1 / 20

UNIVERSITATEA POLITEHNICA TIMIŞOARA

UNIVERSITATEA POLITEHNICA TIMIŞOARA. MASTER SIIS Sisteme Informatice în Îngrijirea Sănătății. www.medinfo.umft.ro/dim / bioinformatica.htm. BIOINFORMATICA. Prof Dr George I Mihala ş UMF Victor Babeş. CURSUL 7. ANALIZA SECVENŢIALĂ. Analiza unei secvenţe Compararea a două secvenţe

gerard
Download Presentation

UNIVERSITATEA POLITEHNICA TIMIŞOARA

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. UNIVERSITATEAPOLITEHNICA TIMIŞOARA MASTER SIIS Sisteme Informatice în Îngrijirea Sănătății

  2. www.medinfo.umft.ro/dim/bioinformatica.htm

  3. BIOINFORMATICA Prof Dr George I Mihalaş UMF Victor Babeş

  4. CURSUL 7

  5. ANALIZA SECVENŢIALĂ • Analiza unei secvenţe • Compararea a două secvenţe • Metode simple: Dot Plots și Distanțe • Programare dinamică • Aliniere globală • Aliniere locală • Modele complexe • Matrici de substituție • Pentru Proteine • Pentru Acizi nucleici • Alinierea multiplă

  6. COMPARAREA A DOUĂ SECVENȚE (II) Programare Dinamică

  7. Compararea a două secvenţe“Pairwise alignement” • Măsurarea similarităţii, distanţe, substituţii, gap-uri • Programare dinamică • Aliniere globală: algoritmul Needleman Wunsch • Construcţia matricii • “traceback” • Aliniere locală: algoritmul Smith Waterman • Potriviri repetate, suprapuse, hibride, complexe • Matrici de substituţie • PAM • BLOSUM • Semnificaţia scorului de aliniere • Lanţuri Markov • Lanţuri Markov Ascunse (Hidden Markov Models HMM)

  8. Programare dinamică • Compararea directă: 4m+n comparaţii • Aliniere: • Globală - Needleman-Wunsch (1970) • Locală • Smith-Waterman (1981) • Potriviri repetate • Potriviri suprapuse • Modele hibride • Paşi: • Iniţializare • Completare • Aliniere (traceback)

  9. ALINIEREA GLOBALĂAlgoritmul Needleman-Wunsch • Aliniere globală • Matricea de programare dinamică • Cele două secvenţe pe axe • Calculul unui element diagonal F(i,j), i = indice prima secv (oriz)[i = coloană, j=linie]

  10. Schema de scor • Potrivire = +5 • Nepotrivire = -3 • Indel (gap) = -4

  11. ALINIEREA LOCALĂAlgoritmul Smith Waterman • Aplicaţii • Detecţie domenii comune în proteine • Secţiuni extinse de ADN • Foarte sensibil la detecţia similarităţii între secvenţe divergente(cu origine comună; doar o parte se păstrează) • Aspecte teoretice • Marginile sunt 0 • Conţine numai valori 0 sau pozitive • Alinierea se poate opri oriunde în matrice • La “traceback” pornim nu din colţul dreapta-jos ci de la cea mai mare valoare

  12. Algoritmul Smith Waterman - formalizare

  13. Completareamatricii- initializare cu 0 - prima linie - prima coloană

  14. Ex.2

  15. PAUZA

More Related