GdA- = 8/90 = 0.090±0.0302 • Gd93% = 2/90 =0.022±0.0155

  4. OROMO AMHARA Maschi OROMO A 6 4 GdA=0.1667±0.0621 B 30 42 GdB=0.8333 36 46AMHARAGdA=0.0870±0.0416 GdB=0.9130 Femmine OROMO AB 5 3 GdA=0.0556±0.0242 B 40 37 GdB=0.9444 4540 AMHARAGdA=0.0375±0.0212 GdB=0.9625

  5. ACCOPPIAMENTO ASSORTATIVO • Accoppiamento assortativo positivo completo incompleto • Accoppiamento assortativo negativo completo incompleto

  6. Accoppiamento assortativo positivo incompleto Frazione S della popolazione (accoppiamento assortativo) AAxAA=Sp4=Sp2 AaxAa=S4p2q2=S2pq aaxaa=Sq4=Sq2 Frazione 1-S della popolazione (accoppiamento casuale) AAxAA=(1-S)p4 AAxAa=(1-S)4p3q AAxaa=(1-S)2p2q2 AaxAa=(1-S)4p2q2 Aaxaa=(1-S)4pq3 aaxaa=(1-S)q4

  7. Accoppiamento consanguineo Incrocio tra parenti prossimi  inincrocio Molto usato in agricoltura e nell’allevamento degli animali per ottenere individui con particolari caratteristiche Nell’uomo motivi sociali e culturali riducono, ma non eliminano del tutto, l’incidenza del matrimonio tra consanguinei I matrimoni consentiti sono quelli tra primi cugini, tra secondi cugini e tra zio/a e nipote

  8. La principale conseguenza genetica  aumento della frequenza degli omozigoti  possibilità che si manifestino geni recessivi rari Geni recessivi rari  spesso dannosi  aumento del carico genetico nella popolazione (parte della variabilità genetica che in accoppiamento casuale rimane nascosta) Comunità geograficamente o socialmente isolate  alte frequenze di matrimoni tra parenti  ”isolati genetici” “rottura degli isolati”

  9. Accoppiamento consanguineo  tipo particolare di unione assortativa  2 individui che hanno almeno 1 antenato comune  alleli uguali per discesa FXY = probabilità che 1 individuo riceva, per un certo locus, dai genitori 2 alleli uguali per discesa Somiglianza genetica tra due individui (X e Y) è misurata dal coefficiente di consanguineità Alleli uguali in stato  alleli uguali che non derivano da un antenato comune, o meglio da un antenato comune identificabile perché molto lontano nel tempo Il coefficiente di consanguineità tra 2 individui è anche la probabilità che ha l’individuo nato tra i 2 di essere omozigote a 1 locus per 2 alleli uguali per discesa Coefficiente di consanguineità = coefficiente d’inincrocio = coefficiente di consanguineità tra i suoi genitori FXY = FI

  10. Locus con 2 alleli codominanti A e a (frequenza p e q tali che p + q = 1) In accoppiamento casuale  AA = p2 (omozigote alleli uguali solo in stato) Nel caso di accoppiamento consanguineo  la popolazione si suddivide in 2 sottopopolazioni: una che pratica accoppiamento consanguineo (proporzione pari a F) una che pratica l’accoppiamento casuale (proporzione pari a 1-F) Nella prima frazione A (p)xA (p) = 1 p2 = 1 p = 1 = 1 AA = Fp aa = Fq La somma delle frequenze dei 2 omozigoti Fp +Fq = F(p+q) = F

  11. Nell’altra frazione (accoppiamenti casuali) AA = (1-F) p2 Aa = (1-F)2pq aa = (1-F) q2 In questo caso la somma delle frequenze (1-F) p2 + (1-F)2pq + (1-F) q2 = (1-F)( p2 + 2pq + q2) = (1-F)(p + q)2 = 1-F

  12. Nell’intera popolazione le frequenze saranno AA = Fp + (1-F) p2 = = Fp + = = = Fp + = Fp + p – Fp – pq +Fpq = = p – pq +Fpq = = p – p(1-p) + Fpq = = p –p + p2 + Fpq = = p2 + Fpq omozigoti  Aa = 2pq(1-F) eterozigoti↓ aa = p2 + Fpq

  13. La consanguineità non altera le frequenze alleliche. Nella generazione successiva la frequenza di A p’ = p2 + Fpq + (1-F) = p2 + Fpq + (1-F)pq = = p2 + Fpq + pq-Fpq = p2 + pq = p(p + q) = p analogamente q’ = q Se F rimane costante di generazione in generazione la popolazione si mantiene in equilibrio →equilibrio di Wright

  14. Calcolo coefficiente di consanguineità con frequenze alleliche La consanguineità determina una riduzione degli eterozigoti La stima del livello viene fatta confrontando la popolazione dei genotipi eterozigoti osservati con quella attesa nell’ipotesi di accoppiamento casuale Popolazione con un certo grado di consanguineità Locus a 2 alleli A (p) e a (q) p + q = 1 H = frequenza eterozigoti osservati H0 = frequenza degli eterozigoti nella popolazionein accoppiamento casuale = 2pq (Hardy-Weinberg) F = F misura la riduzione di eterozigosità che ha una popolazione che pratica un certo livello di accoppiamento consanguineo rispetto a una popolazione con le stesse frequenze alleliche e che pratica l’accoppiamento casuale

  15. Calcolo coefficiente di consanguineità con frequenze alleliche La consanguineità determina una riduzione degli eterozigoti La stima del livello viene fatta confrontando la popolazione dei genotipi eterozigoti osservati con quella attesa nell’ipotesi di accoppiamento casuale Popolazione con un certo grado di consanguineità Locus a 2 alleli A (p) e a (q) p + q = 1 H = frequenza eterozigoti osservati H0 = frequenza degli eterozigoti nella popolazionein accoppiamento casuale = 2pq (Hardy-Weinberg) F = F misura la riduzione di eterozigosità che ha una popolazione che pratica un certo livello di accoppiamento consanguineo rispetto a una popolazione con le stesse frequenze alleliche e che pratica l’accoppiamento casuale

  16. Generazione filiale: 1/4ac 1/4ad 1/4bc 1/4bd ab cd 1/2 1/2 Probabilità che trasmetta allele a ai figli Y X FI=FXY 1/2 1/2 Probabilità che la madre trasmetta l’allele a all’individuo Z è (1/2)4 Considerando tutti e 4 gli alleli FI = 4 (1/2)4 = 4(1/16) = 1/4 Probabilità che figlio trasmetta lo stesso allele a ai figli Z

  17. PRIMI CUGINI 1/2 1/2 1/2 1/2 FI = 4(1/2)6 = 4(1/64) = 1/16 1/2 1/2

  18. SECONDI CUGINI 1/2 1/2 1/2 1/2 1/2 1/2 1/2 1/2 FI = 4(1/2)8 = 4(1/256) = 1/64

  19. ZIO/A E NIPOTE 1/2 1/2 1/2 1/2 1/2 FI = 4(1/2)5 = 4(1/32) = 1/8 1/2

  20. FRATELLI GERMANI ab cd ef 1/2 1/2 ac bc ad bd ce cf de df 1/2 1/2 FI = 2(1/2)4 = 2(1/16) = 1/8

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