160 likes | 332 Views
Genetika pythona. Koji je cilj radionice ?. Zašto genetika ? Zašto biologija ? Zašto informatika ? Zašto programiranje ? Zašto baš python ?. Uvod. Što je varijabla ? Kako izvršavamo osnovne matematičke operacije u pythonu ? Zašto će nam to uopće ?
E N D
Koji je cilj radionice ? • Zašto genetika ? Zašto biologija ? • Zašto informatika ? Zašto programiranje ? • Zašto baš python ?
Uvod • Što je varijabla ? • Kako izvršavamo osnovne matematičke operacije u pythonu ? • Zašto će nam to uopće ? • Što je funkcija u pythonu i kakve veze ima s funkcijom u matematici ?
Mendelovi zakoni • Tko je Mendel ? Što su Mendelovi zakoni ? • Što je križanje ?
1. Zadatak Ulazni podaci Tri pozitivna cjela broja k,m,n predstavljaju populaciju od k+m+n organizama. k organizama su dominantni homozigoti, m orgranizama su heterozigoti i n orgamizama su recesivnihomozigoti. Izlazni podaci Broj iz intervala [0,1] koji predstavlja vjerojatnost da su dva nasumično odabrana organizma križanjem dobila potomak koji sadrži alel za dominantno svojstvo (odnosno potomak koji pokazuje dominatno svojstvo). Pretpostavi da se bilo koja dva organizma mogu križati.
Tipovi podataka 1 • Što je string ? • Što je lista ?
Osnovne naredbe 1 • Što je if naredba i za što nam služi ? • Što je for naredba i za što nam služi ?
DNA molekula • Što je DNA molekula ? • Što su nukleotidi ?
Zadatak 2 Ako promatramo dva stringa s i t jednake duljine možemo promatrati Hammingovu udaljenost koja predstavlja broj znakova u kojima se ta dva stringa razlikuju Ulazni podaci Dva stringa od kojih svaki reprezentira jedan lanac DNA molekule Izlazni podaci Program treba vratiti Hammingovu udaljenost unesenih stringova
Zadatak 3 Ulazni podaci String koji reprezentira jedan lanac DNA molekule koji se sastoji od najviše 1000 nukleotida. Izlazni podaci 4 broja (odvojena razmakom) koja predstavljaju broj A (adeninskih), C (citozinskih), G(gvaninskih) i T(timinskih) baza u lancu DNA molekule.
Tipovi podataka 2 • Što je rječnik ? • Mogu li napraviti svoj tip podatka ?
Bjelančevine • Što su bjelančevine ? Kako nastaju ? (Što je središnja dogma u biologiji ? ) • Što su aminokiseline i od čega se sastoje ?
Zadatak 4 U ponderiranoj abecedi svakom simbolu je dodjeljen realni broj koji predstavlja „masu“ tog slova. Niz formiran od ponderirane abecede stvara ponderirani string čija je masa jednaka zbroju masa njegovih simbola. Na taj način je određeno 20 simbola koji predstavljaju aminokiseline određenih masa. Ulazni podaci String P koji predstavlja bjelančevinu. Izlazni podaci Ukupna masa od P.
Zadatak 5 Ulazni podaci Kodirajući lanac nukleotida(string) Izlazni podaci Program treba ispisati nekodirajući lanac DNA molekule (uspoređujući s kodirajućim lancom A se preslikava u T, T se preslikava u A, G se preslikava u C, a C se preslikava u G). U drugom redu program treba ispisati mRNA molekulu koja nastaje preslikavanjem nekodirajućeg lanca u mRNA pri čemu vrijede pravila kao kod određivanja nekodirajućeg lanca osim što se A preslikava u U.
Strukture podataka • Primjeri : • Queue i deque • Doubly linked list